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标题: 一篇迄今几乎所有水模型精度的横测文章（JCIM,2021） [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-28 15:08
标题: 一篇迄今几乎所有水模型精度的横测文章（JCIM,2021）
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很重要的一张图居然放在SI里了

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此测试再次体现OPC是对水的一般性质模拟方面最佳的水模型
总的趋势是越晚提出的水模型整体越好。而早期水模型里，唯独SPC/E可以一战，一枝独秀，很不容易
COMPASS、CVFF描述水够烂的。M$用户模拟水可小心了，说不定以后就被有的审稿人拿这篇怼。
五点水模型的框架实在是不行，某方面改好了，其它方面又烂了，还很贵。

作者
Author: 牧生 时间: 2021-9-28 21:54
本帖最后由牧生于 2021-9-28 22:00 编辑

一般情况下，文献中常见使用TIP4P/Ice跑冰相关的模拟，已经成了冰模拟的御用模型了。
那么，如果用OPC模型来跑冰相关的模拟，应该也不会有质疑吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-28 22:07

牧生发表于 2021-9-28 21:54
一般情况下，文献中常见使用TIP4P/Ice跑冰相关的模拟，已经成了冰模拟的御用模型了。
那么，如果用OPC模型 ...

会质疑
OPC不是算特殊条件的，不可能斗得过专门给特殊问题优化的水模型

作者
Author: 西起的sun 时间: 2021-9-29 18:06
M$中如果复合模型水设置为柔性SPC/E模型，但只要用COMPASS这些力场对模型优化或者跑动力学，虽然电荷可以设置不变，但键长键角会略微改变，这样水模型就不能严格说水还是SPC/E模型，这样还会受到质疑吗？那怎么保持SPC/E模型呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-29 18:46

西起的sun 发表于 2021-9-29 18:06
M$中如果复合模型水设置为柔性SPC/E模型，但只要用COMPASS这些力场对模型优化或者跑动力学，虽然电荷可以设 ...

我不用M$不清楚
由于水的刚性很强，柔性的SPC/E和原本的刚性模型应该不会在模拟结果上有什么显著差别

作者
Author: k64_cc 时间: 2021-9-30 08:45
他竟然没比AMOEBA

作者
Author: 不想读啦 时间: 2022-3-31 11:02
本帖最后由不想读啦于 2022-3-31 13:44 编辑

sobereva 发表于 2021-9-28 22:07
会质疑
OPC不是算特殊条件的，不可能斗得过专门给特殊问题优化的水模型

老师，请问，如果我想模拟核酸体系，一般使用三点水中的TIP3P模型，现在因为不知名原因实验室电脑上这个模型被删了，那我使用spc216.gro这样可行性高吗

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-3-31 14:09

不想读啦发表于 2022-3-31 11:02
老师，请问，如果我想模拟核酸体系，一般使用三点水中的TIP3P模型，现在因为不知名原因实验室电脑上这个 ...

三点水模型用的gro文件一般都是spc216.gro，不同水模型的力场参数不一样，但是水分子的坐标一般是一样的。gromacs自带的水的gro只有3个，分别对应3点水4点水和5点水。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-1 00:57

不想读啦发表于 2022-3-31 11:02
老师，请问，如果我想模拟核酸体系，一般使用三点水中的TIP3P模型，现在因为不知名原因实验室电脑上这个 ...

spc216.gro适合所有三点水模型

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Author: 不想读啦 时间: 2022-4-1 14:25

sobereva 发表于 2022-4-1 00:57
spc216.gro适合所有三点水模型

好的，谢谢老师

作者
Author: tjuptz 时间: 2022-5-25 12:30
https://bioinformatics.cs.vt.edu/~izadi/ gmx格式的opc力场文件可以在这里下载

作者
Author: sweetbotsu 时间: 2022-10-17 16:06
然而后续的很多模型集成做的太差了，本身就用起来不方便，复杂模型的计算代价又是一个问题，要我看来计算代价一致不如用深度学习势的水模型更可靠

作者
Author: hfdsakjhf 时间: 2022-11-28 20:43
无机二维材料跑水的接触角看过的绝大多数是SPC/E和TIP4P/2005的，近几年通过模拟研究石墨烯润湿性的文章我看过的也是这样

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-10 19:19
本帖最后由牧生于 2024-3-14 16:43 编辑

J. Chem. Phys. 157, 014504 (2022); https://doi.org/10.1063/5.0093659

10.1021/acsomega.3c05673

果然有人考虑用opc去跑水合物了。

作者
Author: 筛石灰 时间: 2023-6-18 16:27

sobereva 发表于 2022-4-1 00:57
spc216.gro适合所有三点水模型

请问老师，在lammps中可以使用OPC模型吗，另外想请问换不同模型是不是改一下ε、σ、键角、键长、k、电荷等参数就行了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-19 11:11

筛石灰发表于 2023-6-18 16:27
请问老师，在lammps中可以使用OPC模型吗，另外想请问换不同模型是不是改一下ε、σ、键角、键长、k、电荷 ...

我不用lammps
大抵可以，搜文献便知

作者
Author: 筛石灰 时间: 2023-6-21 10:44

sobereva 发表于 2023-6-19 11:11
我不用lammps
大抵可以，搜文献便知

谢谢老师

作者
Author: Simll 时间: 2024-8-23 11:11

筛石灰发表于 2023-6-18 16:27
请问老师，在lammps中可以使用OPC模型吗，另外想请问换不同模型是不是改一下ε、σ、键角、键长、k、电荷 ...

你好，请问你用lammps用的这个OPC模型吗？结果怎么样

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