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标题: 关于MMPBSA的PB项数值疑问 [打印本页]

作者
Author: violet 时间: 2021-9-27 10:34
标题: 关于MMPBSA的PB项数值疑问
首先我使用GROMACS的gmx-mmpbsa的脚本算了蛋白与两个分子的结合自由能，数值如下，上面的分子中的氢原子被甲基取代，下面的分子就是正常的没有取代氢；
我查到的是甲基具有疏水性，但是又是有极性的，那么PB项应该大还是小？
我看到有人做的类似的分子比较，是用的TI计算的，得到的含有甲基的分子溶剂化自由能值更小，那么按照
ddPB=dPB(复合物）-dPB（蛋白质）-dPB(分子）的公式，最后甲基的分子的GB项值应该更小，但是我的MMPBSA算出来的却大出去了很多，这是为什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-27 11:22
信息不充分，小分子和蛋白质的复合物图应当给出来

甲基的极性非常低，带着甲基时非极性部分对结合可能会有比原先更多贡献（贡献的结合自由能更负），SA项的变化已体现了这点
你当前用的MMPBSA根本不牵扯GB

作者
Author: violet 时间: 2021-9-27 12:15

sobereva 发表于 2021-9-27 11:22
信息不充分，小分子和蛋白质的复合物图应当给出来

甲基的极性非常低，带着甲基时非极性部分对结合可能会 ...

最后的问题打错了，我想问的是“最后的甲基的分子的PB项值应该更小。。。。。？”
还有分子结合图是蛋白与发生甲基化的腺苷酸（RNA的A）和未甲基化的RNA ，因为文章还没。。，所以就先不放图了，很感谢卢老师的回复

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