计算化学公社

标题: cp2k xtb/MM 的性能问题 [打印本页]

作者
Author: beyond 时间: 2021-9-29 16:55
标题: cp2k xtb/MM 的性能问题
在这个帖子里面（http://bbs.keinsci.com/thread-7583-3-1.html），楼主用NAMD调用xtb做QMMM，
100+ QM atoms，在双核的机器上面都能够达到0 .1ns/day，

我最近试了一下cp2k 做xtb/MM, 50+ QM atoms， 100+k atoms in total，用16核跑，也就刚刚可以达到
20+ ps/day。

当然这个只是粗略的一个对比，但是性能相差也太大了，请问有人做过对比呢，可以交流一下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-29 17:22
一方面程序不同，xtb是专为GFN-xTB计算而生的，必定比CP2K这种通用DFT框架下实现GFN-xTB快得多。另一方面，是否考虑周期性，耗时必定相差悬殊。如果不是要明确对GFN-xTB描述的部分考虑周期性，就没必要用CP2K

作者
Author: beyond 时间: 2021-9-29 17:41

sobereva 发表于 2021-9-29 17:22
一方面程序不同，xtb是专为GFN-xTB计算而生的，必定比CP2K这种通用DFT框架下实现GFN-xTB快得多。另一方面， ...

谢谢SOB老师，我在琢磨的时候，也考虑到了这些方面，但是没有想到会有这么大的差异
正在捣鼓Amber/ORCA/xtb，试试看！

作者
Author: ZetaFunction 时间: 2023-10-30 10:17
楼主你好，我使用Gromacs生成可以正常运行的PBE/MM输入文件，把DFT部分修改为GNF1-xTB，但是遇到报错：Value requested, but no value set getting value from keyword GMAX of section EWALD。详见：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid268212
我尝试了很多方法依然没法解决，请问GFN1-xTB/MM的输入文件是有什么地方需要特别修改的吗？

作者
Author: 大村驴 时间: 2025-2-9 18:53

ZetaFunction 发表于 2023-10-30 10:17
楼主你好，我使用Gromacs生成可以正常运行的PBE/MM输入文件，把DFT部分修改为GNF1-xTB，但是遇到报错：Valu ...

遇到了同样的问题，请问您解决了吗？

作者
Author: 大村驴 时间: 2025-2-9 19:24

大村驴发表于 2025-2-9 18:53
遇到了同样的问题，请问您解决了吗？

解决了。是&FORCE_EVAL-&QMMM-&PERIODIC-&POISSON-&EWALD里面的GMAX参数，不是&xTB下面的DO_EWALD和%MM下面的GMAX

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