计算化学公社

标题: 关于计算配体解离自由能方法选择问题 [打印本页]

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-9-23 22:41
标题: 关于计算配体解离自由能方法选择问题
我的体系是一个蛋白质和配体的复合物，配体暴露在蛋白质表白，因此任何方向都有可能解离出来，我想要计算出配体从蛋白质解离出来的这个过程的PMF，只能选用不需要预定义反应坐标的增强采样方法，看了文献有gamd，还有WE或者（WExplore），ITS等等，我的体系实验上说能垒有二十几个kcal/mol，本人初入计算化学的门槛，缺乏经验，想问问各位大佬以上方法可行性高么？

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2021-9-24 01:21
具体情境下一个办法行不行，只有在你自己试过之后才知道。最好不要先行限制住自己的思维。

如果能找到可以恰当地描述你关心的这个过程的collective variable的话，依赖collective variable的增强采样方法所需要的计算代价是显著小于不依赖collective variable的增强采样方法所需要的计算代价。我的建议是你先看看文献中有没有类似的体系，别人用了什么样的方法。同时也要考虑到你自己熟悉哪个分子动力学软件（我印象中ITS只能在一个老版本的Amber里面用）。

以我自己为例，我以前做过Hamiltonian replica exchange，有使用gromacs的经验。如果现在我需要去解决一个类似的问题，我可能会考虑Hamiltonian replica exchange里面的solute tempering，把配体设置成solute，把蛋白和溶液设置成solvent。如果我在实际操作中这么干的话，我需要处理的一个问题就是用什么标准判断我的模拟已经达到平衡。前面这几句话仅仅只是一个看起来有可能行得通的方案，或者说是我在没有看过相关文献的情况下开的一个脑洞，但这些初步的考虑有助于我的决策，思考完这些之后我就得立刻去找文献了（如果我真的在做类似的课题的话）。

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-9-24 09:18

Daniel_Arndt 发表于 2021-9-24 01:21
具体情境下一个办法行不行，只有在你自己试过之后才知道。最好不要先行限制住自己的思维。

如果能找到可 ...

主要是我的体系是配体暴露在蛋白质表面，不像通常的配体嵌在蛋白质的口袋里，因此任何方向都有可能解离出来，这种情况CV无法定义吧。

作者
Author: rpestana94 时间: 2021-9-25 03:32
If the ligand is exposed (if that is translated correctly) why not calculate the binding energy using mmpbsa? If it can go to any direction, that make the direction irrelevant, and the ligand go far from the protein, so there will be no more interaction, if you surpass the binding energy you will get dissociation from the protein

作者
Author: 退休老干部 时间: 2021-9-25 16:30

rpestana94 发表于 2021-9-25 03:32
If the ligand is exposed (if that is translated correctly) why not calculate the binding energy usin ...

结合自由能和解离自由能好像不能等同吧，mmpbsa只能算出一个值吧，我想要的是整个过程

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