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标题: 求助：体系插入或替换分子 [打印本页]

作者
Author: ShTa 时间: 2021-10-7 04:40
标题: 求助：体系插入或替换分子
各位老师好，
我想插入或替换5个聚集的多肽分子（如图所示）到一个现有的密集体系中，没有足够的空间插入，因此无法使用insert-molecules，是否这样呢？
想请教各位，是否还有其他方法能够插入该聚集的多肽分子？

在此先谢过各位老师了！

作者
Author: puzhongji 时间: 2021-10-7 07:38
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.25.060269v2

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-7 22:45
说明“密集体系”具体是指什么

作者
Author: ShTa 时间: 2021-10-8 20:04

sobereva 发表于 2021-10-7 22:45
说明“密集体系”具体是指什么

我想表达的是该体系没有足够的空间插入上面的聚集多肽分子，我想替换五个游离的多肽分子，但是应该由于没有空间导致错误。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-9 17:14

ShTa 发表于 2021-10-8 20:04
我想表达的是该体系没有足够的空间插入上面的聚集多肽分子，我想替换五个游离的多肽分子，但是应该由于没 ...

用packmol直接建模
或者先用insert-molecules构建含有5个多肽分子的盒子，且盒子尺寸和原先密集体系大小相同。之后把这两个结构文件合并（多肽分子坐标粘到原先密集体系结构后面去），载入VMD并保存结构文件，保存时输入的选择语句借助not within x of... 扣除掉和多肽有重叠的密集体系里的分子

参考
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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