计算化学公社

标题: 求助：Multiwfn计算RESP电荷有疑惑 [打印本页]

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Author: libo371324 时间: 2021-9-18 10:55
标题: 求助：Multiwfn计算RESP电荷有疑惑
本帖最后由 libo371324 于 2021-9-22 10:56 编辑

使用fchk文件计算RESP电荷时，输出的chg文件中的坐标和log文件中的输入朝向和标准朝向的坐标都不一样，为什么会出现这种情况。附优化的最后朝向坐标截图

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-18 11:21
扫了一下没看出来和标准取向的有什么差别...脚本的第二步Geom=Allcheck读的应该是优化后最后一步的标准取向。所以最后输出也是标准取向。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-18 13:10
chg里的坐标明明就是标准朝向下的坐标
怀疑你是不是看串列了

作者
Author: libo371324 时间: 2021-9-18 14:46

sobereva 发表于 2021-9-18 13:10
chg里的坐标明明就是标准朝向下的坐标
怀疑你是不是看串列了

x轴的坐标倒是对，yz轴坐标是反的，正负号不一样

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-19 04:49
上传给RESP计算脚本用的输入文件

作者
Author: libo371324 时间: 2021-9-21 08:56

sobereva 发表于 2021-9-19 04:49
上传给RESP计算脚本用的输入文件

文件已上传

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-21 10:36

libo371324 发表于 2021-9-21 08:56
文件已上传

你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview用atom list editor看的坐标

(, 下载次数 Times of downloads: 33)

应该你是哪里搞错了

作者
Author: libo371324 时间: 2021-9-22 10:57

sobereva 发表于 2021-9-21 10:36
你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview ...

老师，我是用chk文件从超算上转的fchk文件，fchk和chg的坐标一样，但是和log文件里面的坐标不一样，转化过程中出问题了吗，log文件和chk文件已上传

作者
Author: libo371324 时间: 2021-9-22 14:53

sobereva 发表于 2021-9-21 10:36
你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview ...

老师，我知道原因了，是我自己的问题，我将优化输出 log文件转成gjf文件，又放到高斯里面计算其他的东西，这样导出的chk文件和转化的fchk文件就和原输出的log文件的坐标有了差异，麻烦了，老师！

作者
Author: libo371324 时间: 2021-9-22 15:15

sobereva 发表于 2021-9-21 10:36
你没上传你的Gaussian输出文件

chg里的坐标和你上传的fchk里的坐标完全一样。截图下方是fchk载入gview ...

但是老师，我这里有个问题想问一下，优化输出log文件，转成gjf文件，加入关键词pop=NPA(不再进行优化)，这样第二次输出的log文件会与第一次的log文件中的坐标出现上述问题，那我计算的NPA电荷是不是具有意义？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-22 15:45

libo371324 发表于 2021-9-22 08:15
但是老师，我这里有个问题想问一下，优化输出log文件，转成gjf文件，加入关键词pop=NPA(不再进行优化)， ...

只要你的分子只是整体取向变了，结构本身没变，那么电荷就是有意义的，因为NPA电荷与分子取向无关

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-23 05:04

libo371324 发表于 2021-9-22 15:15
但是老师，我这里有个问题想问一下，优化输出log文件，转成gjf文件，加入关键词pop=NPA(不再进行优化)， ...

搞清楚输入朝向和标准朝向的差异，仔细看
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297（http://bbs.keinsci.com/thread-1355-1-1.html）

NPA电荷不受朝向影响。拟合静电势电荷由于拟合点的分布原因，可能轻微受朝向的影响，但只要拟合点足够多这就不是问题。

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