计算化学公社

标题: 求助：gromacs如何输出分子质心坐标 [打印本页]

作者
Author: sungl123456 时间: 2021-9-15 15:08
标题: 求助：gromacs如何输出分子质心坐标
如题，我想用gromacs直接输出分子质心坐标，但是gmx make_ndx没有找到标定分子质心的关键词，有什么办法可以做到这一点么

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-15 15:20
本来make_ndx就不是干这个的
Multiwfn和VMD都可以给出质心坐标（但如果用的gro文件，而且程序根据原子名没猜对元素，会误判。最好用末列带元素信息的pdb文件当输入文件）
在Multiwfn里进主功能100的子功能21，输入原子序号范围就能计算那部分的质心坐标

作者
Author: sungl123456 时间: 2021-9-15 16:34

sobereva 发表于 2021-9-15 15:20
本来make_ndx就不是干这个的
Multiwfn和VMD都可以给出质心坐标（但如果用的gro文件，而且程序根据原子名没 ...

明白了，感谢社长

作者
Author: Acee 时间: 2021-9-17 10:33
VMD给出特定分子质心坐标的方法：atomselect top "resid xxx"
measure center atomselect0 weight mass

作者
Author: AiYuqing22 时间: 2022-3-7 16:40

sobereva 发表于 2021-9-15 15:20
本来make_ndx就不是干这个的
Multiwfn和VMD都可以给出质心坐标（但如果用的gro文件，而且程序根据原子名没 ...

老师，您好！我是gromacs的初学者，我想做一个纯溶剂体系的Bulk solvent-solvent center-of-mass RDFs时遇到相似问题，所以借楼请教您一下。我的体系是800个二丁胺分子，为了做质心的RDF曲线，我想知道800个分子（22400个原子）的质心位置，便于定义组。我在Linux下用Multiwfn，按您这个回答输入，最后输入1-22400，出现了forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred 这样的问题，就直接退出来了，也没有生成任何文件，希望您能指导一下，不胜感激！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-3-7 18:14

AiYuqing22 发表于 2022-3-7 16:40
老师，您好！我是gromacs的初学者，我想做一个纯溶剂体系的Bulk solvent-solvent center-of-mass RDFs时 ...

大概率没按照Multiwfn手册2.1.2节的说明正确安装
如果你100%确信你正确安装了，尝试Windows版，还不行就把文件压缩后上传

作者
Author: AiYuqing22 时间: 2022-3-7 18:43

sobereva 发表于 2022-3-7 18:14
大概率没按照Multiwfn手册2.1.2节的说明正确安装
如果你100%确信你正确安装了，尝试Windows版，还不行就 ...

谢谢您的解答。

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