标题: 蛋白相互作用 PBSA和GBSA能量计算构象选择的问题 [打印本页] 作者Author: xinggx 时间: 2021-10-10 20:19 标题: 蛋白相互作用 PBSA和GBSA能量计算构象选择的问题 各位前辈大家好。
请教大家做蛋白蛋白相互作用时。通过分子对接得到两个不同构象。
在计算PBSA和GBSA之后
得到了构象1的GB比构象2的GB高，构象1的PB比构象2的PB低的结果。有这样的交叉导致我不知道选哪一个模型了
我读了部分文献说是PB结果耗时但更精确，但 Computational prediction of protein–protein binding affinities 还有部分文献指出GB和实验结果的相关性更高
The highest correlation between the predicted binding affinities and the experimental data was −0.64 using MM-GBSA, a low interior dielectric constant of 1 and the AMBER ff02 force field. This correlation was better than using MM-PBSA for which the highest correlation was −0.523.（这个是原文）