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标题: GROMOCS关于gmx energy的疑问 [打印本页]

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Author: FMGwenyanhoon 时间: 2021-9-15 14:40
标题: GROMOCS关于gmx energy的疑问
想算算水盒子的自由能变（δG和δA）和熵变（δS），遇到一些问题，想问问各位老师。
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上图可以看到，NPT系综从4-4-3到4-4-7共5个，NVT系综从4-4-3+8到4-4-7+8也有5个，每个NVT系综Z方向都有两个厚4nm的真空区。
total-energy，potential，kinetic En等数据来自gmx energy；
倒数第二列的δG和δA数据来自gmx energy -fee -fetemp 298.15；
根据手册gmx energy一节的内容，可以知道有如下关系式（在2019.6手册中第85页）：
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可以得知可以分别对应NPT和NVT系综得到δG和δA，然后进而得到δS
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上表便是NVT系综求得的相应体系对于其理想气体状态下的δS
至于PV项，在对NPT系综计算PV时，感觉得到的结果不对劲：
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可以看到上图为4-4-3体系的PV项，所得结果和Pressure*Volume相去甚远。

因此我想问问NPT系综的PV该如何得到？对于NPT，如果gmx energy给出的pV明显不对劲，能不能直接用Pressure*Volume？
以及为什么会出现这种情况呢？还是我对pV项的理解有问题？亦或是实际程序给出的不是我理解的那个PV？

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