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标题: 如何利用GMX获取不结合配体时的蛋白质结构? [打印本页]

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NicoleDH    时间: 2021-10-7 20:37
标题: 如何利用GMX获取不结合配体时的蛋白质结构?
本帖最后由 NicoleDH 于 2021-10-7 22:36 编辑

大家好!我的蛋白只有复合物结构,没有不结合配体时的结构,所以我把复合物结构中的配体删除了,想利用GMX模拟,获取不结合配体时蛋白的结构。我用GMX模拟了1 微秒的时间,按照教程,用rms模块计算了骨架的均方根偏差,如下图。
大概320 ~ 450 ns时,这段看上去波动较小;500 ns后,rmsd的波动感觉还是挺大的,请教大家体系跑平衡了吗?如果平衡了,取最后的frame做为目的结构就行了嘛?

MD接触的比较少,还请各位老师多给点建议,谢谢!
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sobereva    时间: 2021-10-7 22:14
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“利用GMX获取空蛋白结构”改了,以后务必注意

没有“空蛋白”这种词,不要自己造

500ns之后已经基本平衡了,如果你是指蛋白在孤立状态下的结构,可以用这部分的
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NicoleDH    时间: 2021-10-7 22:46
sobereva 发表于 2021-10-7 22:14
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的,谢谢老师。我已经把不当的表述改过来了。
我想获取的是蛋白在不结合配体时的结构。还有一个问题想请教。500 ns之后基本平衡了的话,那我该取哪个frame作为我的目的结构呢?500 ns-1000 ns之间随意一个frame就行,还是取最后的一个frame?
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sobereva    时间: 2021-10-7 23:20
NicoleDH 发表于 2021-10-7 22:46
好的,谢谢老师。我已经把不当的表述改过来了。
我想获取的是蛋白在不结合配体时的结构。还有一个问题想 ...

肉眼看看轨迹,或者每隔比如50ns叠加显示一次,如果差异不大,用哪个都可以。也可以做簇分析,取最大的簇里面的结构,相对来说最有代表性




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