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标题: 请教关于修改力场参数的问题 [打印本页]

作者
Author: aw10279 时间: 2021-9-18 12:43
标题: 请教关于修改力场参数的问题
本帖最后由 aw10279 于 2021-9-18 12:43 编辑

请教各位老师一个修改力场参数的问题：我想构建壳寡糖的模型和力场参数。先用tleap建了3糖的结构，然后用gview修改结构，将对应位置的OH替换成NH2。根据我参考的文献，后面需要修改力场，将OH部分删除并添加NH2的力场，并修改单体间的键长键角二面角，然后用高斯计算原子的电荷添加到力场中去，想请教以下问题：
1. 是在生成的prmtop文件中替换力场吗，如何查找到具体的修改位置？
2. 要替换上的NH2的力场参数应该如何获取？
3. 用高斯得到电荷文件后，具体替换的位置又是在哪里？

初学MD很多基础知识要学习，有懂的大佬麻烦指教一下，或提供可以参考的教程也可以，感激不尽！！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-19 04:55
1 否。这种简单体系可以直接用antechamber搞，没必要手动弄。

2 GAFF力场里都有合适的参数。非要手动弄的话，先根据原子类型的定义指认合适的原子类型，对应的力场参数在gaff.dat里直接就有

3 Gaussian直接能给出的原子电荷没有很合适的。应当用Multiwfn算RESP或RESP2(0.5)电荷
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

作者
Author: aw10279 时间: 2021-9-26 11:31

sobereva 发表于 2021-9-19 04:55
1 否。这种简单体系可以直接用antechamber搞，没必要手动弄。

2 GAFF力场里都有合适的参数。非要手动弄 ...

谢谢老师的回复！我按照您说的尝试用antechamber对gview修改过的文件进行计算，有如下警告信息：
-- Check Geometry --
   for those bonded
   for those not bonded
Warning: Close ( 1.48) nonbonded atoms (ID: 17, Name: O3) and (ID: 24, Name: O5).
Warning: Close ( 0.69) nonbonded atoms (ID: 18, Name: H3O) and (ID: 31, Name: H6O).
Warning: Close ( 1.48) nonbonded atoms (ID: 36, Name: O3) and (ID: 43, Name: O5).
Warning: Close ( 0.69) nonbonded atoms (ID: 37, Name: H3O) and (ID: 50, Name: H6O).
Warning: Close ( 1.48) nonbonded atoms (ID: 55, Name: O3) and (ID: 62, Name: O5).
Warning: Close ( 0.69) nonbonded atoms (ID: 56, Name: H3O) and (ID: 69, Name: H6O).
Warning: Close ( 1.48) nonbonded atoms (ID: 74, Name: O3) and (ID: 81, Name: O5).
Warning: Close ( 0.69) nonbonded atoms (ID: 75, Name: H3O) and (ID: 88, Name: H6O).

这样是否影响计算结果？是否需要对修改过的信息做一些处理，比如修改残基编号呢？在gview中修改的信息是从序号99往下的部分：
HETATM 97  C2  0GB    6    7.479  30.036  -8.167                      C
HETATM 98  H2  0GB    6    6.674  29.899  -8.858                      H
HETATM 99  N          0    7.735  11.274  -3.659                      N
HETATM  100  H          0    8.400  11.422  -2.927                      H
HETATM  101  H          0    7.797  10.329  -3.980                      H
HETATM  102  N          0    3.512  17.100  -1.541                      N
HETATM  103  H          0    2.830  16.963  -2.259                      H
HETATM  104  H          0    3.351  16.449  -0.799                      H
HETATM  105  N          0    8.289  20.512  -6.217                      N
HETATM  106  H          0    8.999  20.649  -5.527                      H
HETATM  107  H          0    8.318  19.567  -6.542                      H
HETATM  108  N          0    4.290  26.396  -3.827                      N
HETATM  109  H          0    3.552  26.269  -4.490                      H
HETATM  110  H          0    4.177  25.747  -3.075                      H
HETATM  111  N          0    8.753  29.744  -8.840                      N
HETATM  112  H          0    8.870  30.365  -9.615                      H
HETATM  113  H          0    9.507  29.871  -8.196                      H
END
CONECT 1 2
CONECT 2 1 3
CONECT 3 2 5 4 19

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-27 10:49

aw10279 发表于 2021-9-26 11:31
谢谢老师的回复！我按照您说的尝试用antechamber对gview修改过的文件进行计算，有如下警告信息：
-- Che ...

用的结构不合理。不成键的O之间距离太近，应当在gview里转开

作者
Author: aw10279 时间: 2021-9-27 15:50

sobereva 发表于 2021-9-27 10:49
用的结构不合理。不成键的O之间距离太近，应当在gview里转开

明白了，谢谢老师！

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