计算化学公社

标题: 对于层状化合物,可以分层做ELF分析吗? [打印本页]

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风飞    时间: 2016-1-17 10:04
标题: 对于层状化合物,可以分层做ELF分析吗?
老师:您好!请问对于层状化合物,我们可以分层做ELF分析吗?例如:对于附件中的这种化合物,我们可以像截取一层的坐标,用截取的坐标,然后分别做ELF图,请问这样可以吗?

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sobereva    时间: 2016-1-17 10:13
若你截取一层计算波函数然后做ELF分析的话,层间相互作用对每层的电子结构的影响就体现不出来了
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风飞    时间: 2016-1-20 19:40
sobereva 发表于 2016-1-17 10:13
若你截取一层计算波函数然后做ELF分析的话,层间相互作用对每层的电子结构的影响就体现不出来了

老师:您好!对于ELF图和LOL分析,颜色对应数字,数值越大,定域性越强,可是老师:请问怎样看成键区域,孤对电子,区域呢?对应的刻度是否有一定的范围呢?比如:成键区域的数字大概是多少,故对电子大概是多少,这些··谢谢老师
作者
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sobereva    时间: 2016-1-20 20:13
风飞 发表于 2016-1-20 19:40
老师:您好!对于ELF图和LOL分析,颜色对应数字,数值越大,定域性越强,可是老师:请问怎样看成键区域, ...


没有确切的数值范围,从等值面图形、出现的区域结合化学直接来判断。
怎么图形考察这里已经介绍了,也给了例子
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面
http://sobereva.com/168
作者
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风飞    时间: 2016-1-20 21:01
本帖最后由 风飞 于 2016-1-20 21:24 编辑
sobereva 发表于 2016-1-20 20:13
没有确切的数值范围,从等值面图形、出现的区域结合化学直接来判断。
怎么图形考察这里已经介绍了,也 ...

老师:您好!在做ELF(LOL)图中“input Y(Z/X) value”,这个地方,设置的值得依据是什么呢?对于三维立体的结构来说,需不需要用multwfn中看分子轨道那的坐标图(或者是其他的坐标图)看看,来进行设定呢?老师:您好! 像这样没把原子显示完全,该怎样设置呢?我是通过指定了3个原子得到的平面,然后就这样了,

作者
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sobereva    时间: 2016-1-21 05:27
风飞 发表于 2016-1-20 21:01
老师:您好!在做ELF(LOL)图中“input Y(Z/X) value”,这个地方,设置的值得依据是什么呢?对于三维 ...


你想考察哪个平面X/Y/Z就设多少。
比如苯体系,分子恰在Z=0的XY平面上,你想考察分子平面上的函数图形就作XY平面图并选Z=0,你若考察分子平面上方1埃的函数图形就作XY平面图并选Z=1埃。

我不知道你说的坐标图是什么。反正得搞清楚分子朝向、位置和笛卡尔坐标轴的关系。

不知道你说的显示完全是什么意思。如果是这张图显示的范围太小,设定作图平面那一步选0:Set extension distance for plane type 1~5,把延展距离设大一些。
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风飞    时间: 2016-1-21 11:14
sobereva 发表于 2016-1-21 05:27
你想考察哪个平面X/Y/Z就设多少。
比如苯体系,分子恰在Z=0的XY平面上,你想考察分子平面上的函数图形 ...

老师:您好!对于如图片所示的化合物,他在高斯中的朝向和坐标轴(原点在Pd环的中间位置,图片稍微有些抽象,抱歉)的位置如图所示,这样的话1)如果要考察最上面的苯环的ELF(LOL),选择的平面应该是xy,  z值是否应该设置为中间金属环和最上面环的垂直距离(假设苯环是上的原子共平面)
2),如果我考察的是中间金属环,选择xy面,z值是否应该设置为0?

3)如果考察的是侧面例如:C1-C7-Pd1(想考察金属和非金属的作用),我可以选择5(考察自定义的3个原子(C1-C7-Pd1)所在的平面),然后z值得设置为0
请问老师,是这样的吗?谢谢
老师:对于该化合物还有一个关于芳香性的问题
1)考察该化合物的芳香性的时候,分别在三个环(如果是Dh构型的)的中心位置(假设中心位置和质心位置一样)环上方1埃的地方放置虚原子来考察,这样可以吗?
2)如果中间金属环为反芳香性,他会对上面的苯环芳香性产生影响,是吗?如果是,这样作用的影响,可以通过哪些指标来考察呢?我的想法是,算单独苯环的芳香性,然后和化合物中苯环所表现出的NICS作比较,看他减少(增加)了多少,这样来看,可以吗?同理算单独Pd3环的芳香性NICS值,然后和该化合物中的Pd3环的NICS值做比较,考察苯环对Pd3环芳香性的影响,是吗?
3)对于算单独pd3环(苯环)的NICS, 是否需要重新单独优化ph3环(苯环),还是直接取出pd3环(苯环)的片段,来单独算他的NICS值呢?
对于这以上问题,请问老师,您怎么看?谢谢!
PS:在考察芳香性的时候,不考虑图片中羰基对Pd3环(苯环)的影响

作者
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sobereva    时间: 2016-1-21 12:19
风飞 发表于 2016-1-21 11:14
老师:您好!对于如图片所示的化合物,他在高斯中的朝向和坐标轴(原点在Pd环的中间位置,图片稍微有些抽 ...

1 对
2 对
3 应该选4,这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了,自然不需要再输入其它的了。


1 可以
2 影响不到那里,只能说影响金属和苯环之间的区域的NICS等特征。就用多中心键级考察就行。可以比较
3 看以什么状态为参照,都可以。
作者
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风飞    时间: 2016-1-21 12:33
本帖最后由 风飞 于 2016-1-21 15:56 编辑
sobereva 发表于 2016-1-21 12:19
1 对
2 对
3 应该选4,这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了,自然不需要再输入其它的了。

老师:您好!首先很感谢老师的耐心详细解答,可是还有如下不明之处:1)在您说的Z值得设定那块,例如上面的问题1,我说是否是垂直距离那,z的设定就是垂直距离。在高斯中的距离的单位是埃,您的例子举了一个”-1.6a"这个“-”表示的是xy下方1.6a处,而“1.6a”表示的是xy平面上方"1.6a"处是吗?所以这个正负号分别表示的是Z轴正半轴和负半轴,是吗?
2)假如设置的Z为  2.86a, 然后会成功的输出一张默认色彩刻度的ELF(LOL)图,我退出图片模式后,输入1,重新定义色彩刻度,这时出现了如下选项”input lower & upper limit of  Z<e.g. -0.3,0.3),老师请问这是重新定义Z吗?难道表示的是通过控制Z的值来调节色彩的刻度吗?可以如果这样,感觉不对,因为z值变了,反映的平面不也就变了吗?
3)对于您说的芳香性那,您说可以用多中心键来考察,您帖子你说,多中心键只能考察芳香性,不能考察反芳香性,因此不能区别反芳香性和弱芳香性,我曾经试过,发现值有些小,请问这个值得大小是否有一定的标准,例如:小于多少可以视为弱芳香性,大于多少可以视为强芳香性呢?


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sobereva    时间: 2016-1-21 17:07
风飞 发表于 2016-1-21 12:33
老师:您好!首先很感谢老师的耐心详细解答,可是还有如下不明之处:1)在您说的Z值得设定那块,例如上面 ...

1 是
2 这个Z是指色彩刻度,和你定义作图平面的那个Z没关系。
3 多中心键级没法考察反芳香性,反芳香性和非芳香性体系的多中心键级都是接近0的。
作者
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风飞    时间: 2016-1-21 22:46
sobereva 发表于 2016-1-21 12:19
1 对
2 对
3 应该选4,这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了,自然不需要再输入其它的了。

老师:您好!您在群里说,单独的ELF图是没有意义的,必须配上等值面图,才有意义,我现在把填色图做出来了,请问怎样把等值面图给加上去了,是用PS吗?
我做等值面图的步骤如图所示,请问这个线条太密,然后怎样把它和填色图结合呢?谢谢!
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sobereva    时间: 2016-1-22 05:02
我并没有说过的单独的ELF图没意义

填色图做完之后后处理菜单选2 Enable showing contour lines就会把等值线也显示在上面

至于线条太密,是默认的等值线设定的事,你在后处理菜单选3 Change contour line setting可以进入调节等值线设定的界面。
作者
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风飞    时间: 2016-1-22 08:57
sobereva 发表于 2016-1-22 05:02
我并没有说过的单独的ELF图没意义

填色图做完之后后处理菜单选2 Enable showing contour lines就会把等 ...

谢谢老师····
作者
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风飞    时间: 2016-1-26 16:22
sobereva 发表于 2016-1-22 05:02
我并没有说过的单独的ELF图没意义

填色图做完之后后处理菜单选2 Enable showing contour lines就会把等 ...

老师:您好!看了您的关于电子定域图形分析的帖子,有如下疑问:图片LOL分析:
您说:两个F-F之间高定域性比C-F的要弱是因为F-F图中红色圆圈中所对应的值比CH3F 的值要小,是吗?由已知的知识,知道F-F之间的成键是电荷转移,请问老师:不同的键大概所对应的值是多少呢?请问有一定的标准吗?
图片2中:
您说哦从图中可以看出Li成三中心键,请问这个是怎么看的呢?
  谢谢!

作者
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sobereva    时间: 2016-1-26 17:13
风飞 发表于 2016-1-26 16:22
老师:您好!看了您的关于电子定域图形分析的帖子,有如下疑问:图片LOL分析:
您说:两个F-F之间高定域 ...


1 是的。没有大概的数值范围,凭化学直觉结合图像判断。电荷转移键不像共价键那样在中间有显著的电子共享,所以F-F之间的ELF数值比一般共价键低得多。

2 三个Li之间有红色区域,ELF数值高,电子在那里定域性强,这是典型多中心键特征。此文也有讨论
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
作者
Author:
风飞    时间: 2016-1-26 19:19
sobereva 发表于 2016-1-26 17:13
1 是的。没有大概的数值范围,凭化学直觉结合图像判断。电荷转移键不像共价键那样在中间有显著的电子共 ...

老师:您好!这是我所作出的ELF和LOL图,我得出的结论如下可以麻烦您看看对吗?谢谢
结论1:3个Sb原子之间存在强的共价键,且每个原子上都有一对孤对电子,是2中心键,
结论2:3个Au之间的共价键很弱,
结论3:Sb和Au有离子键的作用,
对于更具图片对于上述三个结论您的看法是?或者您的觉得从这个图中您看出什么呢?谢谢!

作者
Author:
sobereva    时间: 2016-1-27 19:07
风飞 发表于 2016-1-26 19:19
老师:您好!这是我所作出的ELF和LOL图,我得出的结论如下可以麻烦您看看对吗?谢谢
结论1:3个Sb原子之 ...

1 Sb-Sb有强共价键没错。孤对电子你最好作等值面图来考察(虽然从ELF的第三张图上也能看出,往外鼓出一块)

2 没法简单说Au-Au共价键弱。因为Au的半径很大,原子半径很大的时候成键区域的体积也大,在图上就会把定域性特征给“摊开”,显得ELF/LOL数值不大。若通过键级或者变形密度图来考察,还是会发现共享电子是挺多的。

3 并没法说Au-Sb是离子键。从LOL图上看,Au-Sb之间还是有电子高定域性区域的,所以有明显的共价特征
作者
Author:
风飞    时间: 2016-1-28 22:15
sobereva 发表于 2016-1-27 19:07
1 Sb-Sb有强共价键没错。孤对电子你最好作等值面图来考察(虽然从ELF的第三张图上也能看出,往外鼓出一块 ...

谢谢老师!
作者
Author:
my_aman    时间: 2018-5-9 18:48
sobereva 发表于 2016-1-21 12:19
1 对
2 对
3 应该选4,这才是用三个原子来定义。平面已经唯一地定义了,自然不需要再输入其它的了。

请问Sob老师:
帖子上说ClF3分子再YZ平面,但是我从坐标看是XZ平面呢?

作者
Author:
sobereva    时间: 2018-5-9 19:03
my_aman 发表于 2018-5-9 18:48
请问Sob老师:
帖子上说ClF3分子再YZ平面,但是我从坐标看是XZ平面呢?

Gaussian默认会调整体系到标准朝向,Multiwfn里进主功能0一看便知




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