计算化学公社

标题: 求助：ms forcite退火算法产生多帧结构文件，应该选择哪一帧进行进一步的计算 [打印本页]

作者
Author: goosebay 时间: 2021-9-29 17:26
标题: 求助：ms forcite退火算法产生多帧结构文件，应该选择哪一帧进行进一步的计算
本帖最后由 goosebay 于 2021-9-30 15:37 编辑

首先建立分子模型，然后用forcite进行几何优化，然后使用forcite模块进行结构的退火算法，在退火算法结束后会产生多帧结构文件，但是每一次都是第一帧也就是还没有进行退火的结构势能最低，那么在接下来的后续计算中应该选择哪一帧的结构呢？

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2021-9-30 09:42
有两个轨迹生成一个是记录了起起伏伏的轨迹（帧数较多），一个是只记录了退火每圈结束后的结构（帧数较少）。所以显然知道该用哪个的哪一帧。另外退火结束的结构还需要做能量极小化才能使用，建议退火时候勾选每次退火结束后进行几何优化。

作者
Author: goosebay 时间: 2021-9-30 15:33
本帖最后由 goosebay 于 2021-9-30 15:40 编辑

ABetaCarw 发表于 2021-9-30 09:42
有两个轨迹生成一个是记录了起起伏伏的轨迹（帧数较多），一个是只记录了退火每圈结束后的结构（帧数较少 ...

老师您好，非常感谢您的回答，这对于自学摸索的我来说真的是醍醐灌顶。根据您的回答我用AC模块建立了两条聚乙烯链的模型，按照先后顺序对模型经过了几何优化-----》动力学优化-------》NVT退火循环三个过程，都是从forcite模块进行的。这里有几个困惑想再次请教一下您：
1.如图，项目树图片中绿色线标记的动力学优化的结构文件和退火产生的结构文件，虽然都是xtd文件并且名称一样，但是动力学优化得到的只是一个结构，并不能播放。请问这两个xtd文件有什么联系吗？
2.如图，项目树图片中红色线标记的是两个结构文件，一个多帧一个少帧，按照您的解释，所以我应该选择少帧的那个文件对吗？另外，为什么多帧文件中每个结构的势能都是那么大的数值呢？按照波动不应该高势能和低势能交替出现吗？
3.打开项目树中的少帧xtd文件，显示的结构如“少帧文件第一帧和打开试图对比”图片的左图，打开少帧数结构文件对应的表格中的第一帧，发现这两个结构是一模一样的，所以进行后续的计算的时候，项目树中的名为“box_opt_dynamics Anneal.xtd”文件是不可用的，需要将少帧文件中的势能最低的结构（也就是-74.32kcal/mol）拷贝出来进行后续的计算对吗？

注：退火的时候勾选了每次退货结束后进行几何优化，但是没有勾选对盒子优化；另，图片文件我不知道怎么回复，就贴在我的求助帖后面吧。

谢谢老师解答，请不吝赐教，感谢感谢！

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2021-9-30 16:05
1 留意计算时候的总步数和多少步保留一帧
2 3太长看不下去，你自己做一个5圈的退火看看两种轨迹的第一帧是否一样和原始结构有啥关系。还要看看两种轨迹的最后一帧有啥区别。再看看帧数少的那个轨迹有多少帧。看一下自己的退火选了什么系综了解不通系综的意思。这些你自己搞一遍就自己明白了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)