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标题: Gromacs如何通过table列表使用自定义力场？ [打印本页]

作者
Author: 天波稀客 时间: 2021-10-7 21:05
标题: Gromacs如何通过table列表使用自定义力场？
本人最近在学习Gromacs通过table列表的形式做MD模拟，根据GMX手册table列表需要r、f(r)、-f'(r)、g(r)、-g'(r)、h(r)、-h'(r)等7列数据，分别对应于静电作用、色散作用和排斥作用，本人测试的三种作用势函数分别为f(r)=1/r，-g(r)和h(r)合为LJ 12-6势（具体可见table.xvg文件），测试的体系是1000个TIP3P水的立方盒子。当npt.mdp文件中的vdwtype=user、coulombtype=PME时（相当于只用了table.xvg中的后四列LJ 12-6势），得到的结果与直接使用OPLS-AA是一致的。然而当把npt.mdp文件中的coulombtype也设置为user时，做MD模拟会得到错误结果，一个是体系温度较高难以控制在298K，另一个是体系的密度一直下降逐渐由液态变为气态。恳请论坛中了解这方面知识的老师告知一下我的出错原因，本人使用GMX4.6.5做MD的四个文件已上传至附件。

作者
Author: 小瓶不会做计算 时间: 2025-5-23 11:11
请问大佬有生成table文件的脚本吗，求分享

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