计算化学公社

标题: Forcite dynamcis后分子都散开了，这是正常的吗 [打印本页]

作者
Author: forcitx 时间: 2021-9-28 15:05
标题: Forcite dynamcis后分子都散开了，这是正常的吗
模型是泡沫液膜模型，上和下两层是阴离子表面活性剂，中间是水分子，几何优化后在NVT系综进行动力学模拟，温度为298K，恒温为Andersen方法，步长1fs，立场为Compass立场，静电作用为Ewald方法，范德华作用为Atom based方法。跑了300ps的时间后一些分子跑到远离表面的位置，甚至跑到盒子外面去了，这是正常的吗

作者
Author: 牧生 时间: 2021-9-28 16:11
右键，display里面，设置一下显示方式，in cell，有可能会好一些

作者
Author: forcitx 时间: 2021-9-28 17:00

牧生发表于 2021-9-28 16:11
右键，display里面，设置一下显示方式，in cell，有可能会好一些

谢谢您的回复，是应该在dynamics前这样设置吗

作者
Author: 一拉 时间: 2021-10-21 12:34
请问您找到解决办法了吗？我也遇到了相同的问题

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