计算化学公社

标题: 请教各位老师，如何进行组装体和蛋白质的分子对接呢？ [打印本页]

作者
Author: CMMCMM 时间: 2021-9-28 15:37
标题: 请教各位老师，如何进行组装体和蛋白质的分子对接呢？
组装体有24条相同的多肽链组成，受体蛋白是PKM2(PKM2被认为是肿瘤疾病治疗的理想靶点).

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-28 18:28
什么叫组装体？
你贴的二维结构图是什么东西？
24条在哪里体现的？

作者
Author: CMMCMM 时间: 2021-9-29 09:30

sobereva 发表于 2021-9-28 18:28
什么叫组装体？
你贴的二维结构图是什么东西？
24条在哪里体现的？

1、我贴的二维结构图是PKM2（受体）的同源二聚体；
2、然后贴的另一条多肽链是组装体的起始链，我用这一条多肽链堆积成12条平行排列的组装体。这12条组装体MD模拟后是β-sheet结构。
3、我最后想用pkm2与模拟后的这个β-sheet结构进行分子对接。就是不知道该怎么进行，autodock不支持。所以请教一下老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)