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标题: Merz离子力场中HFE、IOD、CM三套参数，对于固相萃取的研究该选哪套 [打印本页]

作者
Author: a9471163 时间: 2021-10-9 23:57
标题: Merz离子力场中HFE、IOD、CM三套参数，对于固相萃取的研究该选哪套
本帖最后由 a9471163 于 2021-10-10 00:02 编辑

各位老师好，Merz对三种水模型下的HFE、IOD、CM提出了不同的参数。
在萃取体系（水-COF固体两相，COF吸引重金属、贵金属离子到固体表面）中我选择哪套参数较好呢？论坛查到有大佬使用过IOD，但MSD结果不佳，http://bbs.keinsci.com/thread-25398-1-1.html。也有大佬用过HFE，但配位数模拟不准http://bbs.keinsci.com/thread-24947-1-1.html，因此我个人倾向于选CM这套参数，但我不清楚这套参数是否有一定的缺点？
我的关注重点是吸附亲和力要模拟准确，后续想计算PMF得到结合自由能，此外，离子-水相互作用能够尽可能好的展现即可（听说CM对于水-离子配位展现的最好，不知道是不是这样）
想请问一下各位前辈，HFE、IOD、CM中选用哪套参数较好一些呢？

补充说明：由于是在gromacs中搭配gaff力场使用，因此只能用12-6参数而不能用12-6-4了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-11 05:01
没有实验，或者AIMD跑的较准确的PMF进行对比，没法说哪个一定更准，用哪个都可能遭到质疑。HFE更好的可能性或许大一些，但也可能三个都不准。建议至少取离子被吸附的一些有代表性的结构，用DFT算个相互作用能作为参照，考察几种参数下力场计算的合理性。

作者
Author: a9471163 时间: 2021-10-11 11:23

sobereva 发表于 2021-10-11 05:01
没有实验，或者AIMD跑的较准确的PMF进行对比，没法说哪个一定更准，用哪个都可能遭到质疑。HFE更好的可能性 ...

谢谢sob老师

作者
Author: xjw 时间: 2022-4-13 17:38
您好，请问Merz的参数在哪可找到啊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-27 07:37

xjw 发表于 2022-4-13 17:38
您好，请问Merz的参数在哪可找到啊

看Merz的原文
(, 下载次数 Times of downloads: 42)

作者
Author: HZW 时间: 2022-4-27 10:44

sobereva 发表于 2022-4-27 07:37
看Merz的原文

---------------------------去年我发邮件咨询Li Pengfei老师，他建议我的。---------------------------------------
(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: nianbin 时间: 2023-2-16 14:39
请问如何把这些文章中的参数，转化为gromacs 可以使用的GAFF 力场 OPLS力场以及GROMOS 力场参数

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