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标题: 片段波函数组合的波函数使用求助 [打印本页]

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Author: cinnabar0321 时间: 2021-9-18 10:07
标题: 片段波函数组合的波函数使用求助
Sob老师和各位大神好！想请教一下用Multiwfn合成了新的input file with initial guess 之后要怎么运行？我看了manual 3.100.8 Generate Gaussian input file with initial guess combined from fragment wavefunctions，然而并不知道要怎么处理文件末尾的wavefunction。我一般用%chk=***, guess=read 来读取波函数，但是此处生成的wavefunction 并不是chk格式。个人猜测有两种可能性，一是剪切掉wavefunction 并保存为chk file; 另一个，莫非现在的格式就可以直接用高斯运行然而我孤陋寡闻不知道？请各位老师指点一二。谢谢！

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-18 11:58
应该有Guess=Cards关键词。直接跑就行。如果手册的第3章有任何疑惑，可以去第4章看对应章节的例子。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-18 13:12
手册4.100.8节有明确的例子
此功能产生的初猜信息是在输入文件末尾的，靠的是guess=cards从末尾来读，而不是靠guess=read从chk里读

作者
Author: cinnabar0321 时间: 2021-9-19 03:18
本帖最后由 cinnabar0321 于 2021-9-19 03:42 编辑

sobereva 发表于 2021-9-18 13:12
手册4.100.8节有明确的例子
此功能产生的初猜信息是在输入文件末尾的，靠的是guess=cards从末尾来读，而不 ...

谢谢老师！我在运行的时候给报错l401，但又不是帖子里出现的“ L401，Diagonalization in DiagDN via DSPEV failed.” 而是“wanted an integer as input. Found a floating point number as input." 我也检查了输入文件，但是没发现哪里有明显错误，还请老师帮忙看看，感谢！

作者
Author: cinnabar0321 时间: 2021-9-19 03:19

snljty 发表于 2021-9-18 11:58
应该有Guess=Cards关键词。直接跑就行。如果手册的第3章有任何疑惑，可以去第4章看对应章节的例子。

很有用，谢谢大神

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-19 05:45

cinnabar0321 发表于 2021-9-19 03:18
谢谢老师！我在运行的时候给报错l401，但又不是帖子里出现的“ L401，Diagonalization in DiagDN via DSP ...

看不懂你要做什么
几何优化根本没必要这么用片段初猜波函数

作者
Author: cinnabar0321 时间: 2021-9-19 06:18

sobereva 发表于 2021-9-19 05:45
看不懂你要做什么
几何优化根本没必要这么用片段初猜波函数

不仅是几何优化，需要指定每个片段的自旋，不用fragment的情况我算了但是自旋不是我们想要的结果。可以帮我看下为什么会有这种报错吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-19 06:20

cinnabar0321 发表于 2021-9-19 06:18
不仅是几何优化，需要指定每个片段的自旋，不用fragment的情况我算了但是自旋不是我们想要的结果。可以 ...

用此文的做法就完了
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

作者
Author: cinnabar0321 时间: 2021-9-19 06:43

sobereva 发表于 2021-9-19 06:20
用此文的做法就完了
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

谢谢. 文中提到的三种方式我只剩下guess=mix 没有试了，一会试一下。我用了高斯的fragment结果都给出了0 的自旋，opt=stable算的好慢结果还不收敛。如果可以，还是想麻烦您帮我看一下用Multiwfn生成的input file运行为什么会有这种报错。谢谢了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-19 16:06
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-9-19 09:10 编辑

cinnabar0321 发表于 2021-9-18 23:43
谢谢. 文中提到的三种方式我只剩下guess=mix 没有试了，一会试一下。我用了高斯的fragment结果都给出了0 ...

初始结构不合理。
（1）你的Re是几价？我对Re的化学不是特别了解，但是不管几价Re都不会是你画的这种结构吧？确定不是四面体结构？Re没有stereoactive的孤对电子，因此不可能是你画的这种类似四方锥的结构。
（2）有几个Fe配位不饱和，因此我很怀疑这个结构在实验上能否存在。建议确认一下是否漏了配位的溶剂，你但凡预期溶剂分子会和体系里的金属配位的，这些溶剂分子都必须加上。而且必须加隐式溶剂模型来描述第二配位层及以外的溶剂。如果结构不合理，很容易导致SCF不收敛，或收敛到错误的地方，甚至可能在这个结构下，具有你需要的自旋布居的波函数根本不存在，再怎么费力也找不到。先根据化学常识，把初始结构搞成定性正确的再说

作者
Author: cinnabar0321 时间: 2021-9-23 00:52

wzkchem5 发表于 2021-9-19 16:06
初始结构不合理。
（1）你的Re是几价？我对Re的化学不是特别了解，但是不管几价Re都不会是你画的这种结 ...

不好意思才看见消息。谢谢您的建议！
1）Re是+4价，Re这个结构是geometry optimization 优化出来的，这部分只要差的不是太多，计算过程中会优化到理想结构的吧？
2）请问Fe配位是否饱和您是怎么看出来的呢？我用的是矿物晶体切出来的一个cluster，然后计算中就保持了这个结构不变

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-23 01:22

cinnabar0321 发表于 2021-9-22 17:52
不好意思才看见消息。谢谢您的建议！
1）Re是+4价，Re这个结构是geometry optimization 优化出来的，这 ...

（1）你确定优化收敛了吗？有虚频吗？如果优化收敛且没有虚频，而且收敛到了正确的波函数，那就可以用。
（2）看配位数和配位构型，Fe至少也得有4个配体才能配位饱和。视晶体组成而定，切出来的cluster不一定能直接算，例如金属一般问题不大，但是金属氧化物、硫化物之类的，边界必须饱和，例如用巯基

作者
Author: 火星哥 时间: 2022-6-24 09:41

sobereva 发表于 2021-9-19 05:45
看不懂你要做什么
几何优化根本没必要这么用片段初猜波函数

老师，柔性扫描可以用组合波函数吗？还是说也没必要

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-24 14:04

火星哥发表于 2022-6-24 09:41
老师，柔性扫描可以用组合波函数吗？还是说也没必要

有没必要用，不是取决于柔性扫描、刚性扫描、结构优化这些东西，是取决于体系电子结构是不是很复杂。

作者
Author: 火星哥 时间: 2022-6-24 15:51

zjxitcc 发表于 2022-6-24 14:04
有没必要用，不是取决于柔性扫描、刚性扫描、结构优化这些东西，是取决于体系电子结构是不是很复杂。

谢谢老师

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