计算化学公社

标题: 大DNA体系表面静电势计算方法求助 [打印本页]

作者
Author: landian666 时间: 2021-10-11 17:13
标题: 大DNA体系表面静电势计算方法求助
想计算一个大的DNA生物体系的表面静电势，求助计算方法和相关可用软件，谢谢~~

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-11 19:34
多大？算了干啥用？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-11 19:49
如果是真空下，用Multiwfn基于记录了原子电荷的chg文件，通过主功能5计算静电势格点数据，在VMD里投影到DNA范德华表面即可显示成静电势着色的分子表面图
如果是溶液下，需要通过APBS之类程序求解泊松方程得到静电势格点文件，然后再用VMD投影到范德华表面上

作者
Author: landian666 时间: 2021-10-12 09:00

sobereva 发表于 2021-10-11 19:49
如果是真空下，用Multiwfn基于记录了原子电荷的chg文件，通过主功能5计算静电势格点数据，在VMD里投影到DNA ...

谢谢老师，我是在溶液下，用的APBS算的，当输入DNA结构的时候总是报错说单个碱基电荷不为整数，但是很多论文说是可以算DNA体系的静电势的，不知道是不是哪里设置错误了。
下面这个帖子是报错内容
http://bbs.keinsci.com/thread-24718-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-13 02:14

landian666 发表于 2021-10-12 09:00
谢谢老师，我是在溶液下，用的APBS算的，当输入DNA结构的时候总是报错说单个碱基电荷不为整数，但是很多 ...

最好发邮件问APBS开发者

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