计算化学公社

标题: 求助：表面活性剂IGM分析疑惑 [打印本页]

作者
Author: lining 时间: 2021-9-22 17:19
标题: 求助：表面活性剂IGM分析疑惑
本帖最后由 lining 于 2021-9-22 17:21 编辑

sob老师您好，我仿照讲义上aNCI那部分模拟一个含有表面活性剂的水盒子，尝试用产生相的最后一帧做IGM分析，但发现烷基与水分子间形成了强吸引作用，从经验上来说，烷基部分应该和水分子之间形成范德华相互作用，等值面应该为绿色。请问老师图片上的这样合理么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-23 06:29
你需要先做能量极小化。要不然在动力学过程中由于分子的热运动，可能某一瞬间烷基和水挨得比较近，结果在IGM图上看仿佛是本身有什么强吸引作用似的。

作者
Author: lining 时间: 2021-9-23 08:22

sobereva 发表于 2021-9-23 06:29
你需要先做能量极小化。要不然在动力学过程中由于分子的热运动，可能某一瞬间烷基和水挨得比较近，结果在IG ...

好的，非常感谢sob老师的解答！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)