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标题: 优化7个糖单元的羧甲基淀粉钠和25个糖单元的OSA淀粉用什么基组合适呢 [打印本页]

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Author: 大王雷 时间: 2021-9-18 10:07
标题: 优化7个糖单元的羧甲基淀粉钠和25个糖单元的OSA淀粉用什么基组合适呢
请问各位老师，我想优化两个分子结构。一个是含7个糖单元的羧甲基淀粉，在第3个糖单元取代一个羧甲基钠（如图2）。第二个结构是含25个糖单元的OSA淀粉分子如图1，接了两个OSA（抱歉，图有点不清楚）。请问老师这两种可以用什么基组比较合适呢，谢谢各位老师！
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Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-18 10:27
目的是什么

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Author: 大王雷 时间: 2021-9-18 14:14

喵星大佬发表于 2021-9-18 10:27
目的是什么

结构优化之后，想做它们各自与蛋白的分子对接

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Author: wzkchem5 时间: 2021-9-18 15:02

大王雷发表于 2021-9-18 07:14
结构优化之后，想做它们各自与蛋白的分子对接

用GFN2-xTB吧，尤其第二个结构估计DFT跑不动。结构优化以后倒是可以用DFT算单点。
另外注意一定要做充分的构象搜索（而不能随便画一个构象就算），Na必须做显式溶剂化，除Na第一配位层以外的溶剂要用隐式溶剂模型考虑

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-18 16:18

wzkchem5 发表于 2021-9-18 15:02
用GFN2-xTB吧，尤其第二个结构估计DFT跑不动。结构优化以后倒是可以用DFT算单点。
另外注意一定要做充分 ...

我觉得既然要跟蛋白去对接或者MD，这个Na就不该画出来。。。。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-18 16:20

大王雷发表于 2021-9-18 14:14
结构优化之后，想做它们各自与蛋白的分子对接

既然后面要做MM计算，那你直接用MM优化不就好了，因为你现在用DFT优化完了做MM计算的时候势函数还是按MM的来的，极小点结构/构象分布这些也是MM的，所以选个半经验或者类似的方法大概啊优化一下结构差不多键长键角基本合理就完了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-18 16:58

喵星大佬发表于 2021-9-18 09:18
我觉得既然要跟蛋白去对接或者MD，这个Na就不该画出来。。。。

有道理

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Author: 大王雷 时间: 2021-9-18 22:52

wzkchem5 发表于 2021-9-18 16:58
有道理

意思是这个Na就不要了吗？可是他是结构的一部分啊

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Author: wzkchem5 时间: 2021-9-18 23:34

大王雷发表于 2021-9-18 15:52
意思是这个Na就不要了吗？可是他是结构的一部分啊

Na+在水里会完全电离掉，既然你要做蛋白对接，按理说你是在研究水相反应，此时Na+必然会和分子的其他部分分离。如果你研究这个分子的晶体，那带着Na+还有道理

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-19 04:45
对于你的实际目的，就拿分子力场诸如MMFF94粗略优化一下就够了，免费的OpenBabel就可以做

作者
Author: 大王雷 时间: 2021-9-19 09:04

sobereva 发表于 2021-9-19 04:45
对于你的实际目的，就拿分子力场诸如MMFF94粗略优化一下就够了，免费的OpenBabel就可以做

好的，谢谢老师

作者
Author: 大王雷 时间: 2021-9-19 09:04

wzkchem5 发表于 2021-9-18 23:34
Na+在水里会完全电离掉，既然你要做蛋白对接，按理说你是在研究水相反应，此时Na+必然会和分子的其他部分 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-9-19 18:20

sobereva 发表于 2021-9-19 04:45
对于你的实际目的，就拿分子力场诸如MMFF94粗略优化一下就够了，免费的OpenBabel就可以做

画结构+优化还是IQMol比较舒服，GAFF，MMFF94s，UFF都可以用，图还比GV好看

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