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标题: 高斯几何优化带羟基吲哚的分子和重金属Cr相互作用的体系发生震荡 [打印本页]

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Author: wudiazhu 时间: 2021-10-9 20:23
标题: 高斯几何优化带羟基吲哚的分子和重金属Cr相互作用的体系发生震荡
本帖最后由 wudiazhu 于 2021-10-9 20:24 编辑

各位老师好，我使用高斯优化一个带羟基吲哚环和重金属Cr(Ⅵ)相互作用的体系，Cr(Ⅵ)用HCrO4-带一个单位负电荷。使用的计算级别是M06-2X/6-311G**，Cr使用SDD赝势，添加smd溶剂模型，水作溶剂，电荷和自旋多重度为-1 1。优化到后面能量曲线总是发生震荡。已经尝试过的方法有1. 改用GDIIS方法优化体系；2.调整过最大步长maxstep=5； 3.加上recalc=3/4/5 计算Hessian; 4. 改用b3lyp方法和小一点的Pople系列基组。以上方法均不行，依旧会发生震荡。想请教一下各位老师：
1. 可否取震荡前能量最低的一帧结构做振动分析，如果没有虚频则说明这个几何结构已经优化完成？如果这样不行的话，想请教各位老师是不是我的初始结构摆的不对。
2. 关于四个收敛判据，是否需要四个Yes才能说明计算结果是可靠的？我之前对一个分子作几何优化，任务正常结束，且没有虚频，但是opt和freq最后都是3个Yes 1个No，这样的结果还可靠吗？谢谢各位老师。下面是我的输入和输出文件。

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作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-9 21:40
结构必须收敛，没有虚频是结构可以用的必要条件而不是充分条件，必须同时满足梯度足够小、步长足够小、没有虚频这三个条件才可以。
如果三个yes一个no，建议检查一下输出文件有没有告诉你是不是收敛了，一定要仔细理解程序的输出，收不收敛都会用明确的英文告诉你，不要只去数yes和no的个数。有的时候那三个yes已经比收敛限低很多了，那一个no只比收敛限高一点，这样也算收敛，但不意味着三个yes一个no必然是收敛，一切以输出文件的文字输出为准。
不要用笛卡尔坐标优化，改用内坐标优化，如果还不收敛，看最后几帧结构看看是哪些原子动得最多，用modredundant在那里加上一些内坐标再试

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Author: fffff 时间: 2021-10-10 06:26
也可以试试IEFPCM
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

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Author: wudiazhu 时间: 2021-10-10 14:53
本帖最后由 wudiazhu 于 2021-10-10 14:56 编辑

wzkchem5 发表于 2021-10-9 21:40
结构必须收敛，没有虚频是结构可以用的必要条件而不是充分条件，必须同时满足梯度足够小、步长足够小、没有 ...

谢谢老师回答！
仔细看了几何优化的输出文件，您指的收敛的明确的英文是指四个收敛判据下面的“optimization completed---stationary point found”以及“lowest energy point so far”对吗？所以您的意思是即使四个收敛判据没有全为Yes，也有可能出现“optimization completed---stationary point found”的字样对吗，具体情况应以告知的英文为准。还有就是您说的用内坐标代替笛卡尔坐标去优化，我猜是因为几何优化的就是对键长R、键角A、二面角D进行优化，是这个逻辑吧？
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作者
Author: wudiazhu 时间: 2021-10-10 14:53

fffff 发表于 2021-10-10 06:26
也可以试试IEFPCM
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子 ...

谢谢回复与分享！我即刻去尝试一下！谢谢。

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Author: wzkchem5 时间: 2021-10-10 15:57

wudiazhu 发表于 2021-10-10 07:53
谢谢老师回答！
仔细看了几何优化的输出文件，您指的收敛的明确的英文是指四个收敛判据下面的“optimiza ...

对，当且仅当出现optimization completed---stationary point found时，代表结构优化收敛。lowest energy point so far不代表收敛。
大多数情况下内坐标优化更快，原因参见http://sobereva.com/164。不是你那么容易就能解释的，结构优化既可以看作是优化键长、键角、二面角，也可以看作是优化原子坐标，之所以用内坐标优化更快是有更深层次的原因的

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Author: wudiazhu 时间: 2021-10-10 16:20

wzkchem5 发表于 2021-10-10 15:57
对，当且仅当出现optimization completed---stationary point found时，代表结构优化收敛。lowest energy ...

好，谢谢老师回复，我仔细看看sob老师的博文。不知您是否有空看看我的输入构型是否摆放合理，是把HCrO4-摆在了羟基附近，不知道苯环的pi作用是否需要考虑？

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Author: wzkchem5 时间: 2021-10-10 17:20

wudiazhu 发表于 2021-10-10 09:20
好，谢谢老师回复，我仔细看看sob老师的博文。不知您是否有空看看我的输入构型是否摆放合理，是把HCrO4- ...

看起来没有明显的不合理。如果怀疑HCrO4-可能放在其他地方更稳定，应该做构型搜索

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Author: wudiazhu 时间: 2021-10-10 19:50

wzkchem5 发表于 2021-10-10 17:20
看起来没有明显的不合理。如果怀疑HCrO4-可能放在其他地方更稳定，应该做构型搜索

好，谢谢老师。

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