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标题: 对NPT系综下integrator= md / md-vv的疑问 [打印本页]

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冬至112    时间: 2021-9-28 19:09
标题: 对NPT系综下integrator= md / md-vv的疑问
本帖最后由 冬至112 于 2021-9-28 19:12 编辑

gromacs manual中提到:“ For pressure control simulations where the fine details ofthe thermodynamics are important, only velocity Verlet allows the true ensemble to be calculated.”
也就是说有 ‘pcoupl’ 时,integrator 不该为 ‘md’.
但gromacs tutoial 的 md.mdp (http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/Files/md.mdp)却有 ‘integrator = md’ 和 ‘pcoupl = Parrinello-Rahman ’的组合;
以及gromacs_manual 2021.2里,p618 和 p426-427 也有这种组合出现:


到此我对npt时可否使用 ‘integrator = md ’完全不确定,希望懂的朋友给个解答。

作者
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sobereva    时间: 2021-9-29 10:58
‘pcoupl’ 时,integrator 不该为 ‘md’     根本没这回事

作者
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冬至112    时间: 2021-9-29 11:15
本帖最后由 冬至112 于 2021-9-29 11:38 编辑
sobereva 发表于 2021-9-29 10:58
‘pcoupl’ 时,integrator 不该为 ‘md’     根本没这回事

感谢老师回复,
是说有pcoupl时,也未必是pressure controlled simulation吗?
或者说, 同时有 ‘pcoupl ≠ no ’ 和 ‘integrator = md’, 表示一个不严格的npt系综,但也是个合理的模拟体系?只有很强调恒压时,才需要注意 ‘pcoupl ≠ no’ 和 ‘integrator = md-vv’ 吗?

作者
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sobereva    时间: 2021-9-29 12:05
冬至112 发表于 2021-9-29 11:15
感谢老师回复,
是说有pcoupl时,也未必是pressure controlled simulation吗?
或者说, 同时有 ‘pcou ...

pcoupl设了压浴的时候当然是控压的MD
做MD的时候pcoupl ≠ no相当于固定了盒子尺寸,不用控压,显然不是NPT
integrator = md-vv不是主流做法,而且功能上有限制,没有特殊情况没必要用

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冬至112    时间: 2021-9-29 14:03
sobereva 发表于 2021-9-29 12:05
pcoupl设了压浴的时候当然是控压的MD
做MD的时候pcoupl ≠ no相当于固定了盒子尺寸,不用控压,显然不是 ...

好的,谢谢老师




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