计算化学公社

标题: 通过输入原子标号，自动给出键长与键角 [打印本页]

作者
Author: 978142355 时间: 2016-1-16 12:53
标题: 通过输入原子标号，自动给出键长与键角
在Sob老师鼓舞以及组内同级和师妹的催促下（PS：她们需要统计氢键长与氢键角，用Gaussview量取虽然很好，但是需要统计很多的时候未免极其的繁琐，鉴于此编写此程序），做了两个程序。本程序运行后提示输入文件的名称，如果是键长的那个程序，则会提示让我们输入两个原子标号，自动在result.txt中打印两个原子标号以及两个标号的键长；键角也是一样的，不过需要我们输入3个原子的标号。一次结果运行结束后，会提示我们是否结束，如果还想继续，那么输入除“回车或ctrl+C”的任意字符，重复上面的输入过程；如果想要结束的话，在提示后输入over，程序结束，所有结果按照次序打印至result.txt中。还是一样，做了两个版本的，一个是针对gjf文件，另一个是针对xyz文件。不足之处，还望各位大神批评指正。（PS：1.键长和键角的精度是按照GaussView中的进行，想更精确，自行修改里面的程序；2.@Sobereva，二面角的程序我也做了，不过与GaussView中的有差别，GaussView量取是负值，但是我程序量取是正值，这个该怎么破？）

作者
Author: smutao 时间: 2016-1-16 13:00
加上二面角

作者
Author: root 时间: 2016-1-16 14:10
二面角的符号和角度分开来求。

xyz角度的程序, angle=acos((A*D+B*E+C*F)/G/H) 算acos的时候遇到括号里的值=1.0000000001怎么办？

作者
Author: 978142355 时间: 2016-1-16 15:03

smutao 发表于 2016-1-16 13:00
加上二面角

我也想加上，不过用Gaussview量取得到负值的时候，用程序计算是正值，能解决的话，我会传的。

作者
Author: 978142355 时间: 2016-1-16 15:09
本帖最后由 978142355 于 2016-1-16 15:14 编辑

root 发表于 2016-1-16 14:10
二面角的符号和角度分开来求。

xyz角度的程序, angle=acos((A*D+B*E+C*F)/G/H) 算acos的时候遇到括号里 ...

你的意思是，在fortran中由于其精度的限制，可能在最后一位出现问题，导致括号里出现比1大的情况是不是？还是您遇到什么问题了？传到这里来我看一看。我在fortran中对于angle以及那里的A~H用的都是双精度的，在你所说的那个位数上，应该不会出现这个问题吧？

作者
Author: 浮游物 时间: 2020-7-14 18:30
想请问下，这个程序怎么打开呢

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-7-14 21:14

浮游物发表于 2020-7-14 18:30
想请问下，这个程序怎么打开呢

显然需要编译

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