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标题: 求助：PDB结构过于庞大只提取部分进行分子模拟可以吗？ [打印本页]

作者
Author: 李碧娜 时间: 2021-9-20 12:10
标题: 求助：PDB结构过于庞大只提取部分进行分子模拟可以吗？
选取了某一蛋白质PDB建模，由于太过于庞大，建模时只截取了催化中心附近参与反应的蛋白质结构域，不知这样会影响分子模拟吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-20 13:39
说具体，用什么方法什么程序模拟、算什么问题

作者
Author: 李碧娜 时间: 2021-9-22 09:13
用charmm进行分子模拟，在用setup.charmm脚本加水球后原子数目太多无法进行之后的MD，我就截取了催化中心周围参与反应的蛋白子结构域进行分子模拟将它跑平衡，之后对催化残基进行QM计算，总是显示结构不合理无法收敛，想问一下会不会是在分子模拟过程中催化中心重要残基因为缺少周围其他蛋白质结构域而受到了影响呢？

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