计算化学公社

标题: 求助：优化结束没有计算频率就结束了 [打印本页]

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-22 09:17
标题: 求助：优化结束没有计算频率就结束了
大家好，Gaussian计算时出了个问题，本来时opt freq，但是最后只进行了opt，没有计算freq，我是在linux系统提交的任务，系统显示我的任务已经没有在跑了，但是用Gview打开log文件时显示任务可能还在跑或者没有正常结束这个提示。优化也收敛了，四个收敛标准都满足。请问一下大家这是什么原因，我需要再用最后一步的结构在算opt freq吗？
这个是计算的关键词：# opt freq b3lyp/gen empiricaldispersion=gd3bj

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-22 09:18
用的是混合基组
25-48,73-120,145-216 0
6-311G(d,p)
****
1-24,49-72,121-144,217-792 0
6-31G(d)
****

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-22 09:27
硬盘不够。

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-22 14:09

snljty 发表于 2021-9-22 09:27
硬盘不够。

感谢您的解答，请问我可以用最后一步优化的结构继续算频率吗？还是需要用最后一步的结构再优化和算频率

作者
Author: snljty 时间: 2021-9-22 14:17

wangy0822 发表于 2021-9-22 14:09
感谢您的解答，请问我可以用最后一步优化的结构继续算频率吗？还是需要用最后一步的结构再优化和算频率

看起来应该是已经优化完了，你检查一下最后有没有Stationary point found这句话。不过后面反正还要计算二阶导数，相比起来一阶导数的计算时间不算长。你可以直接读最后的check文件，写Opt Freq 你的方法/基组 Geom=AllCheck Guess=Read。

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-22 14:28
本帖最后由 wangy0822 于 2021-9-23 10:09 编辑

snljty 发表于 2021-9-22 14:17
看起来应该是已经优化完了，你检查一下最后有没有Stationary point found这句话。不过后面反正还要计算二 ...

感谢您的解答，检查了log文件，没有Stationary point found

您说的读取最后的check文件怎么去操作呢，我最后的输出文件是这几个

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-23 06:40

wangy0822 发表于 2021-9-22 14:28
感谢您的解答，检查了log文件，没有Stationary point found

您说的读取最后的check文件怎么去操作呢， ...

贴图方式不对，其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴第4节了解怎么正确贴图，此问题在这里还特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-23 18:14
大家好，我能不能用优化收敛的结构单独算一下频率，这样能不能减小硬盘使用量。频率计算和优化结构哪个用的硬盘量更多一些；哪个更耗时

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-9-23 18:24

wangy0822 发表于 2021-9-23 18:14
大家好，我能不能用优化收敛的结构单独算一下频率，这样能不能减小硬盘使用量。频率计算和优化结构哪个用的 ...

我能不能用优化收敛的结构单独算一下频率

能，而且推荐这么做。

这样能不能减小硬盘使用量。

结构优化和算频率是相继的两步，优化收敛了才能算频率。因此不影响硬盘使用量。

频率计算和优化结构哪个用的硬盘量更多一些；哪个更耗时

频率计算用的硬盘量更多一些。频率计算更耗时（指一步的时长，一次频率计算可能相当于优化十几步甚至几十步的耗时，但如果结构优化特别困难，也可能比算频率更久）。

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-23 19:06
本帖最后由 wangy0822 于 2021-9-23 19:27 编辑

北大-陶豫发表于 2021-9-23 18:24
能，而且推荐这么做。

感谢您的回复
我现在就是遇到优化结构之后出现硬盘不足，然后我就想用优化完的结构单独算频率，这样是不是去掉了结构优化的硬盘占用，可能硬盘就够用了。我的体系是33个葡萄糖分子（C6H12O6），采用混合基组的方法，中间6个分子采用6-311G（d,p）,周围的其他分子固定，基组用的6-31G（d），泛函用的B3LYP-D3，中间144个原子，感觉算起来应该没啥问题。请问一下我是不是需要降低周围分子的基组，周围的分子固定住了还会不会增加计算耗时，硬盘占用等计算资源？
这个是我的输入文件前几行：
%chk=glucosecluster33.chk
%nprocshared=48
%mem=120GB
# opt freq b3lyp/gen empiricaldispersion=gd3bj

还有个问题就是硬盘不足是不是与我交的任务的多少有关。

有什么好的解决硬盘不足问题的方法吗

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-9-23 19:23

wangy0822 发表于 2021-9-23 19:06
感谢您的回复
我现在就是遇到优化结构之后出现硬盘不足，然后我就想用优化完的结构单独算频率，这样是不 ...

我现在就是遇到优化结构之后出现硬盘不足，然后我就想用优化完的结构单独算频率，这样是不是去掉了结构优化的硬盘占用，可能硬盘就够用了。

不是。本来 opt freq 在 opt 之后就会释放硬盘空间。

还有个问题就是硬盘不足是不是与我交的任务的多少有关。

是。多个任务同时算那就同时吃硬盘。

有什么好的解决硬盘不足问题的方法吗

见3楼

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-23 19:29
本帖最后由 wangy0822 于 2021-9-23 19:37 编辑

北大-陶豫发表于 2021-9-23 19:23
不是。本来 opt freq 在 opt 之后就会释放硬盘空间。

是。多个任务同时算那就同时吃硬盘。

感谢您的回复，我的体系是33个葡萄糖分子（C6H12O6），采用混合基组的方法，中间6个分子基组采用6-311G（d,p）,周围的其他分子固定，基组用的6-31G（d），泛函用的B3LYP-D3，中间144个原子，感觉算起来应该没啥问题。请问一下我是不是需要降低周围分子的基组，周围的分子固定住了还会不会增加计算耗时，硬盘占用等计算资源？
这个是我的输入文件前几行：
%chk=glucosecluster33.chk
%nprocshared=48
%mem=120GB
# opt freq b3lyp/gen empiricaldispersion=gd3bj

您上面说的频率计算比优化耗时是整个体系的频率计算可能要和很多步优化耗时差不多吗? 也就是从优化完成到频率计算结束的耗时要和很多步优化耗时差不多是吗？假如我优化了一天，那我计算频率原则上是要比一天多还是少？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-9-23 20:35

wangy0822 发表于 2021-9-23 19:29
感谢您的回复，我的体系是33个葡萄糖分子（C6H12O6），采用混合基组的方法，中间6个分子基组采用6-311G（ ...

把原子固定住，是没法降低频率分析需要的资源（硬盘、内存、时间）的
你这么大的体系、这么大的基组，算频率，我感觉危）

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-23 20:42

北大-陶豫发表于 2021-9-23 20:35
把原子固定住，是没法降低频率分析需要的资源（硬盘、内存、时间）的
你这么大的体系、这么大的基组，算 ...

感谢您的回复，我的中间的6个分子用6-311G(d,p)应该没什么问题吧，是不是周围的分子用的基组偏大，您有什么建议的基组吗？3-21G，还是什么？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-9-23 21:18

wangy0822 发表于 2021-9-23 20:42
感谢您的回复，我的中间的6个分子用6-311G(d,p)应该没什么问题吧，是不是周围的分子用的基组偏大，您有什 ...

为什么要那么多葡萄糖分子啊））

作者
Author: wangy0822 时间: 2021-9-23 21:24

北大-陶豫发表于 2021-9-23 21:18
为什么要那么多葡萄糖分子啊））

您的意思是外层分子数过多吗？内层6个分子还好吧

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2021-9-23 21:40

wangy0822 发表于 2021-9-23 21:24
您的意思是外层分子数过多吗？内层6个分子还好吧

我不知道啊，取决于你是想干什么，为什么要放那么多分子

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)