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标题: 利用gromacs系综进行模拟，如何判断预处理是否正确？ [打印本页]

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2021-10-10 15:29
标题: 利用gromacs系综进行模拟，如何判断预处理是否正确？
体系有聚合物溶质和小分子，先对溶质进行位置限制，然后对溶剂进行模拟，这个过程中是不是要看体系总能量相对稳定以后，才可以进行后边的产品模拟？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-11 04:31
不明白你这样做的目的
如果production模拟是在不考虑限制的情况下进行的，显然是要在溶质也没施加限制势的情况下达到平衡，之后的MD才能算做production
如果没有特殊必要（诸如对这种体系我看不出有任何必要），预平衡过程前也没必要对聚合物做位置限制。

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