计算化学公社

标题: 关于大分子QM/MM方法的氢原子优化步骤的进行 [打印本页]

作者
Author: liuyuqi 时间: 2021-10-10 15:04
标题: 关于大分子QM/MM方法的氢原子优化步骤的进行
最近在按照sob老师发的基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)重复范老师https://www.webofscience.com/wos ... WOS:000408413600008的QM/MM部分。sob老师的帖子中，第三步是优化氢原子的位置，我在顺利完成前两步的基础上，按照sob老师写的指令进行第三步，但是由于团簇中原子过多，用Gaussian16 MP6半经验法计算得不到结果，原因是SCF不收敛。于是我又找了sob老师的解决SCF不收敛问题的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)，试着加了一些关键词，但结果还是SCF不收敛。之后还试了用MOPAC来计算，得到的结果导入mopac2xyz看优化过程，发现明显不对。
现在想问问大家，对于大分子体系的QM/MM模拟，氢原子的优化这一步大家都是如何进行的？如果不不对全体氢原子进行优化，只优化中心分子的氢原子可以吗？
附：1.Gaussian输入文件 2hopt.gjf (, 下载次数 Times of downloads: 11)
2.MOPAC输入文件2hopt.mop (, 下载次数 Times of downloads: 2)
注：这两个输入文件是用mercury做的，在这两个输入文件中，我只选择了离中心原子最近邻的原子进行氢的优化
3.MOPAC输出文件转成的xyz文件在VMD中观察到的最终结果图 (, 下载次数 Times of downloads: 10)

4.分子结构图 (, 下载次数 Times of downloads: 25)

第一次在这里问问题，如果有什么我没讲清楚或者是有什么其他的问题，请一定一定指出来，我会虚心改正的，麻烦大家了，谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-10 16:03
先用肉眼检查有没有漏加的氢、多加的氢、明显不合理的氢原子键长，把这些手动修改好，再优化。
如果还是不行，先用UFF优化，再用PM6

作者
Author: liuyuqi 时间: 2021-10-10 18:48
本帖最后由 liuyuqi 于 2021-10-10 19:09 编辑

wzkchem5 发表于 2021-10-10 16:03
先用肉眼检查有没有漏加的氢、多加的氢、明显不合理的氢原子键长，把这些手动修改好，再优化。
如果还是不 ...

多谢！找到问题所在了！

作者
Author: liuyuqi 时间: 2021-10-10 19:23

wzkchem5 发表于 2021-10-10 16:03
先用肉眼检查有没有漏加的氢、多加的氢、明显不合理的氢原子键长，把这些手动修改好，再优化。
如果还是不 ...

我刚刚发现，用mercury叠的团簇，保存成mol2文件再用gaussian打开，分子内环上的H数就从1个增加到两个了，原来是我选了加氢这个选项，打开文件就自动给我加氢了T T。。。我再试一次，太感谢您了！

作者
Author: liuyuqi 时间: 2021-10-10 20:24

wzkchem5 发表于 2021-10-10 16:03
先用肉眼检查有没有漏加的氢、多加的氢、明显不合理的氢原子键长，把这些手动修改好，再优化。
如果还是不 ...

MOPAC PM6优化成功了，超级感谢！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-11 06:20
mopac的话最好用pm6-d3h4，跑半经验也别用高斯，实在是太慢了

作者
Author: liuyuqi 时间: 2021-10-11 16:30

喵星大佬发表于 2021-10-11 06:20
mopac的话最好用pm6-d3h4，跑半经验也别用高斯，实在是太慢了

了解！

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