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标题: 关于pdb基本格式的请教？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-7 22:01
标题: 关于pdb基本格式的请教？
1、pdb的格式是17-20是残疾名称，要是超过了一位怎么办？就是残基是17-21，可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-7 22:06
大多数程序没法兼容，对于你实际用的程序试试便知

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-7 22:40

sobereva 发表于 2021-10-7 22:06
大多数程序没法兼容，对于你实际用的程序试试便知

我用的是gromacs软件，vmd可视化，packmol装盒子
另外老师，我想请教一下，在晶体中，晶体是由几条相互平行排列的结构相同的共聚物链组成的，对于每个共聚物，格式是daaaaaag，a是单体，由于首尾两端的需要在单体a的基础上补充残基，补充的残基分别是h和oh，分别命名为d，和g。对于这条聚合物链，在命名残基名的时候，是分三部分明名，即首、中间、尾，残基号依次写成12345678，还是都写成一个残基名，，残基号依次是12345678？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-7 23:23

努力向上的boy 发表于 2021-10-7 22:40
我用的是gromacs软件，vmd可视化，packmol装盒子
另外老师，我想请教一下，在晶体中，晶体是由几条相互 ...

看具体要做什么
只是可视化的话，可以残基名相同。如果是给pdb2gmx处理，如果你对末端和中部的残基在rtp里定义了不同的字段，显然pdb里必须用不同残基名来和rtp对应

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-8 01:23

sobereva 发表于 2021-10-7 23:23
看具体要做什么
只是可视化的话，可以残基名相同。如果是给pdb2gmx处理，如果你对末端和中部的残基在rtp ...

1、已经用pdb2gmx生成了top，在做动力学模拟的时候，可以将每条链上的残基名改为一个吗，然后残基序号是12345678？然后将top和pdb保持一致
在这种情况下pdb里面的残基名的位数可以由18-20位，变为18-21位吗？
2、我还想请教老师一下，在做动力学模拟的时候，77-78的元素符号可以不写吗？如果是离子的话，比如钙离子，写成ca还是ca+？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-8 01:36

努力向上的boy 发表于 2021-10-8 01:23
1、已经用pdb2gmx生成了top，在做动力学模拟的时候，可以将每条链上的残基名改为一个吗，然后残基序号是1 ...

1 可以
try

2 可以。原子名写什么无所谓

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-9 20:51

sobereva 发表于 2021-10-8 01:36
1 可以
try

谢谢老师

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-9 21:00

sobereva 发表于 2021-10-8 01:36
1 可以
try

老师，我想请教一下，聚合物是由一条条平行的聚合物链组成的，在pdb中我需要在每条连需要写上链标识符吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-9 23:23

努力向上的boy 发表于 2021-10-9 21:00
老师，我想请教一下，聚合物是由一条条平行的聚合物链组成的，在pdb中我需要在每条连需要写上链标识符吗 ...

不用

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-9 23:30

sobereva 发表于 2021-10-9 23:23
不用

谢谢老师，添加水利用gmx solvate和packmol，是不是都可以？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-10 02:42

努力向上的boy 发表于 2021-10-9 23:30
谢谢老师，添加水利用gmx solvate和packmol，是不是都可以？

packmol填的做不到gmx solvate那么致密，而且试图填得致密时还要花很多时间迭代。所以但凡适合gmx solvate的时候都不要用packmol

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-10 08:08

sobereva 发表于 2021-10-10 02:42
packmol填的做不到gmx solvate那么致密，而且试图填得致密时还要花很多时间迭代。所以但凡适合gmx solvat ...

如果有一个小分子的pdb文件，可以直接用gmx solvate添加进盒子吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-10 12:57

努力向上的boy 发表于 2021-10-10 08:08
如果有一个小分子的pdb文件，可以直接用gmx solvate添加进盒子吗？

不适合。solvate专门基于平衡好的溶剂盒子的文件来填充新的盒子

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