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标题: Colvars学习指导求助 [打印本页]

作者
Author: chuxuezhe 时间: 2021-10-2 19:50
标题: Colvars学习指导求助
各位老师好：本人非计算化学专业，目前主要从事蛋白质动力学模拟相关研究，需要用到metadynamic等方法对蛋白质的结构进行采样。

目前了解知道Colvars和Plumed两款软件。经过对比和初步学习，发现Colvars的输入文件清晰，操作手册简洁很好学习，且针对Gromacs有预编译版本，安装非常方便。
想以此为基础，系统学习增强采样的理论、方法和软件操作。目前的学习资料有：
1.软件自带的操作手册
2.Using collective variables to drive molecular dynamics simulations文献
3.本网站的帖子
4.github的官方输入例子
5.网易云课堂，有未完结的付费课程
通过搜索油管、或者文献，想要学习成熟的输入案例或者系统的教程，并没有找到。

想请教各位老师，能否推荐一些学习教材或者资源，谢谢。

作者
Author: fhh2626 时间: 2021-10-5 09:46
你如果只是想明白Colvars怎么用，那Colvars的文档和NAMD的ABF tutorial就足够了

你如果想要明白里面算法的原理，可以看一些文献，比如我们实验室的：
http://manu56.magtech.com.cn/progchem/CN/10.7536/PC171026
https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.accounts.9b00473

另外推荐一本书：
https://www.springer.com/gp/book/9783540384472

作者
Author: chuxuezhe 时间: 2021-10-6 09:50
谢谢老师耐心指导，我看看这些文献。

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