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标题: 金属离子与氨基酸配位优化问题 [打印本页]

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Author: 大王雷 时间: 2021-9-30 23:09
标题: 金属离子与氨基酸配位优化问题
本帖最后由大王雷于 2021-9-30 23:12 编辑

各位老师好，请问我想通过结合自由能筛选锌离子、铁离子、银离子哪个与谷氨酸配位更好，在后续的优化中，还想涉及到金属离子与谷氨酸的比例问题、包括其中有几个水分子也与金属离子配位。实验中有溶剂环境，比如DMF这种，看了一些资料是应该将显式溶剂和隐式溶剂相结合来优化配合物。但由于我一直用的是window系统下可视化的Gaussview和Gaussian09，所以基组可用有限，是不是其他的基组都必要要在linux下有输入文件才行呢？或者有没有其他的可以用呀？
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Author: agent99 时间: 2021-10-1 00:05
再有限也有比3-21g好的吧。。。能用linux还是尽量linux，别用windows了

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Author: qlyfe 时间: 2021-10-1 00:22
用文本编辑器打开输入文件自己写基组，具体基组的写法参考Gaussian的手册

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Author: fffff 时间: 2021-10-1 08:39
1.B3LYP优化配合物不是最好的选择，参考http://sobereva.com/272
2.不要依赖gview生成输入文件，gview只生成坐标信息，方法基组以及其他关键词用文本编辑器打开gjf手动修改。
3.Ag要考虑相对论效应，需要赝势+赝势基组，参考http://sobereva.com/373
4.没法换linux可以使用WSL或者虚拟机。计算资源实在窘迫的话不要用高斯

，但凡审稿人有做计算的，3-21G算的结果一定会被要求重算。可以使用ORCA开RI加速，极大提升运算速度。参考http://sobereva.com/451；http://sobereva.com/490

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-1 17:05
每次看到有初学者问用gview的calculation setup产生输入文件的事我就贴这段话

Q：为什么强烈不建议用GaussView的Calculate - Calculation setup界面产生输入文件？
A：这个界面纯粹是给外行人用的，非常弱，设计得也颇差。很多常用的理论方法如M06-2X、PBE0在里面都没法直接选，非常常用的def2系列基组在里面也没法用，用混合基组也很麻烦，Gaussian的大量功能靠这个界面根本用不了。纯粹靠利用此界面，至多只能使用Gaussian全部功能的1/4。而且Gaussian的关键词非常容易写，是所有量子化学程序里最简单的，用这个界面创建输入文件完全多此一举，远不如自己手写关键词快捷方便。内行人几乎没有用这个界面创建输入文件的，总是依赖于这个界面的初学者也永远不可能脱菜。内行Gaussian用户都只是靠GaussView用来创建和编辑结构，之后保存成gjf文件，自己用文本编辑器打开并手写关键词，然后提交给Gaussian计算。适合使用Calculation setup界面产生输入文件的情况也就是用QST2、QST3方法找过渡态的情况，由于这类任务的输入文件格式比较麻烦，所以才适合直接靠这个界面得到输入文件。PS：北京科音的量子化学培训里除了QST2、QST3外，都一律不用Calculation setup界面创建输入文件。我写的所有博文也一律不考虑读者用Calculation setup创建输入文件的情况。

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