计算化学公社

标题: 求助：关于限制部分分子间距离的设置 [打印本页]

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2021-10-14 09:06
标题: 求助：关于限制部分分子间距离的设置
各位老师好，我之前看到了一篇文章是限制蛋白质中某两个特定原子的相对距离进行MD模拟，想重现这种方法，因此想请教各位老师gromacs有没有办法限制我选择的原子的距离进行模拟呢？（constraint限制，距离改变时受到额外的力惩罚）

作者
Author: EdwardLimit 时间: 2021-10-14 12:27
相对距离的话，不知道能不能当作键来处理，比如在[bond]项里面写一个较大的距离，然后用简谐力来控制距离的变化。你可以拿一个小体系试试这个方法，看体系会不会崩。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-14 13:02
你搞混了constraint和restraint，看此文
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10
你要求的是restraint。constraint是直接通过约束算法保持原子间距离精确不变

添加[distance_restraint]字段，或者用functype=6或10的bond项可以实现。

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2021-10-14 21:07

EdwardLimit 发表于 2021-10-14 12:27
相对距离的话，不知道能不能当作键来处理，比如在项里面写一个较大的距离，然后用简谐力来控制距离的变化。 ...

谢谢老师

作者
Author: 溪临昭煌 时间: 2021-10-14 21:09

sobereva 发表于 2021-10-14 13:02
你搞混了constraint和restraint，看此文
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.c ...

明白了，谢谢sob老师指点

作者
Author: sun666 时间: 2021-10-14 21:25

sobereva 发表于 2021-10-14 13:02
你搞混了constraint和restraint，看此文
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.c ...

我看手册中[distance_restraint]用的函数为1，且有一个fac项（力场数的系数），请教老师只要一个fac但是力场数在[[distance_restraint]]并没有设置，实在哪里设置或有什么规则吗。

functype=6或10使只能[intermolecular_interactions]中设置吗。还是说在[distance_restraint]也可以用

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-15 05:14

sun666 发表于 2021-10-14 21:25
我看手册中[distance_restraint]用的函数为1，且有一个fac项（力场数的系数），请教老师只要一个fac但是 ...

对于用[distance_restraint]，力常数通过mdp里的disre-fc设置，而[ distance_restraint ]里面每两个原子之间还可以设fac（multiplication factor），它被乘到disre-fc上作为这一对原子的实际用的力常数

functype=6、10显然是在[moleculetype]或[intermolecular_interactions]中的[bonds]里写

作者
Author: sun666 时间: 2021-10-15 13:55

sobereva 发表于 2021-10-15 05:14
对于用[distance_restraint]，力常数通过mdp里的disre-fc设置，而[ distance_restraint ]里面每两个原子 ...

对于[distance_restraint]使用的为函数1形式（需要定义的参数为b0以及Kb）,但是手册给的例子虽然用的函数1 形式，但是要设置 low up1 up2这三个数值，我怎么觉得这个是函数10平底势需要设置的值呢。
到底在[distance_restraint]中应设置的是平衡键长还是平地势需要的low up1 up这三个数值呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-16 03:19

sun666 发表于 2021-10-15 13:55
对于[distance_restraint]使用的为函数1形式（需要定义的参数为b0以及Kb）,但是手册给的例子虽然用的函数 ...

如果不需要平底势，用functype=6的[bonds]项就完了

作者
Author: sun666 时间: 2021-10-16 11:58

sobereva 发表于 2021-10-16 03:19
如果不需要平底势，用functype=6的项就完了

在[intermolecular_interaction]中的functype=6的[bonds]项，键的力常数使用陈老师的forcefit算。是不是这样与amber的MCPB达到的效果完全一致了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-16 18:32

sun666 发表于 2021-10-16 11:58
在中的functype=6的项，键的力常数使用陈老师的forcefit算。是不是这样与amber的MCPB达到的效果完全一致 ...

MCPB我了解不多，不好说
光是一个bond项未必能完全达到目的（可以先跑跑试试），可能还得添加angle项

作者
Author: ljc050512 时间: 2022-2-5 08:49

sobereva 发表于 2021-10-14 13:02
你搞混了constraint和restraint，看此文
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.c ...

老师，您在这篇博文里提到
“[ constraints ]
1 8 2 0.153 //原子1 原子2 type 约束的距离(0.153nm)。
之后1 2原子距离会固定保持在0.153nm，即便1 2原子在[ bonds ]中定义是成键的也是如此。
注意，.mdp里如果写constraint=none，只是说批量约束hbonds、all-bonds等没有了，在拓扑文件中自定义的constraint约束项仍然生效。”
我想问一下，此处的数字1和2代表原子序号1和2的话，那么8是指的什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-5 21:39

ljc050512 发表于 2022-2-5 08:49
老师，您在这篇博文里提到
“[ constraints ]
1 8 2 0.153 //原子1 原子2 type 约束的距离(0.153nm) ...

1和8是原子序号
2是constraint的类型，决定是否影响键连关系，手册里写了

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作者
Author: ljc050512 时间: 2022-2-5 23:51

sobereva 发表于 2022-2-5 21:39
1和8是原子序号
2是constraint的类型，决定是否影响键连关系，手册里写了

谢谢老师的指导。

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