计算化学公社

标题: 求助：forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred [打印本页]

作者
Author: 玉不琢不成器 时间: 2021-10-11 21:40
标题: 求助：forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
各位老师，大家好，最近在使用CASTEP计算声子谱时，计算总是失败，出现下述的错误，网上搜索了一下，说可能是内存过小，但把内存扩大至200 G后还是有这样的错误，请问大家知道怎么解决吗？谢谢各位了！
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
libDFTD.so       00002ABC4C9D9DA5  Unknown             Unknown  Unknown
libDFTD.so       00002ABC4C9D7B67  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000047B0B2  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000047AF06  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000045F68D  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000044DB7D  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread.so.0 00002ABC4E7166D0  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000181856B  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    00000000018128A8  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    0000000002C96294  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    0000000002B74C4B  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    00000000004AD4E6  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000044DA1E  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00002ABC4E945445  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000044D929  Unknown             Unknown  Unknown

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-11 22:32
不管是什么程序，贴这种终端里的通用报错提示都毫无意义，直接看实际输出文件末尾报错

作者
Author: 玉不琢不成器 时间: 2021-10-12 10:59

sobereva 发表于 2021-10-11 22:32
不管是什么程序，贴这种终端里的通用报错提示都毫无意义，直接看实际输出文件末尾报错

老师，您好，谢谢您的回复，末尾处的报错信息就是这个，希望得到您的帮助，谢谢老师！
Parallel strategy changed for perturbation using 1 k-points
  Data is distributed by G-vector(64-way) and k-point(1-way) and band(1-way)
  +---------------- MEMORY AND SCRATCH DISK ESTIMATES PER PROCESS --------------+
  |                                                    Memory       Disk |
  | Baseline code, static data and system overhead    858.0 MB       0.0 MB |
  | BLAS internal memory storage                         0.0 MB       0.0 MB |
  | Model and support data                            55.2 MB       0.0 MB |
  | Finite displacement phonon requirements             44.8 MB       0.0 MB |
  |                                              ----------------------------- |
  | Approx. total storage required per process       958.0 MB       0.0 MB |
  |                                                                            |
  | Requirements will fluctuate during execution and may exceed these estimates |
  +-----------------------------------------------------------------------------+

Writing analysis data to NiCoPS-1_PhonDOS.castep_bin

Writing model to NiCoPS-1_PhonDOS.check
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
Trapped SIGINT or SIGTERM. Exiting...
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
libDFTD.so       00002ABC4C9D9DA5  Unknown             Unknown  Unknown
libDFTD.so       00002ABC4C9D7B67  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000047B0B2  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000047AF06  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000045F68D  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000044DB7D  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread.so.0 00002ABC4E7166D0  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000181856B  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    00000000018128A8  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    0000000002C96294  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    0000000002B74C4B  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    00000000004AD4E6  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000044DA1E  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00002ABC4E945445  Unknown             Unknown  Unknown
castepexe.exe    000000000044D929  Unknown             Unknown  Unknown

Last known process information:
===============================
Name: castepexe.exe
Umask:  0022
State:  R (running)
Tgid: 56133
Ngid: 0
Pid: 56133
PPid: 56129
TracerPid:    0
Uid: 1717 1717 1717 1717
Gid: 544    544    544    544
FDSize: 64
Groups: 544
VmPeak:  1244088 kB
VmSize:  1171120 kB
VmLck:       0 kB
VmPin:       0 kB
VmHWM: 382728 kB
VmRSS: 382728 kB
RssAnon:       176932 kB
RssFile:          15688 kB
RssShmem:       190108 kB
VmData: 192768 kB
VmStk:    2560 kB
VmExe: 126284 kB
VmLib:    16336 kB
VmPTE:    1972 kB
VmSwap:       0 kB
Threads:       1
SigQ: 0/385573
SigPnd: 0000000000000000
ShdPnd: 0000000000000000
SigBlk: 0000000000000000
SigIgn: 0000000000100001
SigCgt: 00000001800046ae
CapInh: 0000000000000000
CapPrm: 0000000000000000
CapEff: 0000000000000000
CapBnd: 0000001fffffffff
CapAmb: 0000000000000000
Seccomp:       0

SpeculationStoreBypass: not vulnerable
Cpus_allowed: 00000000,00000001
Cpus_allowed_list:    0
Mems_allowed: 00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000000,00000001
Mems_allowed_list:    0
voluntary_ctxt_switches:       475
nonvoluntary_ctxt_switches:    9062

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-13 02:16
我不用CASTEP，试试改改并行核数能否避免。或者尝试不同计算设置，对比找原因

作者
Author: 玉不琢不成器 时间: 2021-10-13 08:33

sobereva 发表于 2021-10-13 02:16
我不用CASTEP，试试改改并行核数能否避免。或者尝试不同计算设置，对比找原因

好的，谢谢老师的建议，我尝试一下

作者
Author: xiapin 时间: 2021-10-13 14:31
我在超算提交任务也遇到了这样的问题，但是用自己电脑就能算。

作者
Author: 玉不琢不成器 时间: 2021-10-14 08:56

xiapin 发表于 2021-10-13 14:31
我在超算提交任务也遇到了这样的问题，但是用自己电脑就能算。

好的好的，谢谢你的回复，我也试试

作者
Author: xiapin 时间: 2021-10-15 11:07

玉不琢不成器发表于 2021-10-14 08:56
好的好的，谢谢你的回复，我也试试

我在超算能正常算了，你看看是不是输入文件少放了或者结构合不合理。我刚开始用CASTEP,一起交流下。

作者
Author: 玉不琢不成器 时间: 2021-10-15 11:35

xiapin 发表于 2021-10-15 11:07
我在超算能正常算了，你看看是不是输入文件少放了或者结构合不合理。我刚开始用CASTEP,一起交流下。

那能问一下吗，你的是什么问题造成的？突然可以算了嘛，还是是输入文件少放了或者结果不合理？想借鉴一下你的经验，谢谢

作者
Author: xiapin 时间: 2021-10-15 15:06

玉不琢不成器发表于 2021-10-15 11:35
那能问一下吗，你的是什么问题造成的？突然可以算了嘛，还是是输入文件少放了或者结果不合理？想借鉴一下 ...

我上午就想找到原因来着，有点忘了，之前的文件也删了。不知道你是在哪提交任务的，需要注意的是，其中.cell文件是个隐藏文件，MS生成之后我往超算上传了压缩包。

作者
Author: 玉不琢不成器 时间: 2021-10-17 10:23

xiapin 发表于 2021-10-15 15:06
我上午就想找到原因来着，有点忘了，之前的文件也删了。不知道你是在哪提交任务的，需要注意的是，其中.c ...

谢谢你，我是直接上传的文件，没有压缩，看了一下，.cell文件也都在，可能是其他的问题，我再找找

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)