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标题: 求助：FMNSf跑npt前出现的v-rescale 报错，换成Beredsen可以跑，但是我们要用v-res... [打印本页]

作者
Author: 景中自有笑寒意 时间: 2021-10-13 17:28
标题: 求助：FMNSf跑npt前出现的v-rescale 报错，换成Beredsen可以跑，但是我们要用v-res...
error：The v-rescale thermostat was called with a group with #DOF=2.933824, but for #DOF<3 only integer #DOF are supported

我用的gromacs版本是2020.1的，去查gromacs手册上也没有找到DOF是指什么。
大家有遇到过这种报错吗？求问是怎么解决的？或者我应该从哪个方向找问题？

我的mdp文件
title                   = fmns MD
;cpp                   = /lib/cpp
;include                = /usr/share/gromacs/top
;define                = -DPOSRES ; ICE restrain the polyethylene

;Run parameters
integrator             = md ;leap-frog integrator
dt                      = 0.002    ;2fs
nsteps                = 100000 ;2ns

;Output control
nstxout                = 500
nstvout                = 500
nstlog                = 500
nstenergy             = 500
nstxout-compressed       = 500

; xtc compressed trj output
compressed-x_grps                = FMNS NA
energygrps             = FMNS NA

; Neighborsearching
cutoff-scheme          = Verlet
nstlist                = 10    ; 20fs
ns-type                = grid
; search neighboring grid cels
rlist                   = 1.0    ; short-range neighborlist cutoff (in nm)

;Electrostatics
coulombtype             = PME  ; Particle Mesh Ewald for long-range eletro
pme_order             = 4 ; cubic interpolation
fourierspacing          = 0.16  ; grid spacing for FFT
rcoulomb                = 1.0 ; short-range for electrostatic cutoff
rvdw                   = 1.0 ;             van der Waals

; Temperature coupling is on
tcoupl                = V-rescale   ; modified Beredsen thermostat 这里改成Beredsen就可以跑，但是老师说我们还是要用v-rescale
tc-grps                = FMNS NA ; 3 coupling group
tau-t                   = 0.1 0.1 ; time constant ,in ps
ref-t                   = 298 298 ; reference T

; Pressure coupling is on
pcoupl                = Berendsen ; Pressure coupling
pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors
tau-p                   = 2.0       ; time constant
compressibility       = 4.5e-5    ; isothermal compressibility of water
ref-p                   = 1.0          ; reference pressure, in bar
refcoord_scaling       = all

gen-vel                = yes          ; generate v ,yes for the first md, no for 2st, 3rd....
gen-temp                = 298
gen-seed                = 173529

;Bonds
constraints             = h-bonds
constraint-algorithm    = LINCS
lincs_iter             = 1 ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4 ; also related to accuracy

; Periodic boundary conditions
pbc                   = xyz ; 3-D PBC

; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres    ; account for cut-off vdW scheme

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-13 19:52
DOF含义去官方论坛问开发者，或者自己读源代码

尝试不同gmx版本，如2019、2021
也可以尝试改大tau-t看看
也可以把gen-vel设no试试

实在不行就用Berendsen

发帖时候别用那么大字号，一般人的视力没那么差

作者
Author: lyj714 时间: 2021-10-13 19:56
应该是你这个FMNS 和NA其中一个组的原子个数非常少，比如小于3.
直接用system一个组应该就可以。

作者
Author: 景中自有笑寒意 时间: 2021-10-14 14:30

sobereva 发表于 2021-10-13 19:52
DOF含义去官方论坛问开发者，或者自己读源代码

尝试不同gmx版本，如2019、2021

好的，我尝试了用system 就正常跑了，下次发帖注意字体大小问题，不好意思啊

作者
Author: 景中自有笑寒意 时间: 2021-10-14 14:32

lyj714 发表于 2021-10-13 19:56
应该是你这个FMNS 和NA其中一个组的原子个数非常少，比如小于3.
直接用system一个组应该就可以。

我尝试改成system 就能跑了！感谢！

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