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标题: 如何计算两相体系同种原子对的配位数 [打印本页]

作者
Author: nusiew 时间: 2021-9-26 19:27
标题: 如何计算两相体系同种原子对的配位数
大家好，基于从头算分子模拟得到一个形状不太规则的两相体系，体系中第一相只有B和Si原子，第二相有B、O、Si、Ca等，且第二相中B周围只有O配位，现在我用vmd等后处理软件计算整个体系中B周围的O配位数，请问这个得到的配位数只是是第二相中B周围的O平均配位数，还是第一相和第二相中所有B原子周围的O配位数的平均呢？考虑到第一相中B周围没有O，第一相中B周围O配位数肯定为0，所以计算得到的配位数是对整个两相体系中所有B平均得到的吗？谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-27 13:21
先说清楚VMD里是怎么算的，这直接决定了考虑了哪些原子

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