计算化学公社

标题: 求助甲基橙等有机染料分子动力学模拟用什么力场 [打印本页]

作者
Author: iueh 时间: 2021-9-23 09:43
标题: 求助甲基橙等有机染料分子动力学模拟用什么力场
求助甲基橙等有机染料分子动力学模拟用什么力场

作者
Author: exity 时间: 2021-9-23 14:49
AMBER+GAFF

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-24 09:23
我个人首选GAFF
用下文提到的工具产生OPLS-AA、CGenFF、GROMOS力场的也可以
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

作者
Author: Tifo 时间: 2023-2-7 15:35

sobereva 发表于 2021-9-24 09:23
我个人首选GAFF
用下文提到的工具产生OPLS-AA、CGenFF、GROMOS力场的也可以
几种生成有机分子GROMACS拓扑 ...

好像也有用CVFF力场的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-8 05:23

Tifo 发表于 2023-2-7 15:35
好像也有用CVFF力场的

CVFF不是不能用，但不是主流，GROMACS又没法支持。并且用的话最好先进行验证，比如优化的结构/振动频率和DFT的对比。

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