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标题: 帮忙看看结合部位结构是否合理，所用的基组方法是否合理。感谢老师回复~ [打印本页]

作者
Author: wms 时间: 2021-9-27 17:59
标题: 帮忙看看结合部位结构是否合理，所用的基组方法是否合理。感谢老师回复~
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作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-27 19:41
硼酸和醇生成硼酯的反应，应该是醇的孤对电子进攻硼的空p轨道，然后醇的质子转移到硼酸原有的羟基上，再脱水。不过我看你这个机理的过渡态基本上都找到了，或者至少有初猜了，那么不妨把这个机理算完，再算我说的这个机理，看哪个更容易。
理论级别方面，必须加色散校正，必须对氢原子也加极化函数，且必须用triple zeta基组算单点能（推荐def2TZVP）。如果计算条件允许，单点能可以把泛函也改成B2PLYP等双杂化泛函

作者
Author: wms 时间: 2021-9-27 21:19

wzkchem5 发表于 2021-9-27 19:41
硼酸和醇生成硼酯的反应，应该是醇的孤对电子进攻硼的空p轨道，然后醇的质子转移到硼酸原有的羟基上，再脱 ...

感谢回复~
能麻烦您帮我再看看gjf文件中这样写是否正确：
TS 1 和 TS 2 用：# b3lyp/6-31g** opt(ts,calcfc,noeigen) def2tzvp freq scrf=solvent=water EmpiricalDispersion=GD3BJ
1，2，3，5，6，8，9，10 用：# b3lyp/6-31g** opt def2tzvp freq scrf=solvent=water EmpiricalDispersion=GD3BJ
感谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-27 22:26

wms 发表于 2021-9-27 14:19
感谢回复~
能麻烦您帮我再看看gjf文件中这样写是否正确：
TS 1 和 TS 2 用：# b3lyp/6-31g** opt(ts,ca ...

def2tzvp不是在这里写的，是你先用b3lyp/6-31g**优化完了，另写一个输入文件，用b3lyp/def2tzvp算单点能。其他应该没问题

作者
Author: wms 时间: 2021-9-28 08:48

wzkchem5 发表于 2021-9-27 22:26
def2tzvp不是在这里写的，是你先用b3lyp/6-31g**优化完了，另写一个输入文件，用b3lyp/def2tzvp算单点能 ...

好的好的，谢谢答复~

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