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标题: 新手请教关于OPLS力场的问题 [打印本页]

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Author: 飒飒萨达 时间: 2021-10-2 16:49
标题: 新手请教关于OPLS力场的问题
老师们好，刚接触MD模拟，然后最近想做两个不同分子的力场然后拿去模拟。第一个是B有机物（下附结构图）平时用antechamber还有acpype生成GAFF力场, 但GAFF力场没有B的参数，想问下大家怎么做含B元素的分子的力场的
第二个是含Ir的有机金属分子的力场（下附结构图），看到文献有的用的OPLS力场，但我优化结构后，用LigParGen也没有生成出来（优化的结构用openbabel优化生成的mol结构），想问下这两种分子的力场信息一般都是怎么做的，结构都放下面了，请老师参考下，谢谢大家，祝大家国庆快乐

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-2 21:58
OPLS根本不支持Ir和B，没法靠OPLS实现
含硼物质、过渡金属配合物的情况通常需要自己搞力场参数

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Author: wzkchem5 时间: 2021-10-3 22:00
建议还是用xtb之类的半经验方法吧，普通力场描述配位化合物不好，描述你这个硼化合物会好一些，但是也capture不到N对B的共轭给电子作用，因此可能描述不好苯环-咔唑二面角

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2021-10-7 09:13

sobereva 发表于 2021-10-2 21:58
OPLS根本不支持Ir和B，没法靠OPLS实现
含硼物质、过渡金属配合物的情况通常需要自己搞力场参数

好的老师，还想问一下可以用UFF力场吗？

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2021-10-7 09:13

wzkchem5 发表于 2021-10-3 22:00
建议还是用xtb之类的半经验方法吧，普通力场描述配位化合物不好，描述你这个硼化合物会好一些，但是也captu ...

谢谢老师的指导，但我这方面了解太少了，我去查一下

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-7 15:28

飒飒萨达发表于 2021-10-7 02:13
好的老师，还想问一下可以用UFF力场吗？

UFF能跑，但是精度很差，除非没有其他选项否则不要用

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-7 22:09

飒飒萨达发表于 2021-10-7 09:13
好的老师，还想问一下可以用UFF力场吗？

你可以用Gaussian等程序先用UFF优化一下结构看看和DFT或实验的是否吻合，如果大体吻合，跑MD再试试；如果不吻合，MD也完全没戏

UFF本来就很糙，而B的成键方式又多，因此不可能对B在各种情况都有哪怕定性正确的描述。

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2021-10-8 09:52

wzkchem5 发表于 2021-10-7 15:28
UFF能跑，但是精度很差，除非没有其他选项否则不要用

好的谢谢老师，明白啦

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2021-10-8 09:52

sobereva 发表于 2021-10-7 22:09
你可以用Gaussian等程序先用UFF优化一下结构看看和DFT或实验的是否吻合，如果大体吻合，跑MD再试试；如果 ...

谢谢老师，我优化了UFF和DFT对比了一下结构大体差不多，谢谢老师

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-10 06:05
用GFN-FF就可以了，精度上远超UFF，而且使用方便，对于你这两个体系都有定义，不用纠结补参数啥的，就是慢得多，关键看你的目的是啥

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2021-10-10 15:11

喵星大佬发表于 2021-10-10 06:05
用GFN-FF就可以了，精度上远超UFF，而且使用方便，对于你这两个体系都有定义，不用纠结补参数啥的，就是慢 ...

感谢您的指导，我目的是产生这两个体系的力场信息，然后拿去gromacs做MD 模拟跑平衡, 主要就是找能生成他们力场信息，然后gromacs支持就可以

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-2 04:01
这种体系现在用我最近开发的sobtop可以极度轻松地产生拓扑文件。目前sobtop还在测试和最终完善阶段，发表后会写个帖子介绍，着急的话可以把体系的mol2文件和Gaussian做freq任务产生的fchk文件（或ORCA做freq产生的hess文件）压缩后上传（超过5MB的话传网盘），我给你sobtop产生好的拓扑文件（但里面的原子电荷需要自行用Multiwfn算RESP电荷补充进去）。

作者
Author: 飒飒萨达 时间: 2022-2-5 13:25

sobereva 发表于 2022-2-2 04:01
这种体系现在用我最近开发的sobtop可以极度轻松地产生拓扑文件。目前sobtop还在测试和最终完善阶段，发表后 ...

不好意思老师才看到消息非常期待您的最新教程我的研究十分需要期待老师写完

作者
Author: 一条君 时间: 2023-9-12 22:05

sobereva 发表于 2022-2-2 04:01
这种体系现在用我最近开发的sobtop可以极度轻松地产生拓扑文件。目前sobtop还在测试和最终完善阶段，发表后 ...

老师，请问sobtop解决了您7楼说的问题了吗，【UFF本来就很糙，而B的成键方式又多，因此不可能对B在各种情况都有哪怕定性正确的描述。】，
（1）不太确定对UFF理解是否正确，是各种情况都不能定性正确还是只是某些成键不能定性正确，有些成键能定性正确的意思呢
（2）现在是在sobtop下能定性正确的描述了吗，适合文章发表吗，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-9-12 22:11

一条君发表于 2023-9-12 22:05
老师，请问sobtop解决了您7楼说的问题了吗，【UFF本来就很糙，而B的成键方式又多，因此不可能对B在各种情 ...

1 做结构优化，和DFT的进行对照就能大致判断。更严格的是对照振动频率

2 这和sobtop没直接关系，那是力场层面的事

作者
Author: chensir 时间: 2023-11-6 15:31

sobereva 发表于 2023-9-12 22:11
1 做结构优化，和DFT的进行对照就能大致判断。更严格的是对照振动频率

2 这和sobtop没直接关系，那是 ...

老师，请问给sobtop传递opls的力场参数，最后生成的力场是opls力场吗

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Author: sobereva 时间: 2023-11-7 06:35

chensir 发表于 2023-11-6 15:31
老师，请问给sobtop传递opls的力场参数，最后生成的力场是opls力场吗

sobtop并不官方支持OPLS-AA，http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2里说了原因
你若非要用sobtop这么搞基于OPLS-AA的拓扑文件，必须自己确保最终拓扑文件里的参数合理（单位没错、function type正确等），并且[defaults]字段内容合适

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