计算化学公社

标题: 有什么好的办法模拟一个设计出来的分子的合成路径？ [打印本页]

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2021-9-16 20:34
标题: 有什么好的办法模拟一个设计出来的分子的合成路径？
请教各位老师，有什么好的办法模拟一个设计出来的分子的合成路径？查阅文献，发现Chem. Sci., 2020, 11, 7569的作者提出了一个quantum chemistry aided retrosynthetic analysis’ (QCaRA)方法。通过 GRRM 17 程序（http://www.science-technology.jp/GRRM.html）中的AFIR方法（artificial force induced reaction，https://afir.sci.hokudai.ac.jp/）可以系统地寻找参与反应的分子和反应路径，这里我的问题是有没有必要使用这种程序去构建一个分子的合成路径，因为要使用这个程序的话，需要购买运行库文件，大概不到600RMB；因为老师想合成我设计的分子，让我设计一下合成路线，而我看很多反应机理的文章，大多是解释某个现象，像这种专门设计合成路线的计算文章，我还看的不太多，谢谢各位老师。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2021-9-16 20:57
反正不贵买了玩玩呗

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Author: wzkchem5 时间: 2021-9-16 21:44
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-9-16 14:46 编辑

GRRM适合在给定体系的精确组成的情况下，暴力穷举得到这个体系里可能存在的所有反应。但是设计合成路径一般只知道主产物，不知道副产物和催化剂，此时GRRM不适合。
举个例子，你要合成异丙醇，GRRM可以告诉你可以用丙酮和氢气合成，但是活化能极其高，因为你的体系里没放催化剂，GRRM只能预测出非催化的反应途径，所以你拿到结果也不能用，因为在实验室可以达到的温度范围内根本反应不了。如果你知道催化剂是什么，那GRRM倒是可以搜出来催化氢化，但是你肯定得先知道你要做氢化反应才能知道放什么催化剂，可是如果你已经知道要做氢化了，那也不需要GRRM了。又或者比如说你打算用NaBH4还原，但是如果体系里没有Na和B，那GRRM是不可能预测出NaBH4的反应途径的，而如果你能想到放Na和B到反应体系里去，八成你已经想到NaBH4了，因此也就不需要GRRM了。
这种问题还是老老实实用scifinder或reaxys来搜比较靠谱，但凡是有有机逆合成分析的功底，结合scifinder或reaxys这种数据库，都可以做出来。这不是量化计算适合做的事情

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2021-9-17 08:46

ABetaCarw 发表于 2021-9-16 20:57
反正不贵买了玩玩呗

谢谢老师

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2021-9-17 08:54

wzkchem5 发表于 2021-9-16 21:44
GRRM适合在给定体系的精确组成的情况下，暴力穷举得到这个体系里可能存在的所有反应。但是设计合成路径一般 ...

谢谢老师的解答和建议

作者
Author: sai77 时间: 2021-9-17 09:06
新版的scifinder不就有这个功能吗？
你画好目标分子结构，它可以根据它的数据库给你生成逆合成分析路线。

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2021-9-17 09:58

sai77 发表于 2021-9-17 09:06
新版的scifinder不就有这个功能吗？
你画好目标分子结构，它可以根据它的数据库给你生成逆合成分析路线。
...

谢谢，我以前只用这数据库检索结构式和相应的文章，没使用其他功能，我去试试这功能

作者
Author: doublezhang 时间: 2021-9-17 11:31
https://zhuanlan.zhihu.com/p/352079574
有很多免费的逆合成库
但是我还是建议你请师兄吃顿饭，让师兄给你画条路线

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2021-9-17 13:49

doublezhang 发表于 2021-9-17 11:31
https://zhuanlan.zhihu.com/p/352079574
有很多免费的逆合成库
但是我还是建议你请师兄吃顿饭，让师兄给 ...

谢谢

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2021-9-17 14:13

doublezhang 发表于 2021-9-17 11:31
https://zhuanlan.zhihu.com/p/352079574
有很多免费的逆合成库
但是我还是建议你请师兄吃顿饭，让师兄给 ...

刚看了看，这个网站很给力，只是我还不怎么会用，谢谢啊

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