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标题: pdb文件中对于dummy atom的坐标如何添加呢？ [打印本页]

作者
Author: xuxu 时间: 2021-10-7 20:25
标题: pdb文件中对于dummy atom的坐标如何添加呢？
请问下，gromacs的力场文件中已经添加了MG的dummy参数，但是pdb文件中对于dummy atom的坐标如何添加呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-7 22:15
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“gromacs dummy”改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-7 22:21
如果你是利用的虚拟点，看具体怎么利用的
如果是直接结合拓扑文件使用，虚拟点的名字无所谓，只要结构文件里的原子顺序和[atoms]里的顺序一致就能跑，坐标也无所谓，虚拟点的坐标本身就是依赖于实际原子通过特定规则确定的

作者
Author: xuxu 时间: 2021-10-8 10:35
好的好的，谢谢sobereva老师

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