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标题: 聚合物模拟流程请教 [打印本页]

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-9-20 21:47
标题: 聚合物模拟流程请教
老师您好，我模拟的体系是一个长方体形状的PVDF模型，处于真空下的模拟，我自己构建了rtp文件，通过pdb2gmx生成top文件，接下来依次使用如下命令：能量最小化过程：

gmx grompp -f em.mdp -c PVDF84-6-6_box.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
gmx mdrun -v -deffnm em

nvt弛豫：
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -maxwarn 2
gmx mdrun -v -deffnm nvt
npt弛豫：
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -p topol.top -o npt.tpr -maxwarn 2
gmx mdrun -v -deffnm npt

为了使得长方体的聚合物模型不分散或者凌乱，我在nvt和npt都使用了位置限制性文件，请问老师我这样使用位置限制性条件对吗？
在最后产品模拟的时候，我没有使用限制性位置条件，在nvt下进行模拟，体系变得凌乱了，请问老师这是什么原因呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-9-20 22:10
感觉你好像都说了，感觉你又什么都没说。
要把文件传上来大家看看。
变得凌乱，最好贴图，以及用vmd打开时，有没有提示错误

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-21 06:08
什么要点都没交代，mdp也没有、截图也没有、拓扑/结构文件也没有
如果确实要在真空下模拟，根本就不该用NPT，真空区都自发没了
长方体形状PVDF模型到底是什么样别人也不清楚，也不知道怎么个凌乱法

作者
Author: 1971806673 时间: 2021-9-22 09:31
标题: 弛豫过程中体系凌乱的问题
本帖最后由 1971806673 于 2021-9-22 11:21 编辑

老师您好，我的问题是对构建的PVDF块体模型弛豫，弛豫过程中，我如果不加posre.itp，那么我的体系就会变得凌乱不规整了，没有办法模拟的时候去做弯曲了，但是就算我在弛豫过程中使用了posre.itp进行位置限制，但是在模拟过程中由于不使用posre.itp文件，体系就凌乱了，请问老师这个问题该怎么解决呢？
各个阶段的控制文件我都上传了。麻烦老师了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-23 07:14
带真空区的体系不要用EnerPres

在很低温度下跑MD，看看结构是否能维持。如果也散架了，可能力场参数、拓扑文件就有问题。如果只有温度较高时才变得凌乱，可能是热运动本身导致的

不建议用gen_vel。最好用退火从0K开始线性升温，这样比较稳健

作者
Author: nianbin 时间: 2021-11-5 01:03
首先，你的块体是如何做出来的，晶胞参数是不是符合实际情况，从图中看，你链之间的距离可能有点远，其次，检查你的top文件是不是合理。

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