计算化学公社

标题: 公社群聊Q&A整理：2016.01.08 23 ~ 2016.01.13 23 [打印本页]
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Author: liyuanhe211    时间: 2016-1-14 03:25
标题: 公社群聊Q&A整理：2016.01.08 23 ~ 2016.01.13 23
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-1-14 03:34 编辑

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html


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  1. 2016.01.08 23:13:24
  2. Q:
  3.     fortran程序能不能运行完自动退出，不用按回车？

  5. A:
  6.     去掉末尾的read(*,*)

  8. ----------------------------------------------------
  9. 2016.01.08 23:13:24
  10. Q:
  11.     老师，在gaussian view中球棍模型中，键的粗细可以更改吗？
  12.     怎么改呢？谢谢啦先

  14. A:
  15.      VMD可以改粗细

  17. ----------------------------------------------------
  18. 2016.01.09 16:28:12
  19. Q:
  20.     我设置的IRC的MaxPoint=20为何正常结束后总共才25个点？
  21.     [图片]
  22.     按说应该是每个path走20个点啊
  23.     求解，谢谢

  25. A:
  26.      说明走到了极小点，提前结束了
  27.          
  28. Q:
  29.      IRC指向反应物，产物（能量极小点）s不是分别是正负∞吗？那为何有限步就到了极小点了？

  31. A:
  32.     怎么会正负无穷
  33.     IRC的总长度是有限的，步长又是固定的，所以能跑的步数也是有限的
  34.        
  35. ----------------------------------------------------
  36. 2016.01.09 16:49:23
  37. Q:
  38.     测试了一下orca，180个原子，类石墨稀片，几何优化，用时TOTAL RUN TIME: 1 days 6 hours 46 minutes 29 seconds 463 msec
  39.     ! opt tightscf grid4 BLYP D3 GCP(DFT/TZ) def2-TZVP def2-TZVP/J pal6
  40.     %maxcore 2500
  41.    
  42.     还算比较快。
  43.    
  44.    
  45.     如果做弱相互作用的话，一般几何优化计算是不是不需要这么高的水平？用多高水平优化比较好。
  46.    
  47.     谢谢！！

  49. A:
  50.     几何优化用def2-SVP结合gCP就够了

  52. ----------------------------------------------------
  53. 2016.01.09 17:06:22
  54. Q:
  55.     怎么样升级amber里的PM6至PM7？

  57. A:
  58.     升不了

  60. ----------------------------------------------------
  61. 2016.01.09 17:22:28
  62. Q:
  63.     DFT-D是否有很大概率带来比DFT更大的计算量？

  65. A:
  66.     有人反映DFT-D用了之后几何优化收敛步数会增多，这种情况发生时会增大计算量，其它情况不会

  68. ----------------------------------------------------
  69. 2016.01.09 17:28:44
  70. Q:
  71.     [图片]
  72.      老师，我这个结构，用了opt b3lyp/6-311g geom=connectivity int=ultrafine scf=(conver=6,noincfock,maxcyc=300)，依旧不收敛，还有什么好方法吗

  74. A:
  75.     用个像样的基组啊，哪能不用极化函数啊
  76.     B3LYP/6-31G* opt不收敛再说
  77.    
  78.     几何优化时候别瞎放宽SCF收敛限

  80. Q:
  81.     好，我试试，非常感谢

  83. A:
  84.     maxcyc这样垃圾关键词不要写

  86. ----------------------------------------------------
  87. 2016.01.09 17:33:37
  88. Q:
  89.     老师，我想买个计算的台式机，可以推荐一下吗？
  90.     @Sobereva

  92. A:
  93.     信息量不够

  95. Q:
  96.      *10 你还没买上
  97.     这不才考完试，正打算买，5000到六千就差不多

  99. A:
  100.     单路计算化学攒机配置推荐
  101.     http://sobereva.com/243

  103. Q:
  104.     关键是不太懂电脑，怕买上了又不能算
  105.     这个帖子之前就看过，可是看不太懂，我太笨了[表情][表情]
  106.     你自己掏钱还是老师掏钱
  107.     自己掏钱啊
  108.     估计是自己
  109.     呵呵
  110.     老师扣的要死
  111.     现在的老师，唉。

  113. A:
  114.     不给paper生产工具怎么行

  116. Q:
  117.     可以私聊么？@Sobereva

  119. A:
  120.     不可

  122. ----------------------------------------------------
  123. 2016.01.09 18:11:10
  124. Q:
  125.     mpich2和openmpi有啥区别

  127. A:
  128.     it is important to recognize how MPICH and OpenMPI are different, i.e. that they are designed to meet different needs. MPICH is supposed to be high-quality reference implementation of the latest MPI standard and the basis for derivative implementations to meet special purpose needs. OpenMPI targets the common case, both in terms of usage and network conduits.
  129.     两种MPI库，初衷有异

  131. ----------------------------------------------------
  132. 2016.01.09 18:13:13
  133. Q:
  134.     那orca能用mpich2 吗sob老师

  136. A:
  137.     没试过，够呛

  139. ----------------------------------------------------
  140. 2016.01.09 18:17:30
  141. Q:
  142.     请问老师溶剂化能和溶剂化自由能，有什么区别吗？

  144. A:
  145.     一般计算化学里说的溶剂化能就是指溶剂化自由能，但也有溶剂化过程的焓变之类，所以后者更具体一些

  147. ----------------------------------------------------
  148. 2016.01.09 20:17:19
  149. Q:
  150.      老师，我把wfn文件拖进Multiwfn里面，选12 开始计算。因为我的笔记本配置很低，算的可慢，我能否把这个结果存起来啊？这样我就不用每次想要看极值点的图时候都重新算了。

  152. A:
  153.      后处理菜单有选项，可以导出，看手册4.12.7节

  155. ----------------------------------------------------
  156. 2016.01.09 20:20:57
  157. Q:
  158.     各位老师，我想要计算一个分子能不能得失电子，请问就是在gaussian计算中分别计算得一个电子及不得电子的状态吗？然后如何看这个差别呢？是要看homo lumo来分析吗？谢谢各位老师，麻烦各位老师帮忙指导一下，谢谢谢谢

  160. A:
  161.     算电离能和电子亲和能

  163. Q:
  164.     [表情]感谢老师，这个您有相关的帖子吗？
  165.     能否用multiwfn计算？参照哪一章呢？谢谢老师

  167. A:
  168.     [图片]
  169.     [图片]

  171. Q:
  172.     感谢老师，但是这个需要使用什么计算来实现呢

  174. A:
  175.     量化程序

  177. Q:
  178.     谢谢老师，用gaussian能实现吗？用哪方面的功能呢？谢谢老师

  180. A:
  181.     单点啊

  183. ----------------------------------------------------
  184. 2016.01.09 20:46:00
  185. Q:
  186.     sob老师，你在大体系弱相互作用提到对于大于300原子的能量用BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2-SVP/J，那可不可以用它来优化，

  188. A:
  189.      可以。不过这么大体系用这个级别优化还是相当耗时的

  191. Q:
  192.     sob，老师那选择哪个基组速度好还能得到可靠的结构那

  194. A:
  195.     半经验
  196.     你用的那个级别是DFT的底限

  198. ----------------------------------------------------
  199. 2016.01.09 20:52:12
  200. Q:
  201.     sob老师，请问算开壳层结构用EPR-I，II基组有什么好处吗，是获得的EPR谱信息更好，还是可以获得特别的别的基组得不到的信息

  203. A:
  204.     算EPR、超精细耦合才需要用EPR-I/II，其它情况甭用

  206. ----------------------------------------------------
  207. 2016.01.09 20:52:40
  208. Q:
  209.     希望比较一90个原子含Co的金属有机体系，在硅胶表面 vs 溶液中的反应活化能，学习什么软件合适？（目前只会Gaussian和一点ORCA）

  211. A:
  212.     高斯和ORCA就够了

  214. Q:
  215.     之前估算，粗略的把体系视为一个长方体，吸附的那一面大概有8A×14A，取一个比如4*7个SiO2晶胞的团簇、厚度1层晶胞、来吸附它，有将近700个原子，如何计算

  217. A:
  218.     半经验优化+DFT单点

  220. ----------------------------------------------------
  221. 2016.01.09 21:44:34
  222. Q:
  223.     SCC-DFTB 和 DFTB有什么不同吗？
  224.     去掉弥散就收敛了

  226. A:
  227.      SCC增加了让电荷自洽的过程，需要迭代求解，精度会有所提高
  228.          
  229. Q:
  230.     速度会有所减慢？

  232. A:
  233.     y
  234.        
  235. ----------------------------------------------------
  236. 2016.01.09 21:45:19
  237. Q:
  238.     Sobereva老师请问[图片]  Duschinsky Transformation中的K值这么大正常吗？
  239.     请问各位老师“α、β电子的HOMO轨道主要由Ir原子的5[图片]轨道和O原子的2[图片]轨道线性组合而成”这句话的表达正确吗？

  241. A:
  242.      应该写“都主要由”

  244. ----------------------------------------------------
  245. 2016.01.09 22:45:48
  246. Q:
  247.     群主， G03W D版本能不能做 “4.100.8  Perform  simple  energy  decomposition  by  using  combined  fragment wavefunctions ”

  249. A:
  250.     可能能

  252. ----------------------------------------------------
  253. 2016.01.09 23:20:31
  254. Q:
  255.     有没有朋友有电子类，计算机，或相关方向的文章北大核心可以挂第二第三第四或者更后作者的，要求6月能出刊，7月底能在知网检索到的。有重酬！速联系请大家帮个忙

  257. A:
  258.     [图片]

  260. ----------------------------------------------------
  261. 2016.01.10 15:43:41
  262. Q:
  263.     请问各位老师，该怎么给def2-tzvp基组加弥散呢？而且在算单点能时，用mp2/def2-tzvp(加弥散）合适吗

  265. A:
  266.      [图片]

  268. ----------------------------------------------------
  269. 2016.01.10 15:43:41
  270. Q:
  271.     [图片]跟大家请教一下啊 chemcraft中的键长 是不是只能移动 不能旋转

  273. A:
  274.      自行ps

  276. ----------------------------------------------------
  277. 2016.01.10 15:43:41
  278. Q:
  279.     近段时间跑了若干个MD，我发现，在某种程度上，MD是可以修正PDB结构甚至能得到正确的PDB结构。MD没那么不靠谱。

  281. A:
  282.      恩，NMR解蛋白接结构很多情况都是结合MD进行的

  284. ----------------------------------------------------
  285. 2016.01.10 16:18:21
  286. Q:
  287.     请问一下，画RDG等值面的时候，发现还有分子边缘的部分掺入，应该怎么处理呢？
  288.     [图片]
  289.     难看了一点，大概就是这种情况
  290.     [图片]

  292. A:
  293.      延展距离设得太大了

  295. ----------------------------------------------------
  296. 2016.01.10 17:06:41
  297. Q:
  298.     弱弱地问一下，Gaussian 里设置同位素是这样吗？
  299.     [图片]

  301. A:
  302.     y

  304. ----------------------------------------------------
  305. 2016.01.10 17:10:49
  306. A:
  307.     exploring的作者介绍，Frisch好诡异
  308.     [图片]

  310. Q:
  311.     是那个大个子么？

  313. A:
  314.     胖子

  316. Q:
  317.     Armstrong
  318.     [图片]

  320. A:
  321.     貌似完全不懂量化

  323. ----------------------------------------------------
  324. 2016.01.10 17:44:26
  325. Q:
  326.     [图片]
  327.     这种小的虚频如何消除

  329. A:
  330.     这不叫虚频
  331.     看的是后面输出的3N-6个频率

  333. Q:
  334.      老师，在那一块查是否为虚频

  336. A:
  337.     后头输出的
  338.     别看这儿的

  340. Q:
  341.     [图片]
  342.     是这种位置看吗

  344. A:
  345.     y

  347. Q:
  348.     [图片]sob老师，我在网上看到消除虚频的说法是把虚频的坐标乘以0.1加到优化完结构的坐标上，像我这么大的虚频也可以这么做吗？

  350. A:
  351.     那些都是以讹传讹的做法，我批判过无数次了
  352.     Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
  353.     http://sobereva.com/278

  355. ----------------------------------------------------
  356. 2016.01.10 18:20:18
  357. Q:
  358.     第三周期金属元素的计算，需要考虑相对论效应吗？有合适的文献吗？@Sobereva
  359.     从Sc开始
  360.     哦 说错了 是3d金属
  361.     哦 说错了 是3d金属@Sobereva

  363. A:
  364.      考不考虑都行

  366. ----------------------------------------------------
  367. 2016.01.10 18:24:28
  368. Q:
  369.     各位老师，高斯自带的基组里没有 def2-SVPD ，问一下如何下载得到？[表情]

  371. A:
  372.     EMSL

  374. Q:
  375.      这是def2-SVPD基组信息，选得gaussian94,需要元素是C、O、S、H，就只要点这几个元素吗？

  377. A:
  378.     y

  380. Q:
  381.      老师，我直接复制EMSL的 def2-SVPD “basis set”到高斯的Add.Inp，然后关键字如下
  382.     [图片]
  383.     请问一下其中有疏漏或错误吗？另外由于是用了多台电脑，有的maxdisk选的1G，有的选的2G，会对基态偶极矩的计算结果造成影响吗？

  385. A:
  386.     无影响

  388. ----------------------------------------------------
  389. 2016.01.10 20:40:26
  390. Q:
  391.     我想请问一下，multiful有没有中文说明书啊？我想看看。谢谢各位
  392.     同问，不过multiful是什么软件呢？

  394. A:
  395.     量子化学中的一些常见不良写法和用词
  396.     http://sobereva.com/298
  397.     这里都说了
  398.     Multiwfn入门tips
  399.     http://sobereva.com/167
  400.        
  401. Q:
  402.     multiwfn读取的文件是计算出的能量输出文件吗？
  403.     老师，Multiwfn能读取Gamesss的输出文件吗？

  405. A:
  406.     tips那个文章里都写了

  408. ----------------------------------------------------
  409. 2016.01.10 20:57:46
  410. Q:
  411.     各位老师，请问怎么获取结构的前线轨道（HOMO和LUMO轨道）信息和[图片]的值？谢谢各位老师@Sobereva

  413. A:
  414.     明确说那代表什么意思。
  415.     反正肯定用Multiwfn能得到
  416.     无非就是诸如前线轨道密度这样的值
  417.     看轨道
  418.     使用Multiwfn观看分子轨道
  419.     http://sobereva.com/269
  420.    
  421.     轨道成分分析
  422.     谈谈轨道成份的计算方法
  423.     http://sobereva.com/131

  425. ----------------------------------------------------
  426. 2016.01.10 21:13:27
  427. Q:
  428.     请问 G09D01，如果 用DFＴ-D3的GD3BJ算频率，只能用freq=numerical这个关键字才不容易出现虚频吧？

  430. A:
  431.     刚性振动模式没事，柔性的直接用freq可能有虚频，numer可以确保无问题但是太不值得

  433. ----------------------------------------------------
  434. 2016.01.10 21:19:18
  435. Q:
  436.     请教：以[图片]这样的方法做了优化，现在要做频率计算，计算热力学数据  是不是只要把OPT换成freq就行了？
  437.      D3 GCP（DFT/SVP） def2-svp/J 这三个关键词能否去掉？
  438.     还有就是我的体系400个原子左右  用ORCA的计算频率的话需要很大内存吗？
  439.     [emoji] 还有就是我的体系400个原子左右  用ORCA的计算频率的话需要很大内存吗？

  441. A:
  442.     当然不能去掉
  443.     需要

  445. Q:
  446.     16G能不能顶起呢？
  447.     那估计没法得到热力学数据了  我算的时候用一个核计算  最后cpu使用总是上不去  一看是内存满了  而且硬盘的红灯一直亮 ....   这种情况的话，除了更大的内存 是不是没得办法了？

  449. A:
  450.     半经验啊

  452. Q:
  453.     但是我的优化用这个方法算过了

  455. A:
  456.     热力学校正量用半经验，结构、单点用DFT

  458. Q:
  459.     热力学的数据是频率计算得到的，如果不和优化保持一致，岂不是没有意义？

  461. A:
  462.     你先用半经验优化啊

  464. ----------------------------------------------------
  465. 2016.01.10 21:28:06
  466. Q:
  467.     [图片]
  468.     Sob老师，CP转换的条件都有啥呀？
  469.     我知道转化点的能量差值需要相近，还要其他条件吗？是否要求中间体或者过渡态构型相近？
  470.     [表情]
  471.     /可爱

  473. A:
  474.     先看此文
  475.     使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
  476.     http://sobereva.com/286

  478. ----------------------------------------------------
  479. 2016.01.10 21:33:27
  480. Q:
  481.     用半径验方法的优化结构 和 DFT的结构会有差距，所以半经验的热力学校正和DFT的会有误差，这个误差是不是忽略不计了？

  483. A:
  484.     不是忽略不计，而是不得已只能用低级别的计算热力学校正量
  485.     PS：记得考虑频率校正因子

  487. ----------------------------------------------------
  488. 2016.01.10 22:14:46
  489. Q:
  490.     求问谁有Gaussian 09 windows并行版的下载地址？

  492. A:
  493.     群共享有

  495. ----------------------------------------------------
  496. 2016.01.10 23:02:53
  497. Q:
  498.    
  499.     sob老师我看手册里面做的DOS态密度是横向的，您知道如何做出来纵向的DOS图吗？如下图，简单的把对应的X,Y互换好像不行。
  500.     [图片]

  502. A:
  503.     导出数据，到origin里作图
  504.     适当ps

  506. ----------------------------------------------------
  507. 2016.01.11 05:53:01
  508. A:
  509.     新出来一篇测试不同泛函计算有机分子结构参数的文章，XYG3好烂，真给双杂化泛函丢脸
  510.     http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.5b01144
  511.    
  512.     [图片]

  514. Q:
  515.     请教sob老师怎么从名称上认出双杂化泛函

  517. A:
  518.     名字上看不出来，得实现知道

  520. ----------------------------------------------------
  521. 2016.01.11 06:44:58
  522. Q:
  523.     请问有用windows 版 ORCA的吗
  524.     最后出现error termination in ORCA_GTOInt
  525.     我就算的一个H2O的单点啊
  526.     出错的信息提示
  527.     [图片]
  528.     mpirun is not.recognized. as an internal or. ..
  529.     应该是windows的设置问题吧？

  531. A:
  532.     openmpi没装好

  534. Q:
  535.     我刚装了openmpi 1.6.2-2

  537. A:
  538.     我记得会提示是否把openmpi目录添加进PATH环境变量里，必须选是。如果没这步就手动添加

  540. Q:
  541.     噢安装的时候没看到这个提示
  542.     [图片]
  543.     是这一步吗

  545. A:
  546.     对

  548. Q:
  549.     安装的时候我选了的啊

  551. A:
  552.     那就自己手动添加吧
  553.     否则系统找不到mpirun.exe

  555. ----------------------------------------------------
  556. 2016.01.11 16:03:39
  557. Q:
  558.     [图片]    想问下sob老师，在您的乱谈DFT-D的博文中，有这么一句说氢的弥散函数起不到什么价值还白费时间，想知道对于氢的弥散函数什么时候就是必须要加的呢@Sobereva

  560. A:
  561.      氢带明显负电荷的时候，诸如LiH，或者计算（超）极化率、里德堡激发等问题的时候，或者弱相互作用精度要求很高的时候

  563. ----------------------------------------------------
  564. 2016.01.11 16:03:39
  565. Q:
  566.     请教各位老师，对于RMSD这个值的大小，代表什么含义？  比方说RMSD值为0.093 是不是就是代表两种结构的不同是0.093

  568. A:
  569.      在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
  570.     http://sobereva.com/290

  572. ----------------------------------------------------
  573. 2016.01.11 16:15:14
  574. Q:
  575.     再麻烦问问，我在做优化的时候添加了int=ultrafine，在做单点能时还需要加吗，像这样[图片]？
  576.     好的  谢谢您了

  578. A:
  579.      ultrafine是对DFT泛函用的，对MP2毫无意义。
  580.     算单点用双杂化泛函啊，或者SCS-MP2

  582. ----------------------------------------------------
  583. 2016.01.11 16:15:14
  584. Q:
  585.     如果有单位，是a.u.还是kJ/mol,还是eV?
  586.     我是讲高斯模块cube计算出的初始ESP数值 单位？

  588. A:
  589.       a.u.

  591. ----------------------------------------------------
  592. 2016.01.11 16:15:14
  593. Q:
  594.     各位老师，请教一个问题，CVFF力场函数中的r*是什么意义？
  595.     [图片]
  596.     我看了陈正隆老师的《分子模拟的理论与实践》，里面关于CVFF力场的介绍也没有这个参数的说明
  597.     谢谢 老师

  599. A:
  600.      就是范德华参数

  602. ----------------------------------------------------
  603. 2016.01.11 16:15:14
  604. Q:
  605.     [图片]请问各位老师两个问题：1.我通过Multiwfn这个软件将两个环之间的pai-pai弱相互作用模拟出来了，但是我们想具体的量化，不知道怎么处理能够量化，请指点。 2.通过Multiwfn这个软件得到他的量化图之后，存为.cub文件，怎样能在高斯里卖弄进行编辑。把图弄得更加清楚明了
  606.     那你们一般用什么软件画的文献中的图@Radioactive

  608. A:
  609.      没法量化。
  610.     量化图指什么？
  611.     高斯根本没法编辑cub文件，在VMD里才能灵活设定作图选项达到想要的目的

  613. ----------------------------------------------------
  614. 2016.01.11 16:15:14
  615. Q:
  616.     [图片]谁有电子版的，可以发一份吗，谢谢
  617.     是照片格式吗
  618.     可以发一份吗，谢谢
  619.     好的，谢谢，984550192@qq.com

  621. A:
  622.      所有计算化学相关的书在群公用邮箱里都有，不需要求

  624. ----------------------------------------------------
  625. 2016.01.11 16:15:14
  626. Q:
  627.      请问老师：电子密度差分析适用于过渡态吗？
  628.     例如：把过渡态看成一个体系，新成的键分在两个片段中；要断的键要在原有片段中。根据电子密度差图中线的实虚判断电子密度的增减。

  630. A:
  631.      适用

  633. ----------------------------------------------------
  634. 2016.01.11 16:15:14
  635. Q:
  636.     Sob老师你好，我想问一下体系大了之后算的RDG函数看起来spike不明显，这个应该怎么处理呢；另外把高斯型格点数据放到VMD后观看但是有很多其他的位阻效应和范德瓦尔斯作用影响某一部位的观看，这种情况可以通过修改格点数据完成吗？
  637.     我想，是用定义网格中心的方法处理吧……我愚蠢了

  639. A:
  640.      说明格点间距在相应弱相互作用区域太大。应合理设定格点数据计算的空间范围，只包含感兴趣的局部区域。要么就设定让格点间距比较小，但计算量会很大。   
  641.     屏蔽不感兴趣的区域看此文2.9节 http://sobereva.com/291。手册4.13.4.2也另外的屏蔽方法。

  643. ----------------------------------------------------
  644. 2016.01.11 11:07:52
  645. Q:
  646.         请问下面这句话是如何实现的：
  647.         The partial charges of neutral and charged molecules are obtained by fitting their values toreproduce the electrostatic potential of a single molecule (charged or neutral) in a vacuum.

  649. A:
  650.         计算拟合静电势电荷，CHELPG、CHELP、MK、RESP之类都属于这类

  652. ----------------------------------------------------
  653. 2016.01.11 16:57:21
  654. Q:
  655.     请问老师，计算NPA的话，一般什么样的级别可以？

  657. A:
  658.      B3LYP/6-31G*就够了
  659.     顶多6-311G**也够了。

  661. Q:
  662.     哦哦，谢谢老师！
  663.     老师，可以用不同于结构优化时的基组去计算NPA吗？就是拿优化好的结构单算NPA，Sob老师，这样做可以吗？

  665. A:
  666.      可

  668. ----------------------------------------------------
  669. 2016.01.11 16:58:12
  670. Q:
  671.     sob老师，使用双杂化泛函算单点能，是要这样写吗B2PLYP/def2-TZVPD,还用加关键词int=ultrafine吗
  672.     嗯  好的
  673.     嗯  明白了

  675. A:
  676.      def2-TZVPD得从EMSL上拷
  677.     没碰到不收敛的情况用不着加ultrafine

  679. ----------------------------------------------------
  680. 2016.01.11 16:58:52
  681. Q:
  682.      老师，在那篇谈谈轨道成份的计算方法，最后一句那个最后再次提醒一下，讨论某个基函数、某个原子轨道贡献时必须指明分子朝向，否则没有意义。不指定朝向时只能讨论壳层的贡献。必须指明分子朝向，怎么指明呢？不清楚

  684. A:
  685.      就是你在文章里说清楚当前分子相对于笛卡尔坐标轴是处于什么朝向

  687. Q:
  688.     [图片]是这个意思吗？老师@Sobereva

  690. A:
  691.     y

  693. ----------------------------------------------------
  694. 2016.01.11 16:59:34
  695. Q:
  696.      [图片]请问下这个格式的东西有哪些可视化程序打开
  697.     reaxff manual中出现的
  698.     有人看过这个manual么，
  699.     主要是不知道这个格式的怎么写，
  700.     对
  701.     [图片]这上面是什么意思
  702.     主要是那个在 高斯 MS中都打不开

  704. A:
  705.      看过fortran书你就明白了

  707. ----------------------------------------------------
  708. 2016.01.11 17:01:29
  709. Q:
  710.      老师，我有个问题没想明白，高斯计算的A，B两个分子之间的结合能和温度压力有关系么？如何计算指定温度和压力下的结合能呢？默认计算的结合能是什么温度压力条件下的呢？

  712. A:
  713.      结合能焓、结合自由能才与温度压力有关。默认标况
  714.     通过电子能量差算的结合能与这些无关

  716. ----------------------------------------------------
  717. 2016.01.11 19:13:10
  718. Q:
  719.     自己在网上找
  720.     不是有官方下载的？
  721.     是中文的呀
  722.     等我帮你找啊   保护一下你不被槽
  723.     也有英文啊
  724.     你把.cn去掉就行啦

  726. A:
  727.     【链接】MozillaFirefoxWebBrowser—DownloadFirefoxinyourlanguage

  729. Q:
  730.     .....[图片]

  732. A:
  733.     要提升检索、获取信息的能力

  735. Q:
  736.     最重要的，这东西，别人给你一份，你敢安装吗？黑你怎么办啊？
  737.     有师兄还不找师兄要啊

  739. A:
  740.     师兄不称职

  742. Q:
  743.     要不，就是坚定贯彻了“防火防盗防师兄”？

  745. Q:
  746.     说起来64位的系统要是装64位的浏览器，会有什么优势吗？

  748. A:
  749.     没有

  751. Q:
  752.     唔……这样吗，那存在的意义何在

  754. A:
  755.     目前体现不出来意义

  757. ----------------------------------------------------
  758. 2016.01.11 20:25:30
  759. Q:
  760.     谁能给你一个google学术的链接 谢谢
  761.     【链接】Glgoo学术搜索

  763. A:
  764.     [图片]

  766. ----------------------------------------------------
  767. 2016.01.11 21:38:35
  768. Q:
  769.     http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/001670379290301X
  770.     sci-hub用不了了
  771.     求文献，多谢
  772.     http://www.sciencedirect.com.sci-hub.io/science/article/pii/001670379290301X
  773.     小心
  774.     io可用，刚刚试过

  776. A:
  777.     [图片]
  778.     求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分直接踢，详见群共享群规

  780. Q:
  781.     玩了，玩了
  782.     这相当于是黄牌，两黄变一红，罚下
  783.     我试了sci-hub呀

  785. A:
  786.     以群主能否用sci-hub.io打开为评判标准

  788. Q:
  789.     哎   说一下  cc的后缀现在也可以一试
  790.     现在升级到io了啊
  791.     偶尔比io还稳定
  792.     又学了一招
  793.     不是早就io了？
  794.     这是驾照新规 老司机们注意了

  796. A:
  797.     已经出台很久了

  799. ----------------------------------------------------
  800. 2016.01.11 21:44:59
  801. Q:
  802.     请教个经验问题，我电脑是八核4G的，用orca做频率分析%maxcore写多少比较合适，

  804. A:
  805.     如果实际分配4核计算，别超过600MB为宜，系统还得占不少

  807. ----------------------------------------------------
  808. 2016.01.11 22:43:53
  809. Q:
  810.     请问大家，谁对 VMD 里的 Tcl 语言比较熟悉啊？
  811.     的确太差了，但是有一个任务必须要用 VMD 来做……
  812.     还是上次的标记质子转移的问题，我想对转移中的质子填色，每一帧都要改
  813.     [图片]
  814.     将转移的质子标记成黄色
  815.       我搜过，但是……
  816.     http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/3503.html
  817.     只有提问的，没人回答
  818.     E老师，我自己的体系里 2万个 frame 啊……

  820. A:
  821.     弄个回调函数，每次切换帧号时就激活函数，函数里面对每个氢原子与氧原子的距离进行检测，距离在一定范围内被判定为转移的质子，并设定新的representation将之用黄色着色。

  823. Q:
  824.     谢谢  老师的建议
  825.     不过我已经用 Python 将轨迹文件整理了一下，现在是把每一帧的 质子 放在了末尾，也就是说，我现在不用计算距离了。
  826.     只用将每一帧里固定的 index 设置成黄色

  828. A:
  829.     不能

  831. Q:
  832.     但是我不会用 Tcl 语言啊…… 怎么设置颜色呢……

  834. A:
  835.     file-log tcl commands to console，然后你每次设置显示方式时，相应的命令都显示在文本窗口，琢磨一下就会了
  836.        
  837. Q:
  838.         翻了半天 VMD 的手册，还是没找到如何在 Tcl 里改原子的颜色……
  839.         图形界面可以实现吧，非要用命令模式？
  840.     请问一下，怎样在 Tcl 里选择某一个原子的 index 并修改其颜色，谢谢~

  842. A:
  843.     在图形界面操作，看记录到命令行界面的命令，再结合手册看看就会了

  845. Q:
  846.      老师，我在图形界面操作了，但是在 TkConsole 里根本没有任何提示啊
  847.     [图片]

  849. A:
  850.      先在vmd主界面选file-log to tk console

  852. Q:
  853.       没有 File -> log to tk console ……
  854.     [图片]

  856. A:
  857.     log tcl commands to console

  859. Q:
  860.     但是我没有编辑好的 commands 啊

  862. A:
  863.     选了这个之后图形界面所有操作对应的命令都会显示在文本窗口
  864. ----------------------------------------------------
  865. 2016.01.11 22:48:32
  866. Q:
  867.     请教sob老师 我用cfour生成了2个molden文件 但是好像Multiwfn打不开
  868.    
  869.     Please wait...
  870.     Loading various information of the wavefunction
  871.     Loading basis-set definition...
  872.     The highest angular moment basis functions is F
  873.     All F basis functions are spherical harmonic type
  874.     Loading orbitals...
  875.     forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /Users/ywtao/Downloads/job5.molden
  876.     Image              PC                Routine            Line        Source
  877.     Multiwfn           000000010E47CB5B  Unknown               Unknown  Unknown
  878.     Multiwfn           000000010E47B31E  Unknown               Unknown  Unknown
  879.     Multiwfn           000000010E44E6A7  Unknown               Unknown  Unknown
  880.     Multiwfn           000000010E3F1890  Unknown               Unknown  Unknown
  881.     Multiwfn           000000010E3F0E67  Unknown               Unknown  Unknown
  882.     Multiwfn           000000010E420E06  Unknown               Unknown  Unknown
  883.     Multiwfn           000000010E41F6B3  Unknown               Unknown  Unknown
  884.     Multiwfn           000000010E1E152A  Unknown               Unknown  Unknown
  885.     Multiwfn           000000010E1B85AD  Unknown               Unknown  Unknown
  886.     Multiwfn           000000010E20ABAF  Unknown               Unknown  Unknown
  887.     Multiwfn           000000010E0DCC9C  Unknown               Unknown  Unknown
  888.     libdyld.dylib      00007FFF983455FD  Unknown               Unknown  Unknown
  889.     请教sob老师 我用cfour生成了2个molden文件 但是好像Multiwfn打不开
  890.    
  891.     Please wait...
  892.     Loading various information of the wavefunction
  893.     Loading basis-set definition...
  894.     The highest angular moment basis functions is F
  895.     All F basis functions are spherical harmonic type
  896.     Loading orbitals...
  897.     forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file /Users/ywtao/Downloads/job5.molden
  898.     Image              PC                Routine            Line        Source
  899.     Multiwfn           000000010E47CB5B  Unknown               Unknown  Unknown
  900.     Multiwfn           000000010E47B31E  Unknown               Unknown  Unknown
  901.     Multiwfn           000000010E44E6A7  Unknown
  902.     Unknown  Unknown
  903.     Multiwfn           000000010E3F1890  Unknown               Unknown  Unknown
  904.     Multiwfn           000000010E3F0E67  Unknown               Unknown  Unknown
  905.     Multiwfn           000000010E420E06  Unknown               Unknown  Unknown
  906.     Multiwfn           000000010E41F6B3  Unknown               Unknown  Unknown
  907.     Multiwfn           000000010E1E152A  Unknown               Unknown  Unknown
  908.     Multiwfn           000000010E1B85AD  Unknown               Unknown  Unknown
  909.     Multiwfn           000000010E20ABAF  Unknown               Unknown  Unknown
  910.     Multiwfn           000000010E0DCC9C  Unknown               Unknown  Unknown
  911.     libdyld.dylib      00007FFF983455FD  Unknown               Unknown  Unknown

  913. A:
  914.     CFOUR输出的.molden文件不规矩，你得先用molden2aim把它转化成标准的.molden文件才行

  916. Q:
  917.     好的 我试试 谢谢sob老师
  918.     请教sob老师gaussian可以正确打印ccsd(t)的电子密度吗？

  920. A:
  921.     不能

  923. Q:
  924.     那有什么替代的软件吗？除了cfour

  926. A:
  927.     ACESII

  929. Q:
  930.     orca可以吗？

  932. A:
  933.     orca不行。能得到CCSD(T)级别的密度的程序寥寥无几
  934.     CCSD密度就已经足够精确了

  936. ----------------------------------------------------
  937. 2016.01.11 23:08:30
  938. Q:
  939.     好的 谢谢sob老师 那我用gaussian做ccsd的密度应该可以足够了吧 我的体系就5个原子

  941. A:
  942.     对

  944. ----------------------------------------------------
  945. 2016.01.11 23:10:39
  946. Q:
  947.     老师 双杂化泛函 是不是不能做TD呢？

  949. A:
  950.     ORCA能做双杂化级别的TD

  952. ----------------------------------------------------
  953. 2016.01.11 23:27:43
  954. Q:
  955.     gamess不是也能做双杂化级别的吗？

  957. A:
  958.     能用双杂化算基态和能做双杂化TDDFT是两回事
  959.     [图片]

  961. ----------------------------------------------------
  962. 2016.01.11 23:36:08
  963. Q:
  964.     Sob老师有把计算化学community升级成计算化学society的想法不？
  965.        
  966. A:
  967.     目前没有
  968.     还很久远
  969.     一缕阳光 害羞跑出公社了

  971. ----------------------------------------------------
  972. 2016.01.11 23:51:51
  973. Q:
  974.     请教sob老师 Multiwfn是不是还不能看三维的密度？

  976. A:
  977.     能啊，用主功能5计算电子密度，之后选-1就能看等值面

  979. Q:
  980.     好的 我再试试
  981.     我做完减法操作之后提示
  982.    
  983.     0 Return to main menu
  984.     1 Save graph of isosurface to file in current folder
  985.     2 Export data to Gaussian cube file in current folder
  986.     3 Export data to formatted text file in current folder
  987.     4 Set the value of isosurface to be shown, current:   0.05000
  988.     5 Multiply all grid data by a factor
  989.     6 Divide all grid data by a factor
  990.     7 Add a value to all grid data
  991.     8 Substract a value from all grid data
  992.     请问查看怎么做

  994. A:
  995.     [图片]

  997. Q:
  998.     是不是因为版本的问题 现在用的3.3.8 Mac没有-1选项

  1000. A:
  1001.      手册开头Linux and Mac OS X USERS MUST READ有这么一条
  1002.     [图片]

  1004. ----------------------------------------------------
  1005. 2016.01.12 00:53:38
  1006. Q:
  1007.     请教sob老师 gaussian的ccsd的密度可以通过density=cc output=wfn的方式以wfn给出吗？

  1009. A:
  1010.     写
  1011.     CCSD/基组 density out=wfn
  1012.     就行了
  1013.    
  1014.     但是CCSD用的基组一般比较大，如果最高角动量超过了f应当用out=wfx

  1016. Q:
  1017.     好的 cc可以省去吗？

  1019. A:
  1020.     可

  1022. Q:
  1023.     好的 谢谢sob老师

  1025. A:
  1026.     D.01的话density都可以省了，out=wfn时候默认就用当前级别密度

  1028. ----------------------------------------------------
  1029. 2016.01.12 00:59:25
  1030. Q:
  1031.     那假如就用fchk则不需要wfn或wfx了吧？

  1033. A:
  1034.     恩，但是麻烦，因为还得多花一步把自然轨道存到chk里

  1036. Q:
  1037.     不过除了multiwfn除了在读取fchk时要花比读取wfn/wfx更多的时间以外，最终的结果应该没有明显差异吧？

  1039. A:
  1040.     恩

  1042. ----------------------------------------------------
  1043. 2016.01.12 01:10:57
  1044. Q:
  1045.     用formcheck保存电子密度的时候需要加其他的参数吗？自然轨道是什么含义？

  1047. A:
  1048.     formchk目的仅仅是转换chk到fch，什么参数也不用
  1049.     自然轨道就是单电子密度矩阵的本征矢，本征值就是自然轨道占据数，Multiwfn靠自然轨道可以计算后HF波函数对应的各种单电子性质，诸如密度、静电势等。

  1051. ----------------------------------------------------
  1052. 2016.01.12 01:17:35
  1053. Q:
  1054.       ab的结合能，用a片段能量加b片段能量减去ab一起优化的能，这样子算和用bsse算的有什么区别？

  1056. A:
  1057.     和BSSE根本不是一类问题
  1058.     “用bsse算”这种说法就不对

  1060. Q:
  1061.       一起优化ab得到ab的能量E(ab),在优化的结构中，去掉b,计算单点能得到E(a),  同样去掉a,计算单点能E(b),  那么ab之间的结合能=E(a)+E(b)-E(ab), 可以这么算吗？

  1063. A:
  1064.     可

  1066. Q:
  1067.      有一种使 Counterpoise关键词的算法是怎么回事？

  1069. A:
  1070.     谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
  1071.     http://sobereva.com/46

  1073. ----------------------------------------------------
  1074. 2016.01.12 18:41:07
  1075. Q:
  1076.      老师请问下[图片]算HOMO-LUMO能量差，是用左边的αMOs,还是右边的βMOs？能级差大小与反应能垒有什么关系？

  1078. A:
  1079.      跟能垒没直接关系。
  1080.     alpha和beta有各自的gap

  1082. ----------------------------------------------------
  1083. 2016.01.12 18:43:22
  1084. Q:
  1085.     老师：您好！请问优化的过程中前面已经出现了4个yes,在最后的验证输出的时候结果linkdie在了1110，请问这个可能是什么原因呢？可以采取什么方法处理呢？谢谢！
  1086.     是因为循环次数或者是内存不够吗？还是？
  1087.     老师：您好！之
  1088.     前优化的对称性为C2v,,提高对称性后(D6h)，发现出错在1110 输入文件和出错提示如下：[图片][图片]
  1089.     请问这个可能是什么原因呢？谢谢！

  1091. A:
  1092.      不是出错提示。
  1093.     用# B3LYP/TZVP opt
  1094.     几何优化用不着那么大基组

  1096. ----------------------------------------------------
  1097. 2016.01.12 18:43:22
  1098. Q:
  1099.      NTO结果0.5  0.4  0.1，那么若15到16号跃迁占50%，14到17号占40%，13到18占10%，分别用gaussview MO做出每个轨道的surface就行了吧，如果有问题请指正[表情]
  1100.      NTO结果0.5  0.4  0.1，那么若15到16号跃迁占50%，14到17号占40%，13到18占10%，分别用gaussview MO做出每个轨道的surface就行了吧，如果有问题请指正/呲牙
  1101.     哦，想简单了

  1103. A:
  1104.      是。13-18没必要做
  1105.     更好的做法是用Multiwfn做电子-空穴分析，靠一张图就说明问题了

  1107. ----------------------------------------------------
  1108. 2016.01.12 19:20:53
  1109. Q:
  1110.      老师，现在加入科音还有那些条件吗

  1112. A:
  1113.     不是随便能加入的

  1115. ----------------------------------------------------
  1116. 2016.01.12 20:28:00
  1117. Q:
  1118.      做IRC计算的时候，出现如图片[图片]中红色标记的大圆圈中的点，是什么原因？
  1119.      [图片]这是我做IRC时用的关键词？

  1121. A:
  1122.     如果还没正常结束等算完再说

  1124. Q:
  1125.      IRC 已经非正常结束了[图片]，错误类型为L123.

  1127. A:
  1128.     IRC里写LQA

  1130. Q:
  1131.      明白。能否简单解释一下加LQA的意义？

  1133. A:
  1134.     [图片]
  1135.     [图片]

  1137. ----------------------------------------------------
  1138. 2016.01.12 20:28:16
  1139. Q:
  1140.     请问做HOMO,LUMO分析时，isovalue一般取多少合适啊？

  1142. A:
  1143.     一般0.02~0.05都可以，酌情选择
  1144.     有些时候需要更小数值，比如考察里德堡轨道。有时候区分不开时则需要更大数值

  1146. ----------------------------------------------------
  1147. 2016.01.12 20:35:47
  1148. Q:
  1149.      老师，自行定义基组经常出错，请指点。
  1150.     如下是我的输入文件：
  1151.     %chk=E:\product six for dipole moment\test.chk
  1152.     # opt m062x/gen nosymm
  1153.    
  1154.     Title Card Required
  1155.    
  1156.     0 1
  1157.     C                 -0.32500000    0.00000000    0.00000000
  1158.     H                  0.03165442   -1.00881000    0.00000000
  1159.     H                  0.03167284    0.50439819    0.87365150
  1160.     H                  0.03167284    0.50439819   -0.87365150
  1161.     H                 -1.39500000    0.00001318    0.00000000
  1162.    
  1163.     ****
  1164.     H     0
  1165.     S   3   1.00
  1166.     3.42525091             0.15432897
  1167.     0.62391373             0.53532814
  1168.     0.16885540             0.44463454
  1169.     ****
  1170.     C     0
  1171.     S   3   1.00
  1172.     71.6168370              0.15432897
  1173.     13.0450960              0.53532814
  1174.     3.5305122              0.44463454
  1175.     SP   3   1.00
  1176.     2.9412494             -0.09996723             0.15591627
  1177.     0.6834831              0.39951283             0.60768372
  1178.     0.2222899              0.70011547             0.39195739
  1179.     ****
  1180.      老师，自行定义基组经常出错，请指点。
  1181.     如下是我的输入文件：
  1182.     %chk=E:\product six for dipole moment\test.chk
  1183.     # opt m062x/gen nosymm
  1184.    
  1185.     Title Card Required
  1186.    
  1187.     0 1
  1188.     C                 -0.32500000    0.00000000    0.00000000
  1189.     H                  0.03165442   -1.00881000    0.00000000
  1190.     H                  0.03167284    0.50439819    0.87365150
  1191.     H                  0.03167284    0.50439819   -0.87365150
  1192.     H                 -1.39500000    0.00001318    0.00000000
  1193.    
  1194.     ****
  1195.     H     0
  1196.     S   3   1.00
  1197.     3.42525091             0.15432897
  1198.     0.62391373             0.53532814
  1199.     0.16885540             0.44463454
  1200.     ****
  1201.     C     0
  1202.     S   3
  1203.     1.00
  1204.     71.6168370              0.15432897
  1205.     13.0450960              0.53532814
  1206.     3.5305122              0.44463454
  1207.     SP   3   1.00
  1208.     2.9412494             -0.09996723             0.15591627
  1209.     0.6834831              0.39951283             0.60768372
  1210.     0.2222899              0.70011547             0.39195739
  1211.     ****

  1213. A:
  1214.     第一处****去掉
  1215.     详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
  1216.     http://sobereva.com/60

  1218. ----------------------------------------------------
  1219. 2016.01.12 22:18:16
  1220. Q:
  1221.       能不能提供isostat的源代码？

  1223. A:
  1224.     购买molclus源码才能得到其组件的代码

  1226. ----------------------------------------------------
  1227. 2016.01.12 22:26:38
  1228. Q:
  1229.      请问TD（nstate = 10）加不加opt是不是激发态弛豫不弛豫的问题。

  1231. A:
  1232.     y

  1234. ----------------------------------------------------
  1235. 2016.01.12 22:51:40
  1236. Q:
  1237.     前两天看到群里有垂直、绝热电离势，亲合势的讲义，想问问大家，这两个东西能说明分子的哪些特性？

  1239. A:
  1240.     电离、获得电子的难易程度
  1241.     跟氧化、还原势有密切关系

  1243. Q:
  1244.     谢谢，我想全面的学习一下，有资料吗？我发现合成几个分子的电离势和亲合势有些规律
  1245.     但是总觉得想不到点子上

  1247. A:
  1248.     这哪有什么资料，这么简单的概念

  1250. Q:
  1251.     对一个能形成分子内电荷分离的分子，并且激发后能放出电子的分子
  1252.     电离势应该越大越好？
  1253.     那亲合势呢？

  1255. A:
  1256.     你先多google

  1258. Q:
  1259.     好吧，谢谢。

  1261. A:
  1262.     [图片]

  1264. Q:
  1265.     好的，谢谢

  1267. A:
  1268.     用好吧做句子开头一次，违规已记录，扣4分，扣满12分直接踢，详见群共享群规

  1270. Q:
  1271.     等于两次红灯
  1272.     也要交罚款吗？

  1274. A:
  1275.     群规有细则

  1277. ----------------------------------------------------
  1278. 2016.01.12 23:00:08
  1279. Q:
  1280.     哎   我刚刚翻聊天记录准备学习一下  发现有些错误的说法  没有被更正诶

  1282. A:
  1283.     今天忙，懒得管了

  1285. Q:
  1286.     E老师把错误的给咱们更正下

  1288. A:
  1289.     鼓励懂的人一起积极修正错误

  1291. ----------------------------------------------------
  1292. 2016.01.12 23:01:27
  1293. Q:
  1294.     [图片] 各位老师 请问这个图怎么做 我看过MULTIWFN的手册 没找到相关教程 这个是AIM的分析么

  1296. A:
  1297.     使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
  1298.     http://sobereva.com/68
  1299.    
  1300.     手册4.100.1节也有例子

  1302. ----------------------------------------------------
  1303. 2016.01.12 23:42:44
  1304. Q:
  1305.     http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jpca.5b06025
  1306.     帮我下载篇文献吧？

  1308. A:
  1309.     [图片]
  1310.     求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分直接踢，详见群共享群规

  1312. ----------------------------------------------------
  1313. 2016.01.13 00:06:04
  1314. Q:
  1315.     f极化函数能不能直接删掉？[图片]

  1317. A:
  1318.     什么基组？什么元素？
  1319.     什么理论方法？

  1321. Q:
  1322.     CASSCF/def2tzvppd    Si
  1323.     单点计算

  1325. A:
  1326.     可以删

  1328. Q:
  1329.     谢谢sob
  1330.     然而什么情况不能删？

  1332. A:
  1333.     考虑电子动态相关的后HF方法，删了f极化函数会损失不少精度

  1335. Q:
  1336.     那是不是再加个门票
  1337.     那是不是再加个mp2就不能了

  1339. A:
  1340.     恩

  1342. ----------------------------------------------------
  1343. 2016.01.13 00:59:33
  1344. Q:
  1345.     老师，我用DFT D修正，这样写可以吗？
  1346.     B3LYP/6-31+G(d,p) opt EmpiricalDispersion=GD3

  1348. A:
  1349.     可

  1351. ----------------------------------------------------
  1352. 2016.01.13 07:19:13
  1353. A:
  1354.     经过一番折腾已经让Multiwfn的图形界面能够在Win10下正常运作了，至少在我这里没问题。用win10的Multiwfn用户可到官网下载最新3.3.9(dev)版，如果发现在win10运行还有问题请通知sob
  1355.     这还是win10的bug所致，反复研究，发现得把堆栈尺寸下降到400MB的时候，进入图形界面时才不会卡住。但愿win10之后能修正这个bug。原本编译时堆栈尺寸都是给1G的，下降到400MB可能算一些很大任务时会overflow。
  1356.     PS：win10的界面真差劲
  1357.     之前版本Multiwfn在Win10下也能运行，但是第一次进入图形界面后先得卡个一两分钟，之后就正常了，然后再进任何图形界面也没问题。

  1359. ----------------------------------------------------
  1360. 2016.01.13 08:15:53
  1361. Q:
  1362.     http://archive.ambermd.org/200609/0325.html#start325
  1363.    
  1364.     请问，如何查看到这封信的回信？

  1366. A:
  1367.     这封信没人回

  1369. ----------------------------------------------------
  1370. 2016.01.13 16:26:08
  1371. Q:
  1372.      你好，问号图标可以查看键长键角，二面角，怎么查看分子尺寸

  1374. A:
  1375.      量一下跨度最大的原子间距离再加上其范德华半径就完了

  1377. ----------------------------------------------------
  1378. 2016.01.13 16:26:08
  1379. Q:
  1380.     在做BSSE之前是否应该加上弥散函数来优化？

  1382. A:
  1383.      应该

  1385. ----------------------------------------------------
  1386. 2016.01.13 16:26:08
  1387. Q:
  1388.     请教一下大家，RNH3+与RCOO-的氢键复合物能用什么方法使其以离子形式存在，而不是以分子形式存在。
  1389.     我用DFT-D3/6-311+G*优化，以分子形式存在[图片]
  1390.     请问换哪种软件合适？

  1392. A:
  1393.      只能做CDFT，Q-Chem、NWChem支持
  1394.     谈谈约束性DFT (CDFT)
  1395.     http://sobereva.com/271
  1396.     但这么搞并无意义

  1398. ----------------------------------------------------
  1399. 2016.01.13 16:26:08
  1400. Q:
  1401.     --------Markdown Markdown--------

  1403. A:
  1404.     --------Markdown Markdown--------
  1405.      两个片段时，counterpoise耗时是复合物计算的三倍左右。gCP校正BSSE问题则是免费的

  1407. ----------------------------------------------------
  1408. 2016.01.13 16:34:43
  1409. Q:
  1410.     打扰大家了，体系的原子个数较大，快300个左右，算频率时需要加什么命令才能算出来？谢谢了。

  1412. A:
  1413.     半经验

  1415. ----------------------------------------------------
  1416. 2016.01.13 16:47:50
  1417. Q:
  1418.     想请教一下各位老师 用高斯进行三维PBC计算时，平移矢量如何输入？
  1419.     平移矢量如何定义

  1421. A:
  1422.     [图片]
  1423.     gv里设好格子后保存的输入文件里自动就有

  1425. ----------------------------------------------------
  1426. 2016.01.13 16:51:09
  1427. Q:
  1428.      老师，举报有人在论坛里发广告

  1430. A:
  1431.     我把他号删掉

  1433. Q:
  1434.     最好把文章也删掉
  1435.     删掉啦

  1437. A:
  1438.     [图片]

  1440. Q:
  1441.     /鼓掌
  1442.     娃娃举报的，要加分……

  1444. ----------------------------------------------------
  1445. 2016.01.13 17:07:27
  1446. Q:
  1447.     [图片]请教sob老师，算董涛超极化率时，到这一步按下1之后出现这个情况是怎么回事呢？谢谢
  1448.     算动态超极化率

  1450. A:
  1451.     你的输入文件有异样

  1453. Q:
  1454.     [图片][图片]输入文件是这样的

  1456. A:
  1457.      你末尾输入的必须是a.u.为单位的电场

  1459. Q:
  1460.     [图片]sob老师，如果要用multiwfn来分析的话，这个对于高斯来说输入文件是不是也是一样这样处理呢？

  1462. A:
  1463.     这是Multiwfn自己的规则，跟高斯没关系
  1464.     高斯要看高斯手册

  1466. Q:
  1467.     谢谢sob老师，再请问一下如果想用Multiwfn来分析的话，高斯的输入文件末尾的单位必须是a.u.吗？

  1469. A:
  1470.     高斯末尾只能是a.u.

  1472. ----------------------------------------------------
  1473. 2016.01.13 17:16:46
  1474. Q:
  1475.     老师，用同样的方法和基组，gaussian03 和gaussian09 优化结构有什么差别吗

  1477. A:
  1478.     一般没有

  1480. ----------------------------------------------------
  1481. 2016.01.13 17:19:11
  1482. Q:
  1483.     老师们，弱弱的请教一个问题，BLYP-D3/Aug-cc-pVTZ算是高精度的计算方法吗？

  1485. A:
  1486.     看你算什么问题、算什么体系
  1487.     反正这个搭配很糟糕

  1489. Q:
  1490.     很糟糕就是说精度不太高咯， 我是在一篇文献上看到这个
  1491.     要是含有金属这个方法可能还有用

  1493. A:
  1494.     不是精度问题，是这种基组给DFT用太浪费时间
  1495.     6-311+G**优化，BLYP-D3结合ma-TZVP算个单点就足够了。
  1496.     要aug-cc-pVTZ算单点得双杂化泛函+D3才配得上

  1498. ----------------------------------------------------
  1499. 2016.01.13 22:18:40
  1500. Q:
  1501.     CASSCF是HF方法吗
  1502.     还是DFT
  1503.     还是都不是
  1504.     那算电子亲和能准吗
  1505.     比DFT呢

  1507. A:
  1508.      都不是。CASSCF目的只是对于给静态相关强的体系提供定性正确的描述（此时HF定性正确也难以做到），你要想定量算准诸如亲和能等问题必须在此基础上再考虑动态相关，诸如CASPT2

  1510. ----------------------------------------------------
  1511. 2016.01.13 22:18:40
  1512. Q:
  1513.     请问群主，Multiwfn源码里关于 Cook book部分的注册，我发现页码不正确，请问这是不是Cook书的版本的问题？
  1514.     不是注册，是注释.
  1515.     /太阳
  1516.     请问哪位老师有：handbook of computational quantum chemistry. 这本书2005年版的，而非1998年版的？
  1517.     跪谢，/太阳/太阳/太阳
  1518.     公社邮箱这本书下载后不能解压，所以才在这里问一下。
  1519.     跪谢跪谢跪谢.
  1520.     没关系，我已经找到2005版和1998版的页码的差异。如果找不到就算了，非常谢谢E老师，/太阳/太阳/太阳
  1521.     跪谢跪谢跪谢.

  1523. A:
  1524.      pdf文档的页数和书里面实际页数不同，你看看是不是这个问题
  1525.     我看的是amazon上买的实物

  1527. ----------------------------------------------------
  1528. 2016.01.13 22:18:40
  1529. Q:
  1530.     [图片]
  1531.     问下sob老师？在multiwfn，计算RDG过程，中等质量格点过程没有产生完整，自动结束了，咋回事？

  1533. A:
  1534.       格点设定不合理

  1536. ----------------------------------------------------
  1537. 2016.01.13 22:18:40
  1538. Q:
  1539.     请问，不考虑对称性的过渡金属配合物可以用Delta-SCF计算发射么？

  1541. A:
  1542.      不能，除非自旋多重度不一样。

  1544. ----------------------------------------------------
  1545. 2016.01.13 22:31:12
  1546. Q:
  1547.     向大家问个问题，6-31+G(D)基组对C有多少个GTO，谢谢

  1549. A:
  1550.     用高斯算个C，一看输出就知道了

  1552. ----------------------------------------------------
  1553. 2016.01.13 22:32:10
  1554. Q:
  1555.     公社有一个帖子设的权限好高 看不了了

  1557. A:
  1558.      给阅读权限降到level 2可读了，也没有什么隐私的，就是个审稿意见

  1560. ----------------------------------------------------
  1561. 2016.01.13 22:48:47
  1562. Q:
  1563.     [图片] 想问下sob老师，我在molclus做分子构象筛选的时候做到最后用高斯算的时候出现这个错误，不知道如何解决

  1565. A:
  1566.     你检查下gau.gjf和gau.out

  1568. ----------------------------------------------------
  1569. 2016.01.13 22:51:52
  1570. Q:
  1571.      谢谢您的回复 您说的自旋多重度不一样指的是什么呢？用delta-scf算磷光是不是您说的自旋多重度不一样呢？下面是我的之前的问题：
  1572.     请问，不考虑对称性的过渡金属配合物可以用Delta-SCF计算发。麻烦您了

  1574. A:
  1575.     是

  1577. Q:
  1578.     嗯嗯，谢谢sob老师～请问输入文件那的命令应该怎么写呢？

  1580. A:
  1581.     算两个自旋多重度的单点相减就完了

  1583. Q:
  1584.     老师我不太明白您的意思，能不能麻烦您细说一下或者是给推荐点儿资料？之前我一直用TD-DFT做的发射，最近回来的一篇文章审稿人说让用delta-DFT做发射。。

  1586. A:
  1587.     如果deltaSCF算磷光发射能，就是此文4.3节的方法二
  1588.     http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2413

  1590. ----------------------------------------------------
  1591. 2016.01.13 23:24:39
  1592. Q:
  1593.     有专门的文献求助群，你可以加入之。去那里求文献。本群是学术群，不可求文献。

  1595. A:
  1596.     偶尔求一下sci-hub下不了是允许的，不扎堆儿、频繁求就行

  1598. ----------------------------------------------------
  1599. 2016.01.13 23:44:39
  1600. Q:
  1601.     请问在群里发红包算违纪嘛？

  1603. A:
  1604.     不鼓励

  1606. ----------------------------------------------------
  1607. 2016.01.13 23:53:43
  1608. Q:
  1609.     问下：如果模拟短肽由氨基酸脱水缩合，或者DNA序列的生成，是否目前的各种动力学或者量化程序做到？

  1611. A:
  1612.     量化程序可以算脱水过程

  1614. ----------------------------------------------------
  1615. 2016.01.13 23:58:16
  1616. Q:
  1617.     可以做的

  1619. A:
  1620.     可

  1622. Q:
  1623.     请教sob老师 我现在有2个分子 想比较他们的热稳定性 该怎么做？

  1625. A:
  1626.     最直接的，AIMD

  1628. Q:
  1629.     好的 谢谢sob老师
  1630.     高斯的bomd能设置温度吗？还是只能以动能的形式设置温度？

  1632. A:
  1633.      这点没仔细琢磨过，你如果用dmol3做AIMD倒是可以设温度，而且速度更快

  1635. ----------------------------------------------------
  1636. 
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