计算化学公社

标题: 如何用VMD使结构中形成的π-π堆积，π-π共轭结构显示出来？ [打印本页]

作者
Author: 深爱小李 时间: 2021-10-13 19:33
标题: 如何用VMD使结构中形成的π-π堆积，π-π共轭结构显示出来？
导入由MS动力学模拟后转置过来的xyz格式的文件后，该怎么操作才能显示出结构中形成的π-π堆积，π-π共轭结构呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-13 19:41
这不是靠VMD自身实现的
如果你想体现pi共轭，用Multiwfn绘制LOL-pi是最好的展现方法，看
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432（http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html）
这需要做量子化学计算得到波函数文件

如果想图形化展现pi-pi堆积作用，可以用Multiwfn绘制IGM图，看
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）
基于xyz文件，Multiwfn计算后用VMD可以直接绘制

应用实例：
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572（http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html）

作者
Author: renzhogn424 时间: 2021-10-14 22:03

sobereva 发表于 2021-10-13 19:41
这不是靠VMD自身实现的
如果你想体现pi共轭，用Multiwfn绘制LOL-pi是最好的展现方法，看
在Multiwfn中单 ...

请问一下社长，图形化展现pi-pi堆积作用为什么只推荐了IGM？RDG和IRI呢？不如IGM适合描述？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-15 07:27

renzhogn424 发表于 2021-10-14 22:03
请问一下社长，图形化展现pi-pi堆积作用为什么只推荐了IGM？RDG和IRI呢？不如IGM适合描述？

IRI、RDG（非promolecular的）、IGMH都需要波函数，都需要你再做个量化计算得到波函数文件
IGM（或promolecular的RDG）只要提供含有结构信息的输入文件即可

如果你不介意单独再做个单点计算得到波函数文件，我鼓励用IRI或IGMH

作者
Author: renzhogn424 时间: 2021-10-15 07:43

sobereva 发表于 2021-10-15 07:27
IRI、RDG（非promolecular的）、IGMH都需要波函数，都需要你再做个量化计算得到波函数文件
IGM（或promo ...

哈，明白了，谢谢社长，是我没审题。这是动力学跑出来的

作者
Author: 深爱小李 时间: 2021-10-18 20:02

sobereva 发表于 2021-10-13 19:41
这不是靠VMD自身实现的
如果你想体现pi共轭，用Multiwfn绘制LOL-pi是最好的展现方法，看
在Multiwfn中单 ...

谢谢社长的回帖，我好好看看IGM

作者
Author: 深爱小李 时间: 2021-10-19 13:09

sobereva 发表于 2021-10-13 19:41
这不是靠VMD自身实现的
如果你想体现pi共轭，用Multiwfn绘制LOL-pi是最好的展现方法，看
在Multiwfn中单 ...

社长好，没接触过Multiwfn，这个软件打开就只有这个界面吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-20 02:26

深爱小李发表于 2021-10-19 13:09
社长好，没接触过Multiwfn，这个软件打开就只有这个界面吗

还怎么更贴心、怎么更明白

(, 下载次数 Times of downloads: 26)

作者
Author: 深爱小李 时间: 2021-10-22 13:16

sobereva 发表于 2021-10-20 02:26
还怎么更贴心、怎么更明白

好嘞谢谢社长

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