计算化学公社

标题: 请教分子动力学模拟方面的问题 [打印本页]

作者
Author: AlexJax 时间: 2021-9-23 10:16
标题: 请教分子动力学模拟方面的问题
各位老师前辈好，我是一名分子动力学方面的新手，最近在用gromacs模拟核酸时，发现模拟到最后，核酸的双链分开，有一条链已经跑到盒子外面，同时rmsd在后30个ns波动很大，请问该怎样解决，谢谢各位老师前辈进行批评指教！（模拟时所用的模板我在下方给出）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-24 09:26
应当模拟时候要求对DNA的组消除平动和转动，要不然就会因为DNA旋转、自发跑到盒子边缘，导致出现这种麻烦事。虽然可以修正轨迹，还得额外多做一步，而且还可能有DNA与相邻镜像距离太近的风险

作者
Author: AlexJax 时间: 2021-9-24 09:54

sobereva 发表于 2021-9-24 09:26
应当模拟时候要求对DNA的组消除平动和转动，要不然就会因为DNA旋转、自发跑到盒子边缘，导致出现这种麻烦事 ...

感谢社长回复，那么老师，在进行模拟时应添加哪些命令语句来对DNA组消除平动和转动呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-24 09:56

AlexJax 发表于 2021-9-24 09:54
感谢社长回复，那么老师，在进行模拟时应添加哪些命令语句来对DNA组消除平动和转动呢

comm-grps = DNA
comm-mode = angular

作者
Author: AlexJax 时间: 2021-9-24 11:24

sobereva 发表于 2021-9-24 09:56
comm-grps = DNA
comm-mode = angular

收到，感谢老师

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-29 10:06

sobereva 发表于 2021-9-24 09:26
应当模拟时候要求对DNA的组消除平动和转动，要不然就会因为DNA旋转、自发跑到盒子边缘，导致出现这种麻烦事 ...

老师，我研究方向是有机太阳能电池，其中涉及给体和受体两种材料，然后使用gromacs进行动力学模拟，想请问老师跑完MD后有什么方法可以判断两类分子混合的好坏程度？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-30 10:04

xxzj 发表于 2021-10-29 10:06
老师，我研究方向是有机太阳能电池，其中涉及给体和受体两种材料，然后使用gromacs进行动力学模拟，想请 ...

算算同种分子之间、不同种分子间的径向分布函数，绘制到一起进行对比

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