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标题: gromacsr软件模拟后，周期性设置的影响？ [打印本页]

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Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-10 00:23
标题: gromacsr软件模拟后，周期性设置的影响？
本帖最后由努力向上的boy 于 2021-10-10 14:54 编辑

现在对于周期性带来的影响不是很明白现在呢，先讲一下我的体系：是这个样子的，我的体系是溶质（聚合物晶体，聚合物由一条条相同的链组成的）+溶剂（小分子），经过模拟，会有规整排列的链到分散排列的链。
设置了周期性的原因是，避免有限边界的干扰，这样会在你的盒子周围存在无数个和你盒子的体系是一样的。当你的分子从一端跑出盒子，就会从另外一端跑进盒子。溶质和相邻经镜像的距离都大于5nm以上，我的问题如下：
1、在模拟的后期，溶质的一部分会跑出盒子，跑出去的部分从另外一端进入盒子。我没有弄明白，体系中溶质和镜像的溶质需要保持什么什么距离的关系吗？在后期，溶质和相邻盒子的溶质之间是不是没有接触就好？我对于跑出盒子带来的影响很迷惑。
2、对于计算rmsd，rg等，是不是利用gmx trjconv -pbc mol -center等命令去除周期性，并将溶质放于盒子中间，然后去除平动和转动，然后计算rmsd和rg，我想请教一下要是去除周期性和平动转动后，溶质还有一小部分或者几个原子在盒子外面怎么办？
3、在计算溶质整体的rg的时候，得到的效果是不是可以体现溶质在模拟的过程中的疏密程度？

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-10 20:33
标题: gromacs运行的轨迹，当溶质有部分在盒子外面，如何很好的去除周期性？
在模拟的过程中，有部分溶质跑出盒子外面，当利用-pbc mol以及-center，以及-fit，去除周期性和转动以后，依旧有部分原子原子在盒子外面，请问应该如何处理，以便利用gmx rms计算rmsd？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-11 04:19
最好截个图，并且说明溶质是什么类型分子

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-11 04:48

努力向上的boy 发表于 2021-10-10 20:33
在模拟的过程中，有部分溶质跑出盒子外面，当利用-pbc mol以及-center，以及-fit，去除周期性和转动以后， ...

类似的问题别单独发新帖，给你合并了，以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-11 04:51
1 某个溶质分子和它的镜像分子之间原子最近距离不能小于非键作用的cutoff，否则就有虚假的自己和自己作用

2 在外面就在外面

3 模拟前后体系结构截图发出来
靠猜的话只能说有可能

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-11 11:04
本帖最后由努力向上的boy 于 2021-10-11 11:26 编辑

sobereva 发表于 2021-10-11 04:51
1 某个溶质分子和它的镜像分子之间原子最近距离不能小于非键作用的cutoff，否则就有虚假的自己和自己作用
...

溶剂里面有水有无机盐有有机小分子，一共三种组分
1、利用-pbc -center -fit等处理轨迹后，如果还有部分原子在盒子外面，计算rmsd，rg不会有什么问题吗？
2、利用gmx mindist计算溶质和镜像的最短距离，需要去除周期性（对轨迹及逆行-pbc -mol等）操作吗？
3、两个图分别是初始的和结束的，利用gmx gyrate计算rg来判断疏密程度，这么做是合理的吗？另外在计算的时候需要加-p吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-11 20:03

努力向上的boy 发表于 2021-10-11 11:04
溶剂里面有水有无机盐有有机小分子，一共三种组分
1、利用-pbc -center -fit等处理轨迹后，如果还有部分原 ...

1 最好用-nojump，保证聚合物分子运动的连续性，这种情况下跑出去完全不用管，是什么样就是什么样

2 不用

3 合理
可加可不加。如果你对绕着不同主轴的回转半径分量感兴趣，加了便于考察

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-13 02:07

sobereva 发表于 2021-10-11 20:03
1 最好用-nojump，保证聚合物分子运动的连续性，这种情况下跑出去完全不用管，是什么样就是什么样

2 ...

2、老师，如果不对轨迹进行处理，溶质有一部分在跑出盒子，然后跑出的那部分从另外一端进入到盒子，这样在利用gmx mindist -f *.xtc -s *.tpr -n *.ndx -pi计算溶质和镜像的最短距离的时候，距离就会显示的很小，这怎么办呢？
3、我主要是观察溶质由紧密的结构到了松散分开的结构的程度

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-13 04:35

努力向上的boy 发表于 2021-10-13 02:07
2、老师，如果不对轨迹进行处理，溶质有一部分在跑出盒子，然后跑出的那部分从另外一端进入到盒子，这样 ...

当前情况不适合把所有聚合物整体当做一个组用mindist说事，对每一条聚合物链分别用mindist测量它与镜像最短距离才有意义

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-13 19:02

sobereva 发表于 2021-10-13 04:35
当前情况不适合把所有聚合物整体当做一个组用mindist说事，对每一条聚合物链分别用mindist测量它与镜像最 ...

老师我想请教一下，利用gmx gyrate计算回旋半径，开始的时候，是规整排列的有序的，但是结构已将发生了变化，感觉疏密程度也在改变，但是回旋半径曲线确是一条水平的直线，这是为什么呢？附件是两个不同角度的图形。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-14 00:52

努力向上的boy 发表于 2021-10-13 19:02
老师我想请教一下，利用gmx gyrate计算回旋半径，开始的时候，是规整排列的有序的，但是结构已将发生了变 ...

不可能是严格水平的
看看具体数值怎么变的

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-14 11:56

sobereva 发表于 2021-10-14 00:52
不可能是严格水平的
看看具体数值怎么变的

1、看起来是一条水平的线，数值的话在不断的变化，开始大概是1.65，然后在左右徘徊，然后是1.64，然后在左右浮动，然后1.63，然后1.65，这样的，请问老师，这个正常吗？
2、老师，针对个溶质，它不是有好几条链吗，比如有三条，每条链分别叫做a、b、c，在做模拟的时候溶质要和镜像的距离大于截断半径，是不是说a要a的镜像大于截断半径，并且是a中的相应原子之间的距离大于截断半径？
3、如果a中的原子1与镜像中a上的2、3、4等原子的距离小于截断半径，或者a链与c链有些原子小于截断半径，这都是没问题的是吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-14 13:45

努力向上的boy 发表于 2021-10-14 11:56
1、看起来是一条水平的线，数值的话在不断的变化，开始大概是1.65，然后在左右徘徊，然后是1.64，然后在 ...

1 结合动力学图像判断是否正常

2、3 a中任意一个原子都必须和镜像的a的任意一个原子距离间距超过截断半径
原则上a也不应当遇到其它的链的镜像，毕竟和实际情况不符。但如果a运动到接触其它的链的镜像之前，被考察的问题已经（如溶胀过程）已经足够充分体现了，就不用管之后的轨迹

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-14 19:29

sobereva 发表于 2021-10-14 13:45
1 结合动力学图像判断是否正常

2、3 a中任意一个原子都必须和镜像的a的任意一个原子距离间距超过截断 ...

1、前边的聚合物轨迹总的来说还是保持相对规整，但是边端已经有明显的分散，层间或者链间还是相对紧密，请问老师还有别的方法辅助判断一下吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-15 07:29

努力向上的boy 发表于 2021-10-14 19:29
1、前边的聚合物轨迹总的来说还是保持相对规整，但是边端已经有明显的分散，层间或者链间还是相对紧密， ...

可能只是相对于整体结构而言的很微小分散，导致回转半径数值上体现不出来明显差异
可以从X/Y/Z方向最大减最小坐标衡量一下跨距的变化

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-20 01:35

sobereva 发表于 2021-10-15 07:29
可能只是相对于整体结构而言的很微小分散，导致回转半径数值上体现不出来明显差异
可以从X/Y/Z方向最大 ...

谢谢老师。
老师，我想请教一下个问题，在模拟的时候，盒子的物质，不是从一边跑出盒子就会从另外一边跑进来吗，从原始轨迹提取的结构中，几条链相邻，一点残基在盒子外面，但是为什么利用-pbc nojump处理轨迹后，会有几条链在盒子内且相邻，另外几条链分别在盒子相邻的不同的镜像盒子中，这是为什么呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-20 02:30

努力向上的boy 发表于 2021-10-20 01:35
谢谢老师。
老师，我想请教一下个问题，在模拟的时候，盒子的物质，不是从一边跑出盒子就会从另外一边跑 ...

gro文件默认是按照-pbc mol方式记录的轨迹，只有当分子质心越过盒子时才会被整体挪到另一头

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-21 16:54

sobereva 发表于 2021-10-20 02:30
gro文件默认是按照-pbc mol方式记录的轨迹，只有当分子质心越过盒子时才会被整体挪到另一头

请问老师，这个该怎么判断呢？判断是否合理是否与镜像接触了？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-22 02:58

努力向上的boy 发表于 2021-10-21 16:54
请问老师，这个该怎么判断呢？判断是否合理是否与镜像接触了？

VMD里把相邻镜像显示出来，一看便知

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-28 19:15

sobereva 发表于 2021-10-22 02:58
VMD里把相邻镜像显示出来，一看便知

老师您的意思是说，用-pbc nojump调整的轨迹，再用gmx trjconv提取之后的gro不是按照-pbc nojump合适-pbc mol调整的？

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