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标题: AMD_5950x上编译vasp5.4.4在不同环境下的效率对比 [打印本页]

作者
Author: ShangChien 时间: 2021-9-26 21:50
标题: AMD_5950x上编译vasp5.4.4在不同环境下的效率对比
本帖最后由 ShangChien 于 2021-9-26 22:02 编辑

毕业了，没有计算资源。参考sob老师的购机推荐http://sobereva.com/444，最近自己组装了一台5950x电脑（128G内存）。使用MKL编译的vasp效率较高。众所周知，在AMD上使用intel家的mkl库时，需要特殊的编译和使用技巧https://documentation.sigma2.no/jobs/mkl.html，但是链接中的方法并不适用vasp。
新版微软windows内置的linux子系统（WSL2）势头正盛（一般是ubuntu20.04）https://docs.microsoft.com/zh-cn/windows/wsl/，我直接在win11下安装了ubuntu子系统。参考各路网络上的AMD配置进行编译，大多数方法在编译或者运行vasp时会有报错。经过多次实验，针对vasp.5.4.4来说，使用intel2019http://bbs.keinsci.com/thread-11614-1-1.html，参考社长在centos上编译vasp的方法http://bbs.keinsci.com/thread-11812-1-1.html和另一个ubuntu编译的帖子https://blog.csdn.net/weixin_50987648/article/details/109035672
此外还需修改makefile.include以下参数：

OFLAG = -O2 -march=core-avx2 #使用amd的avx2指令集
...
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
...

复制代码

编译完成后使用AMD平台提升MKL性能的小技巧（在~/.bashrc中添加环境）：

#AMD trick
export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5
export MKL_CBWR=AVX2
export I_MPI_PIN_DOMAIN=numa

复制代码

最后使用sob老师的测试任务包（Hg）中的IN-long作为INCAR进行测试（一共20个离子步），
16core不加tirck环境，32core不加tirck环境，16core添加tirck环境
最终结果如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 70)
结论：理解多线程技术http://sobereva.com/392，添加AMD专属环境，可以更加高效地使用计算资源，提升vasp运行速度。

作者
Author: 万里云 时间: 2021-9-27 10:36
最近AMD以clang/flang+llvm搞了一套新的编译器AOCC和新的数学库AOCL，不知道效率怎么样。

作者
Author: abin 时间: 2021-9-27 11:22
所谓的tricky 就是限定指令集。

如果不限定，为了保证兼容性，
intel系列工具会默认AVX指令集，当然会慢。

用AOCC吧……

作者
Author: ShangChien 时间: 2021-9-27 18:25

abin 发表于 2021-9-27 11:22
所谓的tricky 就是限定指令集。

如果不限定，为了保证兼容性，

不熟悉AOCC，本来也想用AMD的编译器，但是vasp官方论坛里一大片指责开发者不作为，不提供AMD处理器的编译方法。好事者自行编译也是有明显问题https://zhuanlan.zhihu.com/p/293300472

作者
Author: ShangChien 时间: 2021-9-27 18:28

abin 发表于 2021-9-27 11:22
所谓的tricky 就是限定指令集。

如果不限定，为了保证兼容性，

可以开源分享一下您的AOCC编译方法吗？

作者
Author: biogon 时间: 2021-9-27 19:10

ShangChien 发表于 2021-9-27 18:25
不熟悉AOCC，本来也想用AMD的编译器，但是vasp官方论坛里一大片指责开发者不作为，不提供AMD处理器的编译 ...

用AOCC其实我觉得还不如直接用GNU编译器，编别的程序没感觉有什么差别

作者
Author: abin 时间: 2021-9-27 19:15

ShangChien 发表于 2021-9-27 18:28
可以开源分享一下您的AOCC编译方法吗？

没有设备，没有测试过。
我只是读了说明文档。

开发者不作为之说，真是天方夜谭。
开发者论坛有提及，
开发者手里暂无任何AMD平台设备，
拿什么做调试？

作者
Author: loovfnd 时间: 2021-11-8 08:21
本帖最后由 loovfnd 于 2021-11-8 09:13 编辑

5950X内存通道不够多呀，对vasp计算有啥影响吗

作者
Author: ShangChien 时间: 2021-11-8 11:44

loovfnd 发表于 2021-11-8 08:21
5950X内存通道不够多呀，对vasp计算有啥影响吗

说实话，通道数确实少，但是通道数多的7742价格也不是正比的关系。反正我是单根32G，四槽插满了，一共是128中等体系应该没问题。通道数和运行效率的关系没测过。有一个缺点是这个128G内存没有ECC纠错功能。

作者
Author: loovfnd 时间: 2021-11-17 09:02

ShangChien 发表于 2021-11-8 11:44
说实话，通道数确实少，但是通道数多的7742价格也不是正比的关系。反正我是单根32G，四槽插满了，一共是1 ...

32G的ECC内存什么品牌型号？价格大概多少呀。主板用的什么呀，我这也买了这个U一直在琢磨怎么做计算用。

作者
Author: ShangChien 时间: 2021-11-17 11:07
本帖最后由 ShangChien 于 2021-11-17 12:20 编辑

loovfnd 发表于 2021-11-17 09:02
32G的ECC内存什么品牌型号？价格大概多少呀。主板用的什么呀，我这也买了这个U一直在琢磨怎么做计算用。

我用的是芝奇钢牙，没有ECC纠错。32G一条大概1000吧（看渠道）。关于你的问题，我的个人认识如下（不一定正确）：
带有ECC纠错的内存一般都是服务器用的，三星居多，价格也不会贵多少，但是一般服务器用的内存插槽和民用的不一定通用。具体细节自行调研吧

作者
Author: loovfnd 时间: 2021-11-17 11:38

ShangChien 发表于 2021-11-17 11:07
我用的是芝奇钢牙，没有ECC纠错。32G一条大概1000吧（看渠道）。关于你的问题，我的个人认识如下（不一定 ...

这样啊，主板弄个B550重炮手，配32*4的非服务器内存呗。散热用不用水冷。

作者
Author: ShangChien 时间: 2021-11-17 12:17
本帖最后由 ShangChien 于 2021-11-17 12:19 编辑

loovfnd 发表于 2021-11-17 11:38
这样啊，主板弄个B550重炮手，配32*4的非服务器内存呗。散热用不用水冷。

我记错了，5950x是支持ECC内存的，不支持RECC。插槽通不通用你自己研究一下呗！
https://www.zhihu.com/question/478181313/answer/2046643575#:~:text=AMD%20%E9%94%90%E9%BE%999%205950,%E6%89%8D%E5%8F%AF%E4%BB%A5%E6%94%AF%E6%8C%81RECC%E5%86%85%E5%AD%98%E3%80%82

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2021-11-17 16:54

ShangChien 发表于 2021-11-17 12:17
我记错了，5950x是支持ECC内存的，不支持RECC。插槽通不通用你自己研究一下呗！
https://www.zhihu.com/ ...

正代Ryzen都支持ECC-UDIMM，但同时支持的主板很少，已知华擎全家X570、B550都支持ECC-UDIMM。现在能买到的ECC-UDIMM内存最高频率是3200MHz，将就用就好，3200MHz双通道带宽远远不能喂饱5950X的16个zen3核心。我最近装的一套MD工作站用的就是5950X + 2*32GB 3200MHz ECC-UDIMM

作者
Author: Marineking 时间: 2021-11-27 21:33
老师您好，请问我在编译的时候出现错误提示：
pade fit.F(2388): catastrophic error:Function return parameter requires SSE register while SSE is disabled.
compilation aborted for pade_fit.f90(code 1)
我的CPU是线程撕裂者3970X，用oneAPI装的。

作者
Author: ShangChien 时间: 2021-11-28 16:31

Marineking 发表于 2021-11-27 21:33
老师您好，请问我在编译的时候出现错误提示：
pade fit.F(2388): catastrophic error:Function return par ...

使用2019版的intel编译器，链接论坛里有。
论坛里好多反馈oneAPI和AMD不兼容的问题

作者
Author: Marineking 时间: 2021-11-28 17:01

ShangChien 发表于 2021-11-28 16:31
使用2019版的intel编译器，链接论坛里有。
论坛里好多反馈oneAPI和AMD不兼容的问题

昨天晚上找了一天的方法，发现我发的报错的代码上面还有一行没贴出来，出现了xHOST这个关键字，但是我Makefile文件肯定是改了的。我发现OFLAG上面还有一行FFLAG出现了xHOST，我删掉之后就能编译了，但是还是不能并行计算，只能单核。。。。

作者
Author: Songchi 时间: 2022-2-28 11:09

loovfnd 发表于 2021-11-17 09:02
32G的ECC内存什么品牌型号？价格大概多少呀。主板用的什么呀，我这也买了这个U一直在琢磨怎么做计算用。

ecc内存主要有reg ecc和纯ecc 两种，华硕和华擎的部分amd主板是支持使用纯ecc内存的，我现在就是5900x+32g 3200mhz *2的配置，主板是华硕的x570 tuf。一般品牌就三星、镁光，不过在零售渠道确实不太方便买。我也是在闲鱼淘的俩根。

作者
Author: wxlsr 时间: 2022-4-16 14:50
您好，我想请教一下这个安装过程的一些细节，正好我的电脑跟你的配置一样，想安装vasp遇到了一些问题，方便指导一下吗？

作者
Author: ShangChien 时间: 2022-4-19 14:27

wxlsr 发表于 2022-4-16 14:50
您好，我想请教一下这个安装过程的一些细节，正好我的电脑跟你的配置一样，想安装vasp遇到了一些问题，方便 ...

别跑呀，直接问

作者
Author: wxlsr 时间: 2022-5-22 00:20
你好朋友，能分享这个详细安装过程吗？我弄了好久也弄不好 win11安装 WSL2弄好了，安装parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition就出问题了，

后面环境变量也没弄好，非常感谢

作者
Author: gog 时间: 2022-5-22 10:10
近两年的AMD处理器，对VAsP支持比较好。

作者
Author: ShangChien 时间: 2022-5-23 16:30

wxlsr 发表于 2022-5-22 00:20
你好朋友，能分享这个详细安装过程吗？我弄了好久也弄不好 win11安装 WSL2弄好了，安装parallel_studio_xe_ ...

安装parallel_studio_xe_2019编译器，照着社长的教程就好了。装好编译器后，参考前面提到的csdn帖子：降级gcc编译器。最后修改makefile.include进行make编译。等结束无报错，测试没问题就ok了。

作者
Author: wang5360848 时间: 2022-6-20 17:54
您好，请问我用ubuntu虚拟机vasp编译完后，运行mpirun -np 4 vasp时出现
Floating point exception (core dumped)
的错误，是什么原因呢？

作者
Author: ShangChien 时间: 2022-6-21 09:17
本帖最后由 ShangChien 于 2022-6-21 09:20 编辑

wang5360848 发表于 2022-6-20 17:54
您好，请问我用ubuntu虚拟机vasp编译完后，运行mpirun -np 4 vasp时出现
Floating point exception (core ...

具体原因我也不知道，可能是编译器问题，也可能是你输入设置问题。

Floating point exception (core dumped)

复制代码

以上报错产生的原因有很多，例如一个数除以0，或者其他非法操作，建议自己google

不过这些都和本帖主题无关

作者
Author: ilovelr 时间: 2022-6-22 18:48
我的5950X，在UBUNTU22.04下，参照https://www.vasp.at/wiki/index.p ... 3.X_on_Ubuntu_22.04编译的比用Intel oneapi编译的VASP快大概20%～30%，而且更省内存

作者
Author: ShangChien 时间: 2022-6-23 10:17

ilovelr 发表于 2022-6-22 18:48
我的5950X，在UBUNTU22.04下，参照https://www.vasp.at/wiki/index.php/Personal_computer_installation#Bu ...

最新版vasp6.3.x，终于有官方的安装指引了，流下了羡慕又感动的泪水

作者
Author: abin 时间: 2022-8-17 12:19
这里有下载可用的懒人版。
无需配置任何东西。

镜像下载
如有需要, 请自行下载.

自由分享, 无需解锁 https://pan.baidu.com/s/18Q1hcop9JvNVEra8NVCULg?pwd=m9jm
加密分享, 需解锁 https://pan.baidu.com/s/1r7PduYXqjn3kpS-ie0H8NQ?pwd=aknc
支持Intel和AMD处理器.

作者
Author: wang5360848 时间: 2022-8-27 16:43

ShangChien 发表于 2022-6-21 09:17
具体原因我也不知道，可能是编译器问题，也可能是你输入设置问题。
以上报错产生的原因有很多，例如一个 ...

是，编译器有点问题，换了个就好了

作者
Author: Sentinel 时间: 2022-10-18 13:48
感谢参照您的帖子安装成功只是那个csdn的帖子有点小改动在那边给他反馈了
并且ubuntu2204应该是不适配intel2019,试了很久都不成功

作者
Author: 浮世千寻沫 时间: 2022-10-24 12:30
老师您好，我在编译完毕后遇到了计算时间对比较长的问题，已私信给您

作者
Author: 浮世千寻沫 时间: 2022-10-24 12:31

浮世千寻沫发表于 2022-10-24 12:30
老师您好，我在编译完毕后遇到了计算时间对比较长的问题，已私信给您

系统是centos7.6

作者
Author: wxlsr 时间: 2023-2-18 10:26
老师，最后一步
编译完成后使用AMD平台提升MKL性能的小技巧（在~/.bashrc中添加环境）：
#AMD trick
export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5
export MKL_CBWR=AVX2
export I_MPI_PIN_DOMAIN=numa
复制代码
最后使用sob老师的测试任务包（Hg）中的IN-long作为INCAR进行测试（一共20个离子步），
16core不加tirck环境，32core不加tirck环境，16core添加tirck环境
我已经make all成功了，还能添加吗？
在~/.bashrc中最后添加可以吗？

作者
Author: wxlsr 时间: 2023-2-18 11:18

浮世千寻沫发表于 2022-10-24 12:30
老师您好，我在编译完毕后遇到了计算时间对比较长的问题，已私信给您

你好，你的这个问题解决了吗？我的好像时间也比较长

作者
Author: wxlsr 时间: 2023-2-18 16:57

浮世千寻沫发表于 2022-10-24 12:30
老师您好，我在编译完毕后遇到了计算时间对比较长的问题，已私信给您

额，忘用16核了
Total CPU time used (sec): 154.116 还可以

作者
Author: 这个世纪的我 时间: 2025-11-13 21:30
请问为什么你测试的32核比16核用时长啊

作者
Author: KazusaT 时间: 2025-11-14 05:43

这个世纪的我发表于 2025-11-13 21:30
请问为什么你测试的32核比16核用时长啊

超线程

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