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标题: 相同分子，不同朝向的Gaussian输出结果咨询 [打印本页]

作者
Author: Markmahao 时间: 2021-9-30 16:16
标题: 相同分子，不同朝向的Gaussian输出结果咨询
各位老师好，遇到一个问题：同一个分子，输入结构进行了一定的旋转，放到高斯里面计算。按理说，高斯会先把这个分子转成标准朝向，随后再计算。所以以我的理解这样输出的所有结果应该基本一致才对。算完后，我查看了计算结果，standard orientation基本一致，能量相关的（零点能，EHF）都一样，但是输出的dipole、dipolederiv、polar等一系列参数完全不同。不知道是我哪里认知错误，想请教各位老师原因是什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-30 16:23
取决于你在哪里读的数据

archive部分输出的是输入朝向的

非archive部分输出的偶极矩是标准朝向的

作者
Author: Markmahao 时间: 2021-9-30 16:30

sobereva 发表于 2021-9-30 16:23
取决于你在哪里读的数据

archive部分输出的是输入朝向的

这样啊，我明白了，我的确读的是archive部分。这两个结果相互转换的方式您可否指点一下？感谢sob老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-30 16:31

Markmahao 发表于 2021-9-30 16:30
这样啊，我明白了，我的确读的是archive部分。这两个结果相互转换的方式您可否指点一下？感谢sob老师。

绝对值是相同的（注意单位的差别）
“转换”没有任何实际意义，两个情况的结果都直接给你了，还转换什么

作者
Author: Markmahao 时间: 2021-9-30 16:35

sobereva 发表于 2021-9-30 16:31
绝对值是相同的（注意单位的差别）
“转换”没有任何实际意义，两个情况的结果都直接给你了，还转换什么

也对

谢谢sob老师

作者
Author: Markmahao 时间: 2021-10-3 12:54

sobereva 发表于 2021-9-30 16:31
绝对值是相同的（注意单位的差别）
“转换”没有任何实际意义，两个情况的结果都直接给你了，还转换什么

sob老师追加问您一个问题。 “转换”还是有点意义的，比如我把分子的朝向再变化一次，如果我知道如何转换，我就不用再算了，直接“转换”过去就好了？我试着算旋转矩阵，发现好像不是简单的旋转关系，所以想再请教您这个问题。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-4 18:38

Markmahao 发表于 2021-10-3 12:54
sob老师追加问您一个问题。 “转换”还是有点意义的，比如我把分子的朝向再变化一次，如果我知道如何转换 ...

你看看是不是还差一个质心平移的关系

作者
Author: Markmahao 时间: 2021-10-4 21:54

zjxitcc 发表于 2021-10-4 18:38
你看看是不是还差一个质心平移的关系

谢谢您。是考虑到这个之后发现的问题，质心基本重合了，才发现不是简单的旋转关系

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-5 09:27
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-10-5 09:28 编辑

Markmahao 发表于 2021-10-4 21:54
谢谢您。是考虑到这个之后发现的问题，质心基本重合了，才发现不是简单的旋转关系

讲道理应该是质心平移到原点，然后旋转。如果你的质心没问题（完全重合，不存在“基本重合”这种模棱两可），剩下就是单纯的旋转。如果你觉得不是简单的旋转，要么是旋转矩阵弄错了，要么是单位弄错了（比如坐标Angstrom/Bohr，偶极矩Debye/a.u.等等）

作者
Author: granvia 时间: 2021-10-5 11:30

zjxitcc 发表于 2021-10-5 09:27
讲道理应该是质心平移到原点，然后旋转。如果你的质心没问题（完全重合，不存在“基本重合”这种模棱两可 ...

偶极矩跟平移无关吧，没必要固定质心或几何中心旋转。LZ估计旋转顺逆弄反了

作者
Author: Markmahao 时间: 2021-10-5 13:42

zjxitcc 发表于 2021-10-5 09:27
讲道理应该是质心平移到原点，然后旋转。如果你的质心没问题（完全重合，不存在“基本重合”这种模棱两可 ...

谢谢！我现在开始怀疑是旋转矩阵弄错了，我再算算

作者
Author: Markmahao 时间: 2021-10-5 13:44

granvia 发表于 2021-10-5 11:30
偶极矩跟平移无关吧，没必要固定质心或几何中心旋转。LZ估计旋转顺逆弄反了

谢谢！我再重新算一遍。

作者
Author: scf 时间: 2021-10-5 16:21

granvia 发表于 2021-10-5 11:30
偶极矩跟平移无关吧，没必要固定质心或几何中心旋转。LZ估计旋转顺逆弄反了

电中性分子偶极矩和平移无关，带电荷的有关

作者
Author: granvia 时间: 2021-10-5 17:29

scf 发表于 2021-10-5 16:21
电中性分子偶极矩和平移无关，带电荷的有关

与分子是否带电也没关系。偶极矩是矢量，矢量是平移不变的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-5 21:11

granvia 发表于 2021-10-5 10:29
与分子是否带电也没关系。偶极矩是矢量，矢量是平移不变的

不是，这个意思是说当分子带电荷时，偶极矩与坐标原点的选取有关，等效地说也可以说是和平移有关

作者
Author: granvia 时间: 2021-10-5 22:13

wzkchem5 发表于 2021-10-5 21:11
不是，这个意思是说当分子带电荷时，偶极矩与坐标原点的选取有关，等效地说也可以说是和平移有关

明白了。确实如此

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