计算化学公社

标题: 高斯运行提示内存不足 [打印本页]

作者
Author: sai77 时间: 2021-9-17 09:14
标题: 高斯运行提示内存不足
新配了台服务器，内存192GB，系统CenOS 7.9。
昨天用PBS提交了两个任务，每个任务分配了20GB内存。
结果早上过来发现其中一个任务报错，提示galloc: could not allocate memory
请问这是怎么回事？谢谢

作者
Author: exity 时间: 2021-9-17 09:52
free -h看看内存总量和使用情况。

作者
Author: 独舞的印迹 时间: 2021-9-17 09:58
查一下计算节点的内存使用情况，应该是其他人算东西吧内存占满了

作者
Author: sai77 时间: 2021-9-17 10:18

exity 发表于 2021-9-17 09:52
free -h看看内存总量和使用情况。

$ free -h
            total       used       free    shared  buff/cache available
Mem:    187G       7.1G       177G       28M       2.9G       179G
Swap:    4.0G       0B       4.0G

现在没有任务运行。
昨天应该也就我的两个任务，还在测试期间，其他人还没登陆过服务器。

作者
Author: sai77 时间: 2021-9-17 10:19

独舞的印迹发表于 2021-9-17 09:58
查一下计算节点的内存使用情况，应该是其他人算东西吧内存占满了

不会，服务器刚弄好，我还在测试，其他人还没登陆过

作者
Author: exity 时间: 2021-9-17 10:23

sai77 发表于 2021-9-17 10:18
$ free -h
total used free shared buff/cache available
Mem: ...

把任务原子数，核心和内存分配贴一下看看。

作者
Author: sai77 时间: 2021-9-17 10:28
一个简单有机分子的结构优化
43 atoms, 174 electrons, neutral, singlet
%nprocshared=5
%mem=20000MW

#PBS -l nodes=1:ppn=5
#PBS -l mem=20000mb

作者
Author: exity 时间: 2021-9-17 10:29

sai77 发表于 2021-9-17 10:28
一个简单有机分子的结构优化
43 atoms, 174 electrons, neutral, singlet
%nprocshared=5

不好判断了，多跑跑，看看能不能重复出错误

作者
Author: 红米饭1234 时间: 2021-9-17 10:43
PBS别设置内存，直接在输入文件设置就行了

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-17 10:53
分清MW和MB，主流机子上1MW=8MB。
你PBS只分配了大约20GB，Gaussian里申请了大约160GB。先排除掉这个因素再试。

作者
Author: sai77 时间: 2021-9-17 11:50

snljty 发表于 2021-9-17 10:53
分清MW和MB，主流机子上1MW=8MB。
你PBS只分配了大约20GB，Gaussian里申请了大约160GB。先排除掉这个因素 ...

但是输出文件里的信息
%nprocshared=5
Will use up to 5 processors via shared memory.
%mem=20000MW
----------------------------
Leave Link 1 at Fri Sep 17 08:24:04 2021, MaxMem= 20971520000 cpu: 0.2 elap: 0.0

MaxMem= 20971520000算下来正好是20000MB啊

作者
Author: abin 时间: 2021-9-17 12:06

sai77 发表于 2021-9-17 11:50
但是输出文件里的信息
%nprocshared=5
Will use up to 5 processors via shared memory.

对，没错。
程序说，老子只看到20GB。哪里他妈的有160GB呀。

然后，就死翘翘了。

作者
Author: sai77 时间: 2021-9-17 12:28

红米饭1234 发表于 2021-9-17 10:43
PBS别设置内存，直接在输入文件设置就行了

我正有这个疑问想请教，如果输入文件和PBS里都设置了，运行的时候以哪个设置为准？

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-17 12:52

sai77 发表于 2021-9-17 12:28
我正有这个疑问想请教，如果输入文件和PBS里都设置了，运行的时候以哪个设置为准？

这两个完全是两码事，作业系统管你的作业最多申请多大资源，多了不让。软件里面是设置软件本身要申请多大资源（尽管不一定真的真的申请这么多）。

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-17 12:59
本帖最后由 snljty 于 2021-9-17 17:06 编辑

sai77 发表于 2021-9-17 11:50
但是输出文件里的信息
%nprocshared=5
Will use up to 5 processors via shared memory.

看Gaussian手册https://gaussian.com/defroute/，搜words，另外用搜索引擎了解一下字长的概念。

作者
Author: pwzhou 时间: 2021-9-17 16:23

sai77 发表于 2021-9-17 10:28
一个简单有机分子的结构优化
43 atoms, 174 electrons, neutral, singlet
%nprocshared=5

%mem=20000MW，换算下来是大概是160G，一个word是8个bytes，所以是20000*8 M，相当于两个作业申请了320G内存，你的机器只有192G内存，自然不够。如果想申请20G内存，直接些%mem=20gb即可，不用那么麻烦写那么多0。

作者
Author: pwzhou 时间: 2021-9-17 16:25

sai77 发表于 2021-9-17 11:50
但是输出文件里的信息
%nprocshared=5
Will use up to 5 processors via shared memory.

你确认MaxMem的单位是MB而不是MW？

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