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标题: 周期性边界跑出盒子、不同体系系对比需要满足的条件有哪些？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-9-15 23:12
标题: 周期性边界跑出盒子、不同体系系对比需要满足的条件有哪些？
1、在模拟计算的时候，溶质是被放置在盒子中央的，在模拟的时候溶质不断远离盒子的中心，想请教一下，如果计算rmsd，看溶质本身相对初始状态的变化，溶质偏移中心会对结果有影响吗？
2、在模拟的时候，设置了周期性边界条件，使用gmx trjconv提取中间过程的架构，发现溶质跑出盒子一部分，呈现了断键的情况，vmd将盒子旁边的也展现出现，就没有了断键，这种情况正常吗？请问如何合理去除周期性，方便计算rmsd？
3、溶质是不变的，溶剂的组分是不变的，溶剂的不同的组分的比例会变化，应该如何设计计算，使得不同的体系有可比性？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-16 09:02
1 不会。而且本身算RMSD之前都会消平动转动，分子跑到哪里完全无所谓
2 gmx trjconv接上-pbc mol转换轨迹保持分子完整性
3 看你想比较什么

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-9-16 20:46

sobereva 发表于 2021-9-16 09:02
1 不会。而且本身算RMSD之前都会消平动转动，分子跑到哪里完全无所谓
2 gmx trjconv接上-pbc mol转换轨迹 ...

谢谢老师的解答。
1、请问老师溶质整体的移动很大正常吗？
2、接上了，可是部分原子依旧在盒子外面，不利于计算rmsd。
3、主要想比较rmsd和rdf。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-17 05:44

努力向上的boy 发表于 2021-9-16 20:46
谢谢老师的解答。
1、请问老师溶质整体的移动很大正常吗？
2、接上了，可是部分原子依旧在盒子外面，不 ...

1 毕竟分子会自发扩散运动，很正常
2 没有任何影响
3 直接比就行了

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-9-17 11:21

sobereva 发表于 2021-9-17 05:44
1 毕竟分子会自发扩散运动，很正常
2 没有任何影响
3 直接比就行了

3、请问老师，对于溶质溶剂质量百分比、盒子大小等等没有要求吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-18 06:18

努力向上的boy 发表于 2021-9-17 11:21
3、请问老师，对于溶质溶剂质量百分比、盒子大小等等没有要求吗？

没有
但盒子尺寸至少不能太小，否则肯定不合理。而且要用NPT，使盒子尺寸自发调节合理

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-9-19 08:31

sobereva 发表于 2021-9-18 06:18
没有
但盒子尺寸至少不能太小，否则肯定不合理。而且要用NPT，使盒子尺寸自发调节合理

谢谢老师。当溶质跑出盒子外面，利用去周期性等，将溶质保存完整且都处于盒子内部，计算出rmsd，并提取不同时刻的构象图，为什么构象差别很大，但是rmsd趋于平稳呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-20 03:39

努力向上的boy 发表于 2021-9-19 08:31
谢谢老师。当溶质跑出盒子外面，利用去周期性等，将溶质保存完整且都处于盒子内部，计算出rmsd，并提取不 ...

弄清楚RMSD的定义，虽然构象在模拟过程中不断变化，但相对于参考构象的差异如果并没有继续增加，RMSD最后就是平稳的

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-9-22 21:05

sobereva 发表于 2021-9-18 06:18
没有
但盒子尺寸至少不能太小，否则肯定不合理。而且要用NPT，使盒子尺寸自发调节合理

我想请教一下这个盒子不能太小，一般建立多大的比较合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-23 05:09

努力向上的boy 发表于 2021-9-22 21:05
我想请教一下这个盒子不能太小，一般建立多大的比较合适呢？

跟体系特征有关系，没法简单来说
但一般有机小分子溶液的话几个nm够了
要么一下用一个足够大的盒子（可以参考近些年类似体系在专业期刊上的文献），要么做收敛性测试，如果继续加大盒子对结果没显著影响则当前的盒子就够大

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-9-24 16:01

sobereva 发表于 2021-9-23 05:09
跟体系特征有关系，没法简单来说
但一般有机小分子溶液的话几个nm够了
要么一下用一个足够大的盒子（可 ...

我想请教一下老师，我的体系除了小分子，还有低聚物。我看文章，相同的溶质体系的大小，我的盒子比文章大很多，但是结果是我的溶质跑出了盒子，会有一些断建的问题。
另外，我想请教一下老师，我想去除溶质的平动和转动，但是我的溶质不是蛋白，我想观察溶质在体系的扩散，链与链的分离行为，并且计算rmsd，这样去除平动和转动是可以的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-25 07:28

努力向上的boy 发表于 2021-9-24 16:01
我想请教一下老师，我的体系除了小分子，还有低聚物。我看文章，相同的溶质体系的大小，我的盒子比文章大 ...

跑出盒子极为正常，分子又不是不会扩散运动。搞清楚PBC是什么含义

没必要刻意去除。算RMSD之前都会先做fit（或称称align）消除链的平动转动

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-9-25 20:29
本帖最后由努力向上的boy 于 2021-9-25 20:31 编辑

sobereva 发表于 2021-9-25 07:28
跑出盒子极为正常，分子又不是不会扩散运动。搞清楚PBC是什么含义

没必要刻意去除。算RMSD之前都会先 ...

谢谢老师的回复。主要是最开始不去除的话，在最后去除周期性的时候，总有部分溶质在盒子外边

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-27 10:31

努力向上的boy 发表于 2021-9-25 20:29
谢谢老师的回复。主要是最开始不去除的话，在最后去除周期性的时候，总有部分溶质在盒子外边

我没说去周期性，说的是被选择的组的平动转动

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-9-27 10:48

sobereva 发表于 2021-9-27 10:31
我没说去周期性，说的是被选择的组的平动转动

好的谢谢老师。
老师我想请教一下，对于我这样的体系，由小分子组成的溶剂，以及低聚物溶质，目的是观察溶质的分散，需要在模拟的时候，在mdp里面写上去除整个体系的平动和转动的命令吗？我看有的说，需要写一下，这样方便去除体系虚假的旋转一类的。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-27 10:56

努力向上的boy 发表于 2021-9-27 10:48
好的谢谢老师。
老师我想请教一下，对于我这样的体系，由小分子组成的溶剂，以及低聚物溶质，目的是观察 ...

comm-grps = system就够了

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-9-27 16:17

sobereva 发表于 2021-9-27 10:56
comm-grps = system就够了

请问老师，comm-code需要怎么设置？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-27 20:11

努力向上的boy 发表于 2021-9-27 16:17
请问老师，comm-code需要怎么设置？

用默认的消平动

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