计算化学公社

标题: 如何计算gromacs氢键能量？ [打印本页]

作者
Author: Isolde 时间: 2021-10-7 19:01
标题: 如何计算gromacs氢键能量？
各位老师好，我用gromacs模拟了一段蛋白链在溶液中的系统，需要估算氨基酸间形成的氢键能量和溶剂化能。后者我已用g_mmpbsa完成，但是氢键能量用什么方式可以计算呢？我用的氢键定义是gromacs自带的判据。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-7 22:29
GROMACS没法直接计算。在分子力场的情况下，如果片段间不止存在氢键作用，没法把氢键作用单独得到。

但可以试图抠出个团模型，用量子化学计算，之后结合Multiwfn通过AIM分析获得氢键键能，参考
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

作者
Author: Isolde 时间: 2021-10-7 23:30
好的，谢谢Sob老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)